Os planos para um aeródromo em Eindhoven remontam a 1921, de acordo com a própria história da força aérea, mas os voos só começaram em setembro de 1932, quando o aeródromo civil de Welschap foi inaugurado em 55 hectares de grama. Um terminal foi construído em maio de 1935. Os militares então assumiram o controle com a aproximação da guerra: o Ministério da Defesa data a requisição como sendo da mobilização de abril de 1939, enquanto o estudo do aeródromo da Luftwaffe, feito por Henry de Zeng, indica setembro de 1939.

Dois dias após a invasão de 10 de maio de 1940, as tropas alemãs ocuparam o campo e o renomearam Fliegerhorst Eindhoven. A expansão começou imediatamente. DeZeng registra que a Luftwaffe trouxe milhares de trabalhadores holandeses em junho de 1940 e concluiu a pista principal até o final de julho. O campo cresceu para mais que o dobro do seu tamanho pré-guerra, com três pistas pavimentadas dispostas em forma de A maiúsculo, duas de 1.500 metros e uma de 1.200 metros, todas cobertas de asfalto e com cores que se integravam à paisagem dos campos ao redor.

A base aérea de Fliegerhorst era uma movimentada estação de bombardeiros e caças noturnos. DeZeng lista o II./KG 4 de junho de 1940 a março de 1941, períodos do KG 30 e KG 2 até o início de 1944, e o I./NJG 2 em meados de 1944. Os Aliados a atacaram repetidamente: P-47s a metralharam em 22 de fevereiro de 1944, bombardearam-na em mergulho em 30 de março e, em 14 de junho de 1944, um ataque de 63 bombardeiros B-24 Liberator destruiu sete caças noturnos Ju 88 no solo.

Os alemães minaram as pistas para demolição no final de maio de 1944 e concluíram as demolições em 5 de setembro. Paraquedistas americanos da 101ª Divisão Aerotransportada libertaram Eindhoven em 18 de setembro de 1944, durante a Operação Market Garden, e a bandeira holandesa foi hasteada sobre o aeródromo no dia seguinte. Unidades de reparo britânicas preencheram então cerca de 1.650 crateras de bombas para que a RAF pudesse usar o campo, que se tornou o Campo de Pouso Avançado B.78 para os esquadrões de Typhoon e de reconhecimento da RAF e da Força Aérea Real Canadense.

A Força Aérea Real Holandesa instalou-se em 1952, quando os esquadrões 314, 315 e 316 foram formados em Eindhoven como esquadrões de caça-bombardeiro equipados com o Republic F-84G Thunderjet. Os três esquadrões foram convertidos para o F-84F Thunderstreak, com asas em flecha, em 1956. Por quase duas décadas, Eindhoven abrigou três esquadrões de jatos simultaneamente. Foi o início de 42 anos de voos de caça a partir do aeródromo.

O Esquadrão 315 partiu para Twenthe em abril de 1970. O Esquadrão 314 converteu-se para o NF-5A em 1970 e mudou-se para Gilze-Rijen em 1988, de acordo com o histórico do esquadrão mantido pelo site de entusiastas F-16.net; o próprio histórico da Força Aérea diz apenas que ele partiu alguns anos depois do 315. O Esquadrão 316, apelidado de Falcon, permaneceu e voou com o NF-5A a partir de 1971. Seu emblema mostrava um falcão marrom sobre um fundo amarelo, com o lema Doelbewust en trefzeker, determinado e preciso.

Em 1991, o Esquadrão 316 converteu-se para o F-16A, inicialmente em Gilze-Rijen, antes de retornar a Eindhoven; o histórico da base coloca o NF-5 em serviço até 1991. O Livro Branco da Defesa de 1993, que reduziu a força aérea após a Guerra Fria, encerrou as atividades do esquadrão, e o Esquadrão 316 foi dissolvido em 1º de abril de 1994, encerrando 42 anos de voos de caça em Eindhoven. De fevereiro de 1983 a 1995, a base foi administrada sob um único comando juntamente com Gilze-Rijen; os dois foram separados novamente à medida que suas tarefas divergiram.

O ruído moldou o aeródromo muito antes da partida dos caças. Devido a reclamações dos moradores de Eindhoven, o Ministério da Defesa afirma que a direção da pista foi alterada em 1984 para que as aeronaves em decolagem evitassem o centro da cidade. Nesse mesmo ano, um terminal civil projetado por Leo de Bever foi inaugurado do outro lado do campo, dando início ao atual aeroporto compartilhado entre militares e civis.

Pouco depois das seis da tarde de segunda-feira, 15 de julho de 1996, um C-130H Hercules CH-06 da Força Aérea Belga aproximava-se de Eindhoven vindo da Itália. A bordo estavam quatro tripulantes belgas e 37 membros do Fanfarekorps do Exército Real dos Países Baixos. Na aproximação final, a aeronave colidiu com um grande bando de pássaros sobre a pista; relatos secundários baseados nas investigações mencionam estorninhos, que foram sugados pelos dois motores do lado esquerdo. A tripulação tentou arremeter, o Hercules inclinou-se bruscamente para a esquerda, sua asa esquerda atingiu a grama e a aeronave caiu, incendiando-se em seguida.

O controle de tráfego aéreo e o corpo de bombeiros da base acreditavam que apenas os quatro tripulantes estavam a bordo, pois os detalhes dos passageiros no plano de voo não haviam sido repassados para Eindhoven. Os relatos divergem sobre quanto tempo levou para que alguém percebesse que havia pessoas no porão: resumos em inglês mencionam cerca de trinta minutos, enquanto a entrada da enciclopédia alemã indica 23 minutos. Onze pessoas foram resgatadas com vida e quatro delas morreram posteriormente no hospital. Ao todo, 34 pessoas morreram, incluindo os quatro tripulantes e 30 músicos da banda, e 7 sobreviveram com ferimentos graves.

Seguiram-se muitas investigações; os autores do livro De vergeten ramp contabilizam cerca de quarenta relatórios até 2010. A Equipe de Pesquisa de Crises (COT), sob a direção do Professor Uri Rosenthal, atribuiu as acusações a erros de sistema e falhas organizacionais. Em outubro de 1996, três oficiais da Força Aérea foram exonerados de seus cargos: o comandante da base, o controlador de tráfego aéreo e o comandante do corpo de bombeiros. Eles foram processados e, por fim, absolvidos por falta de provas. A entrada da enciclopédia alemã, citando a Rede de Segurança da Aviação, acrescenta que a tripulação desligou o motor errado, o número 3, após a colisão com pássaros; essa informação não pôde ser confirmada por uma fonte oficial para esta página.

Em 2002, a pedido da Tweede Kamer, a agência nacional de segurança dos transportes, respondeu a perguntas sobre o resgate. Sua principal conclusão foi que, quando os ocupantes não conseguem se salvar, os serviços de emergência não dispunham de pessoal e equipamentos avançados suficientes para retirá-los a tempo. A agência discordou explicitamente da conclusão do governo de que os passageiros poderiam ter sido resgatados antes: o sistema para tal não existia, nem em Eindhoven nem em qualquer outro lugar, e em grande parte ainda não existia em 2002. A agência fez quatro recomendações sobre os serviços de bombeiros e salvamento em aeroportos e sobre o transporte de civis em aeronaves militares.

A segunda vida de Eindhoven como base de transporte começou em maio de 1992, quando o Esquadrão 334 se mudou de Soesterberg com o Fokker F27. O F27 não conseguiu cruzar o Atlântico e foi desativado em 1996, sendo substituído pelo KDC-10, DC-10, C-130, Gulfstream IV, Fokker 50 e Fokker 60U. Os aviões-tanque vieram da Martinair, cujos dois DC-10-30CF foram comprados pela Holanda em 1992; quando um foi destruído no acidente com o voo 495 da Martinair, um terceiro foi adquirido. Dois foram convertidos em aviões-tanque de transporte KDC-10 entre outubro de 1994 e dezembro de 1995.

Os KDC-10, batizados de Prins Bernhard (T-264) e Jan Scheffer (T-235), tornaram-se as aeronaves emblemáticas de Eindhoven por um quarto de século. Segundo o próprio relato da base, em um exercício da EDA em 2018, o KDC-10 holandês manteve uma disponibilidade de 95% sobre o Iraque e a Síria na Operação Inherent Resolve e descarregou quase 6,5 milhões de litros de combustível para mais de 1.000 aeronaves da coalizão. O T-264 foi retirado de serviço em novembro de 2019 e o T-235 em outubro de 2021; ambos foram transferidos para a empresa americana Omega Aerial Refueling Services.

O sucessor será compartilhado. A Frota Multinacional de MRTT surgiu de uma iniciativa da OTAN acordada na cúpula de Chicago em 2012. Os Países Baixos e Luxemburgo lançaram o projeto em julho de 2016 com uma encomenda de dois Airbus A330 MRTT; a Alemanha e a Noruega juntaram-se em setembro de 2017, a Bélgica em janeiro de 2018 e a República Checa em 2019, elevando a encomenda para oito aeronaves. A Polónia retirou-se em 2016, dias antes da assinatura do contrato. Os parceiros compram horas de voo em vez de aeronaves individuais.

O primeiro A330 MRTT foi entregue em junho de 2020. Eindhoven é a principal base operacional da frota, com Colônia, na Alemanha, como base operacional avançada, e Karup, na Dinamarca, a seguir, quando a 11ª e a 12ª aeronaves chegarem em meados de 2028 e início de 2029, respectivamente. A capacidade operacional inicial foi alcançada em março de 2023 e a capacidade operacional plena em março de 2026. Dinamarca e Suécia juntaram-se em junho de 2025 com duas aeronaves adicionais, e a Finlândia em julho de 2026, totalizando nove membros. A página da base da Força Aérea ainda menciona seis parceiros da OTAN; a contagem da própria OTAN é mais recente.

Eindhoven é agora a sede do Comando de Mobilidade Aérea da Força Aérea, cujas quatro atribuições, segundo o Ministério da Defesa, são: transporte aéreo e reabastecimento em voo, manuseio de carga e passageiros, manutenção do aeródromo para uso militar e civil e acolhimento de unidades holandesas e estrangeiras. Cinco esquadrões pertencem a ele: o Esquadrão 334, com o Gulfstream; o Esquadrão 336, com o C-130; e os Esquadrões 940, 941 e 942, responsáveis por logística, serviços aeroportuários e manutenção.

O Esquadrão 336 opera quatro aeronaves C-130 Hercules, G-273, G-275, G-781 e G-988, tanto na versão padrão quanto na versão alongada H-30. Elas serão substituídas pelo Embraer C-390, adquirido em conjunto com a Áustria e a Suécia, com a primeira aeronave prevista para o final de 2027 e a última em 2029. O jato governamental do Esquadrão 334 é um Gulfstream G650ER V-117, fabricado em 2014, que transporta até 15 passageiros para a cúpula da defesa, repatriações urgentes e voos da Casa Real.

Três entidades multinacionais operam ao lado das unidades holandesas. O Centro de Coordenação de Movimentos da Europa está em Eindhoven desde 1º de julho de 2007. O Comando Europeu de Transporte Aéreo foi estabelecido em 1º de julho de 2010 e inaugurado em Eindhoven em 1º de setembro de 2010 pela Bélgica, França, Alemanha e Holanda; Luxemburgo aderiu em 22 de novembro de 2012, a Espanha em julho de 2014 e a Itália em dezembro de 2014. Ele gerencia as frotas de transporte aéreo, reabastecimento aéreo e evacuação aeromédica de seus sete membros, com uma equipe de cerca de 200 pessoas. A terceira é a Unidade de Gerenciamento de Movimentação (MMU), com seus aviões-tanque A330.