巴格拉姆空军基地建于20世纪50年代，当时阿富汗在总理达乌德的领导下向莫斯科寻求武器，而苏联也提供了援助。英文维基百科记载，1959年，艾森豪威尔总统曾在此降落，受到沙阿国王和达乌德本人的接见——这表明，在随后的几年里，美苏两个超级大国都曾试图拉拢喀布尔。到了20世纪70年代，这里驻扎着阿富汗空军第322米格-21战斗机团和一个由苏联训练的军官团。.

这支军官队伍发动了四月革命。据维基百科记载，1978年4月27日，阿卜杜勒·卡迪尔上校"乘直升机前往巴格拉姆空军基地"，接管指挥权后"组织了对皇宫的空袭"，与此同时，坦克在喀布尔发动进攻。在机场抵抗的军官全部阵亡。达乌德当晚在阿尔格（Arg，喀布尔的别称）阵亡。死亡人数存在争议：安东尼·海曼估计仅在巴格拉姆就有30名军官阵亡，而穆罕默德·纳比·阿齐米则认为总共可能只有约40人死亡；其他估计数字则要高得多。.

1979年12月苏联入侵后，巴格拉姆空军基地成为苏联有限特遣部队的主要枢纽之一。维基百科显示，108摩托化步兵师和345近卫空降团驻扎在基地内或附近，1986年10月至1987年11月期间，装备苏-25战斗机的368突击航空团也驻扎于此。阿富汗部队也继续驻扎在巴格拉姆，包括322战斗机航空团和321航空团，1990年时，巴格拉姆仍有三个米格-21战斗机中队。.

该基地在阿富汗政治中的作用并未随着1989年2月苏联的撤军而结束。在1990年3月6日至7日未遂政变期间，效忠国防部长沙赫纳瓦兹·塔奈的飞行员袭击了喀布尔；三枚火箭弹落在总统府附近。3月7日下午，塔奈抵达巴格拉姆，随后乘直升机逃往巴基斯坦白沙瓦。维基百科指出，在随后的内战中，北方联盟和塔利班从1999年起各自控制了该基地的一端，塔利班控制的区域位于北方联盟的炮兵和迫击炮射程之内。.

2001年12月初，英国特种舟艇部队（SBS）控制了该机场，随后美国第10山地师也进驻。到2002年6月中旬，驻扎在该基地的美军及盟军人员已超过7000人，到2009年，该基地可容纳约10000人。美国空军历史研究局的记录显示，自2002年7月26日起，驻扎在巴格拉姆的第455远征航空联队曾多次使用A-10、F-16、F-15E、C-130和MC-12等机型执行反恐任务；英文维基百科补充道，该联队自2003年起开始使用EA-6B电子战飞机，并于2014年开始使用MQ-9无人机。.

巴格拉姆也是一个拘留营。帕尔旺拘留中心于2009年11月竣工，可容纳约3000人，并于2012年移交给阿富汗当局。该基地曾多次遭到袭击：2007年2月，美国副总统切尼访问期间，一名自杀式炸弹袭击者在基地大门引爆炸弹，造成23人死亡；2016年11月，另一起袭击造成至少4名美国人死亡。2013年4月，一架波音747货机在起飞时坠毁，机上7名机组人员全部遇难。.

美军于2021年7月1日至2日夜间撤离巴格拉姆空军基地。其新任阿富汗指挥官米尔·阿萨杜拉·科希斯塔尼将军告诉半岛电视台，他的部队直到早上才得知撤离消息，在被驱逐之前，一些劫掠者洗劫了营房。2021年8月15日，随着伊斯兰共和国政权垮台，阿富汗军队撤退，塔利班占领了该基地并释放了被关押在那里的战俘。.

巴格拉姆空军基地随后成为一个象征。2024年8月，塔利班庆祝了其在该基地取得胜利三周年。2025年9月，特朗普总统表示，美国正试图收回该基地，理由是其远离中国核设施；塔利班发言人扎比胡拉·穆贾希德回应称，阿富汗人绝不会将自己的土地拱手让给任何人。2025年10月7日，莫斯科模式地区大国会议指出，外国在阿富汗的军事基础设施是不可接受的。2026年3月1日，在阿富汗-巴基斯坦战争期间，巴基斯坦官员称他们摧毁了该机场的飞机；塔利班官员则表示没有遭受任何损失。《纽约时报》报道的卫星图像显示，一个机库和两个仓库被摧毁。.