Surabaya je námořním leteckým městem již od holandské éry. V roce 1922 nizozemské námořní letectvo postavilo Morokrembangan, námořní leteckou základnu u přístavu. Wikipedie uvádí, že s rostoucí dopravou se letiště stalo přetíženým a kvůli nedostatku pozemků nemohlo být rozšiřováno. Řešením bylo nové letiště ve Waru, jižně od města v dnešní Sidoarjo.

Projekt Waru byl, slovy Wikipedie, prvním velkým letištním projektem Indonésie od vyhlášení nezávislosti. V letech 1960 až 1964 jej řídily dvě francouzské společnosti, konzultantská společnost Compagnie d'Ingénieurs et Techniciens a dodavatelská společnost Société de Construction des Batignolles, a přepravily přibližně 11,2 milionu metrů krychlových materiálu. Dráha byla prohlášena za funkční 22. září 1963, sedm měsíců před plánovaným termínem, a první přistávající letadla byla námořní. Premiér Djuanda Kartawidjaja, který během výstavby vyřešil finanční krizi, zemřel 7. listopadu 1963 a základna byla pojmenována po něm. Prezident Sukarno ji slavnostně otevřel 12. srpna 1964.

Juanda operace zahájila činnost na vrcholu Sukarnovy konfrontace, nejprve nad západní Novou Guineou a poté s Malajsií, a letectvo námořnictva krátce sloužilo jako úderná síla. Indonéská Wikipedie uvádí mezi letkami tohoto námořnictva z 60. let 20. století 500. letku pro torpédové bombardování, spolu s protiponorkovými, transportními, vrtulníkovými, hlídkovými a výcvikovými jednotkami v počtu od 100 do 900.

Podle článku o Il-28 na anglické Wikipedii obdržela 500. peruť v Juandě v roce 1965 jedenáct torpédových bombardérů Il-28T a dva cvičné Il-28U a později převzala od letectva Il-28, které tato služba vyřadila do roku 1964. Indonéská Wikipedie popisuje desetiletí od roku 1955 do roku 1965 jako útočné období této jednotky. Netrvalo dlouho. Všechny zbývající námořní Il-28 byly vyřazeny do roku 1972. V dostupných zdrojích není zaznamenáno žádné bojové použití Il-28 od Juandy.

Juanda je mezi velkými asijskými letišti neobvyklá: pozemky vlastní indonéské námořnictvo a terminál pro cestující funguje jako civilní enkláva. Wikipedie popisuje námořní leteckou základnu Juanda jako hlavní zařízení třídy A a velitelství Námořního leteckého centra a uvádí, že na letišti působí také letecká základna Muljono, základna typu B indonéského letectva.

Vlastnictví námořnictva se projevuje v každodenním životě letiště. Dne 7. února 2025 společnost Antara oznámila, že námořní letecká stanice, bezpečnostní jednotka letiště a celní správa zastavily zásilku 60 205 larev humrů v hodnotě více než 9 miliard rupií na plánovaném letu do Singapuru, a to podle velitele Námořního leteckého střediska na základě zpravodajských informací, které jeho velení obdrželo. Výročí námořního letectva se koná na odbavovací ploše u hangárů námořnictva: 17. června 2023, u příležitosti 67. výročí, provedli cviční letci Bonanza z 200. perutě ukázkovou akci.

Juanda je také konstantou i v mnoha změnách názvů této jednotky. Indonéská Wikipedie sleduje řetězec od Úřadu pro námořní letectvo (Naval Aviation Bureau) přes Velitelství námořního letectva (Konerbal), sekci námořního štábu, speciální štáb a Službu námořního letectva (Disnerbal) až do 13. června 2006, kdy bylo veškeré námořní letectvo svěřeno pod Centrum námořního letectva Puspenerbal se sídlem v Juandě.

Wikipedie uvádí pět letek křídla Udara 2 v Juandě: letku 100 s protilodními vrtulníky AS565 MBe Panther, letku 200 s cvičnými letouny Bonanza G36, TB-9 Tampico a EC120B Colibri, letku 600 s Aviocary C-212-200 pro rychlou logistiku, letku 700 s drony ScanEagle a letku 800 s námořními hlídkovými letouny CN-235-220. Muzeum námořního letectva vystavuje letadla v plné velikosti.

Její letadla pracují daleko od Surabaji. V dubnu 2026 létaly letouny CN235 P-8301 z letky 800 jako hlídky z Ambonu v rámci operace Tameng Papua, informovala agentura Antara, a Panthery sloužily na palubách indonéských korvet u Libanonu s OSN. Ukazují to i náklady na výcvik: 7. září 2022 vzlétla Bonanza T-2503 z Juandy v 8:45 na cvičení flotily a asi o 45 minut později se zřítila do Madurského průlivu u Bangkalanu.