Surabaya, Hollanda döneminden beri bir deniz hava üssü şehri olmuştur. 1922'de Hollanda deniz havacılık servisi, limanın yanında Morokrembangan adında bir deniz hava üssü inşa etti. Wikipedia'ya göre, trafik arttıkça alan kalabalıklaştı ve arazi yetersizliği nedeniyle genişletilemedi. Çözüm, şehrin güneyinde, günümüzde Sidoarjo olarak bilinen bölgede Waru'da yeni bir havaalanı inşa etmek oldu.

Vikipedi'nin ifadesiyle, Waru Projesi, Endonezya'nın bağımsızlığından bu yana ilk büyük havaalanı projesiydi. 1960 ile 1964 yılları arasında, danışmanlık firması Compagnie d'Ingénieurs et Techniciens ve yüklenici firma Société de Construction des Batignolles olmak üzere iki Fransız şirketi tarafından yürütüldü ve yaklaşık 11,2 milyon metreküp malzeme taşındı. Pist, planlanandan yedi ay önce, 22 Eylül 1963'te faaliyete geçti ve iniş yapan ilk uçaklar deniz kuvvetlerine aitti. İnşaat sırasında yaşanan mali krizi çözen Başbakan Djuanda Kartawidjaja, 7 Kasım 1963'te vefat etti ve üsse onun adı verildi. Başkan Sukarno, üssü 12 Ağustos 1964'te resmen hizmete açtı.

Juanda, Sukarno'nun önce Batı Yeni Gine, ardından da Malezya ile olan çatışmalarının doruk noktasında açıldı ve donanmanın hava kuvvetleri kısa bir süre için taarruz gücü olarak görev yaptı. Endonezya Wikipedia'sı, 1960'lardaki filolar arasında, denizaltı karşıtı, nakliye, helikopter, devriye ve eğitim birimlerinin yanı sıra 100 ile 900 arasında numaralandırılmış, torpido bombardımanı için 500. Filo'yu da listeliyor.

İngilizce Vikipedi'nin Il-28 makalesine göre, Juanda'daki 500. Filo 1965'te on bir Il-28T torpido bombardıman uçağı ve iki Il-28U eğitim uçağı aldı ve daha sonra 1964'te hizmetten çıkarılan hava kuvvetlerinin Il-28'lerini devraldı. Endonezya Vikipedi'si, 1955-1965 arasını filonun taarruz dönemi olarak tanımlıyor. Ancak bu uzun sürmedi. Kalan tüm deniz kuvvetleri Il-28'leri 1972'ye kadar hizmetten çıkarıldı. Ulaşılan kaynaklarda Juanda'nın Il-28'lerinin muharebede kullanıldığına dair herhangi bir kayıt bulunmamaktadır.

Juanda, büyük Asya havaalanları arasında sıra dışı bir yere sahip: Endonezya Donanması arazinin sahibi ve yolcu terminali sivil bir bölge olarak işlev görüyor. Wikipedia, Juanda Deniz Hava Üssü'nü büyük bir A Sınıfı tesis ve Deniz Havacılık Merkezi'nin karargahı olarak tanımlıyor ve hava kuvvetlerinin B Tipi bir üs olan Muljono Hava Kuvvetleri Üssü'nün de bu havaalanında faaliyet gösterdiğini belirtiyor.

Donanmanın sahipliği, havaalanının günlük yaşamına da yansıyor. 7 Şubat 2025'te Antara, Donanma Hava Üssü, havaalanının güvenlik birimi ve gümrüğün, Deniz Havacılık Merkezi komutanının aldığı istihbarata dayanarak hareket ettiğini ve Singapur'a tarifeli bir uçuşta 9 milyar rupiden fazla değerde 60.205 ıstakoz larvası sevkiyatını durdurduğunu bildirdi. Donanma havacılığının yıldönümü, donanma hangarlarının yanındaki apron üzerinde kutlanıyor: 17 Haziran 2023'te, 67. yıldönümü için, 200. Filo'nun Bonanza eğitim uçakları bir gösteri uçuşu gerçekleştirdi.

Juanda, bu birimin birçok isim değişikliğine rağmen değişmeyen bir unsur olmuştur. Endonezya Vikipedisi, Deniz Havacılık Bürosu'ndan Deniz Havacılık Komutanlığı (Konerbal), deniz kurmay bölümü, özel kurmay ve Deniz Havacılık Servisi (Disnerbal) aracılığıyla 13 Haziran 2006'ya kadar uzanan bir zinciri izler; bu tarihte tüm deniz havacılığı, merkezi Juanda'da bulunan Deniz Havacılık Merkezi (Puspenerbal) altına alınmıştır.

Wikipedia'ya göre Juanda'da konuşlanmış Udara 2 Kanadı'nın beş filosu bulunmaktadır: AS565 MBe Panther denizaltı savar helikopterlerine sahip 100. Filo, Bonanza G36, TB-9 Tampico ve EC120B Colibri eğitim uçaklarına sahip 200. Filo, hızlı lojistik için C-212-200 Aviocar'lara sahip 600. Filo, ScanEagle insansız hava araçlarına sahip 700. Filo ve CN-235-220 deniz devriye uçaklarına sahip 800. Filo. Bir Deniz Havacılık Müzesi'nde tam boyutlu uçaklar sergilenmektedir.

Uçakları Surabaya'dan çok uzakta görev yapıyor. Antara'nın bildirdiğine göre, Nisan 2026'da 800. Filo'ya ait CN235 P-8301, Tameng Papua Operasyonu için Ambon'dan devriye uçuşları yaptı ve Panther'ler, BM ile birlikte Lübnan açıklarında Endonezya korvetlerinde görev yaptı. Eğitim maliyeti de kendini gösteriyor: 7 Eylül 2022'de Bonanza T-2503, filo tatbikatı için saat 08:45'te Juanda'dan kalktı ve yaklaşık 45 dakika sonra Bangkalan açıklarında Madura Boğazı'na düştü.