Surabaya ha sido una ciudad aeronaval desde la época holandesa. En 1922, el servicio de aviación naval de los Países Bajos construyó Morokrembangan, una base aeronaval junto al puerto. Wikipedia indica que, debido al aumento del tráfico aéreo, el aeródromo se congestionó y no pudo ampliarse por falta de terreno. La solución fue la construcción de un nuevo aeródromo en Waru, al sur de la ciudad, en lo que hoy es Sidoarjo.

El proyecto Waru fue, según Wikipedia, el primer gran proyecto aeroportuario de Indonesia desde su independencia. Dos empresas francesas, la consultora Compagnie d'Ingénieurs et Techniciens y la constructora Société de Construction des Batignolles, lo gestionaron entre 1960 y 1964, moviendo aproximadamente 11,2 millones de metros cúbicos de material. La pista se declaró operativa el 22 de septiembre de 1963, siete meses antes de lo previsto, y los primeros aviones en aterrizar fueron de la Armada. El primer ministro Djuanda Kartawidjaja, quien resolvió una crisis financiera durante la construcción, falleció el 7 de noviembre de 1963, y la base recibió su nombre en su honor. El presidente Sukarno la inauguró el 12 de agosto de 1964.

Juanda entró en acción en el apogeo de los enfrentamientos de Sukarno, primero sobre Nueva Guinea Occidental y luego con Malasia, y la fuerza aérea de la armada se convirtió brevemente en una fuerza de ataque. La Wikipedia indonesia enumera el Escuadrón 500 para bombardeo con torpedos entre los escuadrones de la armada en la década de 1960, junto con unidades antisubmarinas, de transporte, de helicópteros, de patrulla y de entrenamiento numeradas del 100 al 900.

Según el artículo sobre el Il-28 en la Wikipedia en inglés, el Escuadrón 500 de Juanda recibió once bombarderos torpederos Il-28T y dos aviones de entrenamiento Il-28U en 1965, y posteriormente se hizo cargo de los Il-28 de la fuerza aérea, que esta había retirado en 1964. La Wikipedia en indonesio describe la década de 1955 a 1965 como el período ofensivo de la fuerza. Este período no duró. Todos los Il-28 navales restantes fueron retirados en 1972. No se registra ningún uso en combate de los Il-28 de Juanda en las fuentes consultadas.

Juanda es un caso atípico entre los grandes aeropuertos asiáticos: la Armada de Indonesia es propietaria del terreno y la terminal de pasajeros funciona como un enclave civil. Wikipedia describe la Estación Aeronaval Juanda como una importante instalación de Clase A y la sede del Centro de Aviación Naval, y señala que la Base Aérea Muljono de la Fuerza Aérea, una base de Tipo B, también opera en el aeródromo.

La influencia de la Armada se hace patente en el día a día del aeropuerto. El 7 de febrero de 2025, Antara informó de que la base aeronaval, la unidad de seguridad del aeropuerto y la aduana habían interceptado un cargamento de 60.205 larvas de langosta, valorado en más de 9.000 millones de rupias, en un vuelo programado a Singapur. Según el comandante del Centro de Aviación Naval, actuaron basándose en información de inteligencia recibida por su mando. El aniversario de la aviación naval se celebra en la plataforma junto a los hangares de la Armada: el 17 de junio de 2023, con motivo de su 67.º aniversario, los aviones de entrenamiento Bonanza del Escuadrón 200 realizaron una exhibición.

Juanda también ha sido la constante a través de los numerosos cambios de nombre de la rama. La Wikipedia indonesia traza una cadena desde la Oficina de Aviación Naval a través de un Comando de Aviación Naval (Konerbal), una sección de estado mayor naval, un estado mayor especial y el Servicio de Aviación Naval (Disnerbal) hasta el 13 de junio de 2006, cuando toda la aviación naval quedó bajo el Centro de Aviación Naval, Puspenerbal, con su sede en Juanda.

Wikipedia enumera cinco escuadrones del Ala Udara 2 en Juanda: el Escuadrón 100 con helicópteros antisubmarinos AS565 MBe Panther, el Escuadrón 200 con aviones de entrenamiento Bonanza G36, TB-9 Tampico y EC120B Colibri, el Escuadrón 600 con vehículos C-212-200 Aviocar para logística rápida, el Escuadrón 700 con drones ScanEagle y el Escuadrón 800 con aviones de patrulla marítima CN-235-220. Un Museo de Aviación Naval exhibe aeronaves a tamaño real.

Sus aeronaves operan lejos de Surabaya. En abril de 2026, el CN235 P-8301 del Escuadrón 800 realizó patrullas desde Ambon para la Operación Tameng Papua, según informó Antara, y los Panthers han servido a bordo de corbetas indonesias frente a las costas del Líbano con la ONU. El costo del entrenamiento también se hace evidente: el 7 de septiembre de 2022, el Bonanza T-2503 despegó de Juanda a las 08:45 para un ejercicio de la flota y se estrelló en el estrecho de Madura, frente a Bangkalan, unos 45 minutos después.