Surabaya is al sinds de Nederlandse tijd een marinevliegstad. In 1922 bouwde de Nederlandse marinevliegdienst Morokrembangan, een marinevliegbasis aan de haven. Volgens Wikipedia raakte het vliegveld overvol door de toenemende verkeersdrukte en kon het niet worden uitgebreid vanwege een gebrek aan grond. De oplossing was een nieuw vliegveld in Waru, ten zuiden van de stad, in het huidige Sidoarjo.

Project Waru was, volgens Wikipedia, Indonesië's eerste grote vliegveldproject sinds de onafhankelijkheid. Twee Franse bedrijven, het adviesbureau Compagnie d'Ingénieurs et Techniciens en de aannemer Société de Construction des Batignolles, waren verantwoordelijk voor de uitvoering ervan tussen 1960 en 1964. Er werd ongeveer 11,2 miljoen kubieke meter materiaal verplaatst. De landingsbaan werd op 22 september 1963 in gebruik genomen, zeven maanden eerder dan gepland, en de eerste vliegtuigen die er landden waren marinevliegtuigen. Premier Djuanda Kartawidjaja, die een financiële crisis tijdens de bouw had opgelost, overleed op 7 november 1963, waarna de basis naar hem werd vernoemd. President Sukarno opende de basis op 12 augustus 1964.

Juanda werd geopend tijdens de hoogtijdagen van Sukarno's confrontaties, eerst over West-Nieuw-Guinea en vervolgens met Maleisië, en de luchtmacht van de marine fungeerde korte tijd als aanvalseenheid. De Indonesische Wikipedia vermeldt een 500e squadron voor torpedobommenwerpers onder de squadrons van de marine uit de jaren 60, naast onderzeebootbestrijdings-, transport-, helikopter-, patrouille- en trainingseenheden met nummers van 100 tot 900.

Volgens het Engelstalige Wikipedia-artikel over de Il-28 ontving het 500e Squadron op Juanda in 1965 elf Il-28T torpedobommenwerpers en twee Il-28U trainingsvliegtuigen, en nam later de Il-28's van de luchtmacht over, die in 1964 waren uitgefaseerd. De Indonesische Wikipedia beschrijft het decennium van 1955 tot 1965 als de offensieve periode van het wapen. Deze duurde echter niet lang. Alle resterende Il-28's van de marine werden in 1972 uitgefaseerd. De geraadpleegde bronnen vermelden geen gevechtsgebruik van de Il-28's op Juanda.

Juanda is ongebruikelijk onder de grote Aziatische luchthavens: de Indonesische marine is eigenaar van het terrein en de passagiersterminal functioneert als een civiele enclave. Wikipedia beschrijft Naval Air Station Juanda als een belangrijke installatie van klasse A en het hoofdkwartier van het Naval Aviation Center, en merkt op dat de Muljono Air Force Base van de luchtmacht, een basis van type B, ook op het vliegveld gevestigd is.

De betrokkenheid van de marine is merkbaar in het dagelijks leven op de luchthaven. Op 7 februari 2025 meldde Antara dat de marinevliegbasis, de beveiligingsdienst van de luchthaven en de douane een lading van 60.205 kreeftenlarven ter waarde van meer dan 9 miljard rupiah hadden onderschept op een lijnvlucht naar Singapore. Volgens de commandant van het Marinevliegcentrum handelden zij op basis van inlichtingen die zijn commando had ontvangen. De viering van het jubileum van de marinevliegerij vindt plaats op het platform bij de hangars van de marine: op 17 juni 2023, ter gelegenheid van het 67-jarig bestaan, voerden Bonanza-trainingsvliegtuigen van Squadron 200 een demonstratievlucht uit.

Juanda is ook de constante factor gebleven gedurende de vele naamswijzigingen van de marine. De Indonesische Wikipedia beschrijft een keten van het Bureau voor Marine Luchtvaart via een Commando Marine Luchtvaart (Konerbal), een stafafdeling van de marine, een speciale staf en de Marine Luchtvaartdienst (Disnerbal) naar 13 juni 2006, toen alle marineluchtvaart werd ondergebracht bij het Centrum voor Marine Luchtvaart, Puspenerbal, met het hoofdkantoor in Juanda.

Wikipedia vermeldt vijf squadrons van Wing Udara 2 in Juanda: Squadron 100 met AS565 MBe Panther anti-onderzeeërhelikopters, Squadron 200 met Bonanza G36, TB-9 Tampico en EC120B Colibri trainingsvliegtuigen, Squadron 600 met C-212-200 Aviocars voor snelle logistiek, Squadron 700 met ScanEagle drones en Squadron 800 met CN-235-220 maritieme patrouillevliegtuigen. Een marine-luchtvaartmuseum toont vliegtuigen op ware grootte.

De vliegtuigen opereren ver van Surabaya. In april 2026 voerde de CN235 P-8301 van Squadron 800 patrouilles uit vanuit Ambon voor Operatie Tameng Papua, meldde Antara, en Panthers hebben dienstgedaan aan boord van Indonesische korvetten voor de kust van Libanon in opdracht van de VN. De kosten van de training zijn ook merkbaar: op 7 september 2022 steeg een Bonanza T-2503 om 08:45 uur op vanuit Juanda voor een vlootmanoeuvre en stortte ongeveer 45 minuten later neer in de Straat van Madura bij Bangkalan.