Surabaya é uma cidade com forte presença da aviação naval desde a época holandesa. Em 1922, o serviço de aviação naval dos Países Baixos construiu Morokrembangan, uma base aérea naval junto ao porto. A Wikipédia afirma que, com o aumento do tráfego aéreo, a base ficou congestionada e não pôde ser expandida por falta de espaço. A solução encontrada foi a construção de um novo aeródromo em Waru, ao sul da cidade, na atual Sidoarjo.

O Projeto Waru foi, segundo a Wikipédia, o primeiro grande projeto aeroportuário da Indonésia desde a independência. Duas empresas francesas o executaram, a consultora Compagnie d'Ingénieurs et Techniciens e a empreiteira Société de Construction des Batignolles, entre 1960 e 1964, movimentando cerca de 11,2 milhões de metros cúbicos de material. A pista foi declarada operacional em 22 de setembro de 1963, sete meses antes do previsto, e as primeiras aeronaves a pousar foram da Marinha. O primeiro-ministro Djuanda Kartawidjaja, que resolveu uma crise financeira durante a construção, faleceu em 7 de novembro de 1963, e a base foi nomeada em sua homenagem. O presidente Sukarno a inaugurou em 12 de agosto de 1964.

Juanda iniciou suas atividades no auge dos confrontos de Sukarno, primeiro sobre a Nova Guiné Ocidental e depois com a Malásia, e a força aérea da marinha atuou brevemente como força de ataque. A Wikipédia indonésia lista um 500º Esquadrão para bombardeio com torpedos entre os esquadrões da força naval da década de 1960, ao lado de unidades antissubmarino, de transporte, de helicópteros, de patrulha e de treinamento, numeradas de 100 a 900.

De acordo com o artigo da Wikipédia em inglês sobre o Il-28, o 500º Esquadrão em Juanda recebeu onze bombardeiros torpedeiros Il-28T e dois treinadores Il-28U em 1965, e posteriormente assumiu os Il-28 da Força Aérea, que haviam sido aposentados por esta em 1964. A Wikipédia em indonésio descreve a década de 1955 a 1965 como o período ofensivo da força aérea. Este período, porém, não durou. Todos os Il-28 navais restantes foram aposentados até 1972. Não há registro de uso em combate dos Il-28 de Juanda nas fontes consultadas.

Juanda é um caso atípico entre os grandes aeroportos asiáticos: a Marinha da Indonésia é proprietária do terreno, e o terminal de passageiros funciona como uma área civil. A Wikipédia descreve a Estação Aeronaval de Juanda como uma importante instalação Classe A e sede do Centro de Aviação Naval, e observa que a Base Aérea de Muljono, uma base Tipo B da Força Aérea, também opera no aeródromo.

A influência da Marinha se faz presente no cotidiano do aeroporto. Em 7 de fevereiro de 2025, a Antara noticiou que a base aérea naval, a unidade de segurança do aeroporto e a alfândega interceptaram um carregamento de 60.205 larvas de lagosta, avaliadas em mais de 9 bilhões de rupias, em um voo programado para Singapura. A ação foi tomada, segundo o comandante do Centro de Aviação Naval, com base em informações de inteligência recebidas por seu comando. O aniversário da aviação naval é comemorado no pátio de manobras, próximo aos hangares da Marinha: em 17 de junho de 2023, para celebrar o 67º aniversário, aeronaves de treinamento Bonanza do Esquadrão 200 realizaram uma demonstração aérea.

Juanda também se manteve constante ao longo das muitas mudanças de nome da força. A Wikipédia indonésia traça uma cadeia desde o Departamento de Aviação Naval, passando por um Comando de Aviação Naval (Konerbal), uma seção do Estado-Maior da Marinha, um Estado-Maior Especial e o Serviço de Aviação Naval (Disnerbal), até 13 de junho de 2006, quando toda a aviação naval foi reunida sob o Centro de Aviação Naval, Puspenerbal, com sua sede em Juanda.

A Wikipédia lista cinco esquadrões da Ala Udara 2 em Juanda: Esquadrão 100 com helicópteros antissubmarino AS565 MBe Panther, Esquadrão 200 com aeronaves de treinamento Bonanza G36, TB-9 Tampico e EC120B Colibri, Esquadrão 600 com aeronaves de transporte logístico rápido C-212-200 Aviocar, Esquadrão 700 com drones ScanEagle e Esquadrão 800 com aeronaves de patrulha marítima CN-235-220. Um Museu da Aviação Naval exibe aeronaves em tamanho real.

Suas aeronaves operam longe de Surabaya. Em abril de 2026, o CN235 P-8301 do Esquadrão 800 realizou patrulhas a partir de Ambon para a Operação Tameng Papua, informou a Antara, e os Panthers serviram a bordo de corvetas indonésias no Líbano com a ONU. O custo do treinamento também se reflete: em 7 de setembro de 2022, o Bonanza T-2503 decolou de Juanda às 8h45 para um exercício da frota e caiu no Estreito de Madura, perto de Bangkalan, cerca de 45 minutos depois.