Mafraq leží na staré trase severně z Ammánu do Sýrie, a proto ho Britové chtěli. Anglická Wikipedie, čerpající ze standardního odkazu C. G. Jefforda nazvaného RAF Squadrons, uvádí, že ve 20. letech 20. století zde RAF udržovala obrněné vozy a že 14. peruť mezi únorem 1920 a červnem 1924 létala z pole jako oddíl se stíhačkami Bristol F.2. V Transjordánsku, stejně jako v Iráku, byla RAF hlavním nástrojem britské kontroly a letectvo bylo levnější než posádky.

Letiště se v době proudových letadel rozrostlo. V roce 1951 bylo přestavěno s novými budovami a betonovou ranvejí; v dubnu téhož roku sem 249. peruť přiletěla se svými stíhačkami Vampire FB.5. Oddíl 6. perutě zde létal s letouny Venom od října 1954 do září 1955 a stíhačky Venom FB.1 od 32. perutě byly v Mafraqu od října 1956 do ledna 1957, tedy v měsících Suezské krize. Jordánská politika poté převzala kontrolu nad RAF. Král Husajn 1. března 1956 odvolal Glubba Pašu a 31. května 1957 byla letecká základna RAF Mafraq evakuována a předána jordánské vládě.

V červnu 1959 byla stanice přejmenována na leteckou základnu krále Husseina po králi, který byl sám pilotem. Letecký výcvik začal v roce 1960 s letkou č. 4 na letounech Chipmunkové a anglická Wikipedie zde v prvních letech uvádí letky Hunter a Vampire. V Mafraqu se nacházely jordánské stíhačky, a proto se zde konfrontace s Izraelem projevila jako první.

Dne 13. listopadu 1966 vyslal Izrael do vesnice Samu na Západním břehu Jordánu, která byla tehdy pod jordánskou kontrolou, velké pozemní síly s tanky. Zpráva o náletu na anglické Wikipedii uvádí, že osm jordánských letounů Hunter bylo vysláno do vzduchu v Mafraqu a narazilo na čtyři izraelské Mirage III; jeden Hunter byl sestřelen a jeho pilot zabit a izraelské letadlo bylo poškozeno a donuceno k přistání. Pilotem byl poručík Muwaffaq Salti, jehož jméno letectvo později dalo své nové základně v Azraqu. Dne 25. listopadu Rada bezpečnosti OSN odsoudila Izrael za nálet v rezoluci 228.

O sedm měsíců později se základna stala terčem útoků. 5. června 1967, poté, co jordánské letouny Hunter zaútočily na Netanju, izraelské letectvo zaútočilo na jordánské letecké základny ve dvou vlnách: první vlna způsobila krátery na ranvejích a zničila řídící věže, druhá vlna podle izraelských údajů zničila všech 21 jordánských letounů Hunter, šest transportních letadel a dva vrtulníky. Článek o základně na anglické Wikipedii uvádí, že byl zničen jeden z hangárů Mafraqu, některá letadla a ranvej. Čísla jsou izraelská; jordánské sčítání pouze pro Mafraq nebylo nalezeno.

Bez letadel po roce 1967 se letectvo pomalu obnovovalo a Mafraq se stal jeho školou. Podle anglické Wikipedie začal plný pilotní výcvik v Jordánsku na základně v roce 1974 a první kurz byl ukončen v roce 1975; do té doby byli jordánští piloti cvičeni převážně v zahraničí. V roce 1978 základna získala název King Hussein Air College. V roce 1979 následovala štábní škola a v roce 1990 byla zřízena Letecká velitelská a štábní škola, která byla později rozpuštěna.

Nejznámějším absolventem školy je Muath al-Kasasbeh. Anglická Wikipedie uvádí, že v roce 2009 absolvoval Leteckou akademii krále Husseina, kvalifikoval se na F-16 a v roce 2012 létal z letecké základny Muwaffaq Salti; byl zajat, když se jeho letadlo 24. prosince 2014 zřítilo poblíž Rakky, a byl zabit Islámským státem. Škola se změnila s letectvem: první třída kadetek promovala v roce 2020 a v listopadu 2022, jak informoval Breaking Defense, letectvo podepsalo pro školu deset cvičných vrtulníků Bell 505, které měly nahradit její vrtulníky Robinson R44 a podpořit tříletý program v letecké vědě, navigaci a řízení letového provozu.

To, co dnes létá v Mafraqu, letectvo nezveřejňuje ve formě, kterou by bylo možné pro tuto stránku ověřit. Článek RJAF na Wikipedii s odvoláním na webové stránky letectva sem umisťuje výcvikové letky a školu leteckých instruktorů a zřejmými kandidáty jsou cvičné letouny Pilatus PC-21 a Grob G 120TP letectva; jejich základna zde není potvrzena.