Mafraq fica na antiga rota norte de Amã para a Síria, e foi por isso que os britânicos a queriam. A Wikipédia em inglês, baseando-se na obra de referência padrão de CG Jefford, "RAF Squadrons", registra que na década de 1920 a RAF mantinha carros blindados lá, e que o Esquadrão nº 14 operou caças Bristol F.2 a partir do campo como um destacamento entre fevereiro de 1920 e junho de 1924. Na Transjordânia, assim como no Iraque, a RAF era o principal instrumento de controle britânico, e o poder aéreo era mais barato do que guarnições.

O aeródromo cresceu na era dos jatos. Em 1951, foi reconstruído com novos edifícios e uma pista de concreto; em abril daquele ano, o Esquadrão nº 249 trouxe seus Vampire FB.5. Um destacamento do Esquadrão nº 6 operou Venoms ali de outubro de 1954 a setembro de 1955, e os Venom FB.1 do Esquadrão nº 32 estiveram em Mafraq de outubro de 1956 a janeiro de 1957, durante os meses da crise de Suez. A política da Jordânia então ultrapassou a RAF. O Rei Hussein havia destituído Glubb Pasha em 1º de março de 1956, e em 31 de maio de 1957 a RAF Mafraq foi evacuada e entregue ao governo jordaniano.

Em junho de 1959, a base foi renomeada Base Aérea Rei Hussein, em homenagem ao rei, que também era piloto. O treinamento de voo começou em 1960 com o Esquadrão nº 4, equipado com aviões Chipmunk, e a Wikipédia em inglês lista esquadrões Hunter e Vampire na base nos primeiros anos. Mafraq era onde se concentravam os caças da Jordânia, e por isso foi onde o confronto com Israel se fez sentir pela primeira vez.

Em 13 de novembro de 1966, Israel enviou uma grande força terrestre com tanques para a vila de Samu, na Cisjordânia, então sob controle jordaniano. O relato da Wikipédia em inglês sobre o ataque diz que oito caças Hunter jordanianos foram acionados em Mafraq e encontraram quatro Mirage III israelenses; um Hunter foi abatido e seu piloto morto, e uma aeronave israelense foi danificada e forçada a pousar. O piloto era o tenente Muwaffaq Salti, cujo nome a força aérea posteriormente deu à sua nova base em Azraq. Em 25 de novembro, o Conselho de Segurança da ONU condenou Israel pelo ataque na Resolução 228.

Sete meses depois, a base tornou-se alvo. Em 5 de junho de 1967, após os caças Hunter jordanianos atacarem Netanya, a Força Aérea Israelense atacou as bases aéreas da Jordânia em duas ondas: a primeira devastou as pistas e destruiu as torres de controle; a segunda destruiu, segundo o relato israelense, todos os 21 caças Hunter jordanianos, seis aeronaves de transporte e dois helicópteros. O artigo da Wikipédia em inglês sobre a base afirma que um dos hangares de Mafraq, algumas aeronaves e uma pista foram destruídos. Os números são de Israel; não foi encontrado nenhum levantamento jordaniano referente apenas a Mafraq.

Sem aeronaves após 1967, a força aérea se reconstruiu lentamente, e Mafraq tornou-se sua escola. De acordo com a Wikipédia em inglês, o treinamento completo de pilotos na Jordânia começou na base em 1974 e a primeira turma se formou em 1975; até então, os pilotos jordanianos eram treinados principalmente no exterior. Em 1978, a base passou a se chamar Escola Aérea Rei Hussein. Uma escola de estado-maior foi criada em 1979, e uma Escola de Comando e Estado-Maior da Força Aérea foi formada em 1990 e posteriormente desativada.

O graduado mais conhecido da academia é Muath al-Kasasbeh. A Wikipédia em inglês afirma que ele se formou na Academia Aérea Rei Hussein em 2009, qualificou-se no F-16 e, em 2012, já voava a partir da Base Aérea de Muwaffaq Salti; ele foi capturado quando sua aeronave caiu perto de Raqqa em 24 de dezembro de 2014 e foi morto pelo Estado Islâmico. A academia acompanhou as mudanças da Força Aérea: a primeira turma de cadetes femininas se formou em 2020 e, em novembro de 2022, conforme noticiado pelo Breaking Defense, a Força Aérea assinou um contrato para a aquisição de dez helicópteros de treinamento Bell 505 para a academia, que substituirão seus Robinson R44 e darão suporte a um programa de três anos em ciências da aviação, navegação e controle de tráfego aéreo.

As informações sobre as aeronaves que operam em Mafraq atualmente não são divulgadas pela Força Aérea de forma que possam ser verificadas para esta página. O artigo da Wikipédia sobre a Força Aérea Real da República de Jordânia (RJAF), citando o site da Força Aérea, indica que esquadrões de treinamento e a Escola de Instrutores de Voo estão localizados aqui, sendo os aviões de treinamento Pilatus PC-21 e Grob G 120TP da Força Aérea os candidatos mais óbvios; sua base, no entanto, não é confirmada.