Mafraq se encuentra en la antigua ruta que unía Amán con Siria, y por eso los británicos la querían. La Wikipedia en inglés, basándose en la obra de referencia estándar RAF Squadrons de C.G. Jefford, registra que en la década de 1920 la RAF mantenía allí vehículos blindados, y que el Escuadrón n.º 14 operó cazas Bristol F.2 desde el aeródromo como destacamento entre febrero de 1920 y junio de 1924. En Transjordania, al igual que en Irak, la RAF era el principal instrumento de control británico, y el poder aéreo era más barato que las guarniciones.

El aeródromo creció en la era de los reactores. En 1951 fue reconstruido con nuevos edificios y una pista de hormigón; en abril de ese año, el Escuadrón n.º 249 trajo sus Vampire FB.5. Un destacamento del Escuadrón n.º 6 voló Venoms aquí desde octubre de 1954 hasta septiembre de 1955, y los Venom FB.1 del Escuadrón n.º 32 estuvieron en Mafraq desde octubre de 1956 hasta enero de 1957, los meses de la crisis de Suez. La política de Jordania entonces superó a la RAF. El rey Hussein había destituido a Glubb Pasha el 1 de marzo de 1956, y el 31 de mayo de 1957 la base aérea de Mafraq fue evacuada y entregada al gobierno jordano.

En junio de 1959, la base pasó a llamarse Base Aérea Rey Hussein, en honor al rey, que también era piloto. El entrenamiento de vuelo comenzó en 1960 con el Escuadrón n.º 4 a bordo de aviones Chipmunk, y la Wikipedia en inglés menciona que los escuadrones Hunter y Vampire operaron allí en los primeros años. Mafraq era donde se encontraban los cazas jordanos, y por lo tanto, fue allí donde se sintieron por primera vez los efectos del conflicto con Israel.

El 13 de noviembre de 1966, Israel envió un gran contingente terrestre con tanques a la aldea de Samu, en Cisjordania, entonces bajo control jordano. Según la Wikipedia en inglés, ocho aviones Hunter jordanos despegaron de Mafraq y se encontraron con cuatro Mirage III israelíes; uno de los Hunter fue derribado y su piloto murió, y un avión israelí resultó dañado y se vio obligado a aterrizar. El piloto era el teniente Muwaffaq Salti, cuyo nombre la fuerza aérea posteriormente dio a su nueva base en Azraq. El 25 de noviembre, el Consejo de Seguridad de la ONU condenó a Israel por el ataque en la Resolución 228.

Siete meses después, la base fue blanco de un ataque. El 5 de junio de 1967, tras el ataque de los Hunters jordanos a Netanya, la Fuerza Aérea Israelí atacó las bases aéreas de Jordania en dos oleadas: la primera destruyó las pistas de aterrizaje y las torres de control; la segunda, según el relato israelí, destruyó los 21 Hunters jordanos, seis aviones de transporte y dos helicópteros. El artículo de la Wikipedia en inglés sobre la base indica que uno de los hangares de Mafraq, algunos aviones y una pista de aterrizaje fueron destruidos. Estas cifras corresponden a Israel; no se encontró ningún recuento jordano específico para Mafraq.

Tras quedarse sin aeronaves en 1967, la fuerza aérea se reconstruyó lentamente y Mafraq se convirtió en su escuela. Según la Wikipedia en inglés, la formación completa de pilotos en Jordania comenzó en esta base en 1974 y la primera promoción se graduó en 1975; hasta entonces, los pilotos jordanos se habían formado principalmente en el extranjero. En 1978, la base pasó a llamarse Colegio Aéreo Rey Hussein. En 1979 se creó una escuela de estado mayor y, en 1990, se formó un Colegio de Mando y Estado Mayor Aéreo, que posteriormente fue disuelto.

El egresado más conocido de la academia es Muath al-Kasasbeh. Según la Wikipedia en inglés, se graduó de la Academia Aérea Rey Hussein en 2009, se cualificó en el F-16 y en 2012 ya volaba desde la base aérea de Muwaffaq Salti. Fue capturado cuando su avión se estrelló cerca de Raqqa el 24 de diciembre de 2014 y fue asesinado por el Estado Islámico. La academia ha evolucionado junto con la fuerza aérea: la primera promoción de cadetes femeninas se graduó en 2020 y, en noviembre de 2022, según informó Breaking Defense, la fuerza aérea adquirió diez helicópteros de entrenamiento Bell 505 para la academia, con el fin de reemplazar sus Robinson R44 y apoyar un programa de tres años en ciencias de la aviación, navegación y control de tráfico aéreo.

La fuerza aérea no publica información sobre las aeronaves que operan actualmente en Mafraq de forma que pueda consultarse en esta página. El artículo de Wikipedia sobre la RJAF, que cita el sitio web de la fuerza aérea, sitúa aquí los escuadrones de entrenamiento y la Escuela de Instructores de Vuelo, y los aviones de entrenamiento Pilatus PC-21 y Grob G 120TP de la fuerza aérea son los candidatos más probables; su base no está confirmada en este lugar.