Mafraq ligt aan de oude route van Amman naar Syrië, en daarom wilden de Britten het hebben. De Engelse Wikipedia, die gebruikmaakt van het standaard naslagwerk RAF Squadrons van C.G. Jefford, vermeldt dat de RAF er in de jaren twintig pantserwagens stationeerde en dat Squadron 14 tussen februari 1920 en juni 1924 als detachement met Bristol F.2-jagers vanaf het vliegveld opereerde. In Transjordanië, net als in Irak, was de RAF het belangrijkste instrument van de Britse controle, en luchtmacht was goedkoper dan garnizoenen.

Het vliegveld groeide in het straalvliegtuigtijdperk. In 1951 werd het herbouwd met nieuwe gebouwen en een betonnen landingsbaan; in april van dat jaar bracht Squadron 249 zijn Vampire FB.5's hierheen. Een detachement van Squadron 6 vloog hier met Venoms van oktober 1954 tot september 1955, en de Venom FB.1's van Squadron 32 waren van oktober 1956 tot januari 1957 in Mafraq gestationeerd, de maanden van de Suezcrisis. De Jordaanse politiek haalde de RAF vervolgens in. Koning Hussein had Glubb Pasha op 1 maart 1956 ontslagen en op 31 mei 1957 werd RAF Mafraq geëvacueerd en overgedragen aan de Jordaanse regering.

In juni 1959 werd de basis omgedoopt tot King Hussein Air Base, naar de koning die zelf piloot was. De vliegopleiding begon in 1960 met Squadron 4 op Chipmunks, en de Engelstalige Wikipedia vermeldt dat er in de beginjaren ook squadrons Hunter en Vampire gestationeerd waren. Mafraq was de thuisbasis van de Jordaanse gevechtsvliegtuigen, en daarom was het ook de plek waar de confrontatie met Israël voor het eerst voelbaar was.

Op 13 november 1966 stuurde Israël een grote grondmacht met tanks naar het dorp Samu op de Westelijke Jordaanoever, dat toen onder Jordaanse controle stond. Volgens het Engelstalige Wikipedia-artikel over de aanval werden acht Jordaanse Hunter-gevechtsvliegtuigen vanaf Mafraq ingezet en stuitten ze op vier Israëlische Mirage III's. Eén Hunter werd neergeschoten, waarbij de piloot om het leven kwam, en een Israëlisch vliegtuig raakte beschadigd en moest een noodlanding maken. De piloot was luitenant Muwaffaq Salti, naar wie de luchtmacht later haar nieuwe basis in Azraq vernoemde. Op 25 november veroordeelde de VN-Veiligheidsraad Israël voor de aanval in Resolutie 228.

Zeven maanden later was de basis een doelwit. Op 5 juni 1967, nadat Jordaanse Hunters Netanya hadden aangevallen, viel de Israëlische luchtmacht de Jordaanse luchtbases in twee golven aan: de eerste aanval verwoestte de landingsbanen en schakelde de controletorens uit, de tweede vernietigde, volgens Israëlische bronnen, alle 21 Jordaanse Hunters, zes transportvliegtuigen en twee helikopters. Het Engelstalige Wikipedia-artikel over de basis vermeldt dat een van de hangars van Mafraq, enkele vliegtuigen en een landingsbaan werden vernietigd. Deze cijfers zijn afkomstig van Israël; er is geen Jordaanse telling gevonden voor Mafraq alleen.

Zonder vliegtuigen na 1967 werd de luchtmacht langzaam herbouwd en Mafraq werd haar opleidingscentrum. Volgens de Engelstalige Wikipedia begon de volledige pilotenopleiding in Jordanië in 1974 op de basis en studeerde de eerste lichting in 1975 af; tot dan toe werden Jordaanse piloten grotendeels in het buitenland opgeleid. In 1978 kreeg de basis de naam King Hussein Air College. Een stafschool volgde in 1979 en een Air Command and Staff College werd opgericht in 1990 en later opgeheven.

De bekendste afgestudeerde van de academie is Muath al-Kasasbeh. Volgens de Engelstalige Wikipedia studeerde hij in 2009 af aan de King Hussein Air College, behaalde hij zijn vliegbrevet voor de F-16 en vloog hij in 2012 vanaf de luchtmachtbasis Muwaffaq Salti. Hij werd gevangengenomen toen zijn vliegtuig neerstortte nabij Raqqa op 24 december 2014 en werd gedood door Islamitische Staat. De academie is meegeëvolueerd met de luchtmacht: de eerste lichting vrouwelijke cadetten studeerde af in 2020 en in november 2022 tekende de luchtmacht, zoals Breaking Defense meldde, een contract voor tien Bell 505-trainingshelikopters voor de academie, ter vervanging van de Robinson R44's en ter ondersteuning van een driejarig programma in luchtvaartwetenschap, navigatie en luchtverkeersleiding.

Wat er vandaag de dag op Mafraq vliegt, is niet door de luchtmacht gepubliceerd in een vorm die voor deze pagina gecontroleerd kan worden. Het RJAF-artikel op Wikipedia, dat de website van de luchtmacht citeert, plaatst trainingseskaders en de vlieginstructeursschool hier, en de Pilatus PC-21 en Grob G 120TP trainingsvliegtuigen van de luchtmacht zijn de meest voor de hand liggende kandidaten; hun basis is hier echter niet bevestigd.