Futenma se construyó en 1945, durante los combates finales en Okinawa e inmediatamente después. La Wikipedia en inglés afirma que el aeródromo se asignó inicialmente a los bombarderos B-29 Superfortress de la Octava Fuerza Aérea para la invasión de las islas principales de Japón; la Wikipedia en japonés indica que ingenieros del Ejército de los Estados Unidos construyeron una pista de aterrizaje de unos 2400 metros en terrenos que habían sido requisados por la fuerza, donde las aldeas de Ginowan, Kamiyama, Shinjo y Nakahara contaban con unos 14 000 habitantes antes de la guerra.

La invasión nunca se produjo, pero el aeródromo permaneció. La Fuerza Aérea lo entregó a la Armada el 30 de junio de 1957, y el 7 de mayo de 1960 fue inaugurado como la Base Aérea Futenma del Cuerpo de Marines, siendo el Grupo Aéreo 16 de los Marines su primer inquilino operativo. Ginowan creció a su alrededor: la ciudad tenía unos 13 000 habitantes en 1944 y hoy cuenta con unos 94 000.

Futenma ha sido una base de helicópteros durante la mayor parte de su historia como base de la Infantería de Marina. El VMM-265, entonces un escuadrón de helicópteros, se trasladó allí por completo a principios de 1995. El CH-46E Sea Knight fue reemplazado por el MV-22B Osprey: los CH-46E del VMM-262, los últimos de este tipo en Okinawa y el Pacífico, realizaron su último vuelo desde Futenma el 30 de septiembre de 2013. El 13 de diciembre de 2016, un MV-22 de Futenma amerizó frente a Nago, resultando heridos dos de los cinco tripulantes.

Los aviones cisterna de ala fija se marcharon. El VMGR-152 trasladó sus 15 KC-130J a Iwakuni en junio de 2014, y la Wikipedia japonesa indica que el traslado se completó en agosto. Actualmente, la base alberga dos escuadrones de MV-22B y las unidades de control aéreo de la 1.ª Ala de Aeronaves de la Infantería de Marina.

Las denuncias medioambientales han exacerbado la tensión. La Wikipedia en inglés informa de una denuncia según la cual personal de mantenimiento encontró barriles con fugas de Agente Naranja en 1981; el Departamento de Defensa de EE. UU. niega que el Agente Naranja haya estado presente en Okinawa. En 2019 se detectaron altos niveles de perfluorooctanosulfonato (PFOS) en aguas cercanas a la base y en la sangre de residentes de Ginowan, y el Cuerpo de Marines no autorizó a la prefectura de Okinawa a inspeccionar la base. Las fuentes consultadas no registran ninguna resolución en ninguno de los casos.

La cuestión de la reubicación comenzó con el Comité de Acción Especial sobre Okinawa. Su informe final, del 2 de diciembre de 1996, estableció el objetivo de devolver Futenma por completo en un plazo de cinco a siete años, una vez que se hubiera construido un aeropuerto de reemplazo adecuado. La hoja de ruta de realineación entre Estados Unidos y Japón de 2006 fijó el aeropuerto de reemplazo en Henoko, junto al Campamento Schwab en el norte de Okinawa, con dos pistas de aterrizaje de 1800 m en forma de V, que debían estar terminadas para 2014.

El plan ha sobrevivido a todos los intentos de modificación. El primer ministro Yukio Hatoyama prometió en 2009 trasladar la base, al menos fuera de la prefectura, concluyó en 2010 que Henoko era inevitable y dimitió. El gobernador Hirokazu Nakaima aprobó el vertedero el 27 de diciembre de 2013; Takeshi Onaga, elegido en noviembre de 2014 con la promesa de detenerlo, revocó la aprobación en octubre de 2015. La construcción del dique de Henoko comenzó en 2017.

La batalla legal se ha decantado a favor del gobierno nacional. La Wikipedia japonesa registra que el Tribunal Supremo falló en contra de la prefectura en diciembre de 2016, que la prefectura volvió a perder tras retirar la aprobación en agosto de 2018, que el Tribunal Supremo volvió a fallar en su contra en septiembre de 2023, y que en diciembre de 2023, tras una orden judicial, el gobierno aprobó la modificación del diseño para las obras de mejora del terreno en la prefectura. Denny Tamaki, gobernador desde septiembre de 2018, continúa oponiéndose al proyecto.

El 24 de febrero de 2019, los habitantes de Okinawa votaron en un referéndum prefectural sobre el vertedero de Henoko; más de 701 millones de votos fueron en contra. La postura del gobierno japonés es que Henoko es la solución más adecuada; la prefectura de Okinawa se opone, y el gobernador Onaga insistió en que el Futenma debería trasladarse fuera de Okinawa. El presupuesto estimado por el Ministerio de Defensa ha aumentado de 350.000 millones a 930.000 millones de yenes, y ahora se prevé su finalización en la década de 2030. Mientras tanto, el Futenma sigue volando.