Futenma foi construído em 1945, durante os combates finais em Okinawa e imediatamente após o conflito. A Wikipédia em inglês afirma que o campo foi inicialmente destinado aos bombardeiros B-29 Superfortress da Oitava Força Aérea para a invasão das ilhas japonesas; a Wikipédia em japonês diz que engenheiros do Exército dos EUA projetaram uma pista de cerca de 2.400 metros em terras que haviam sido requisitadas à força, onde as aldeias de Ginowan, Kamiyama, Shinjo e Nakahara tinham cerca de 14.000 habitantes antes da guerra.

A invasão nunca aconteceu, mas o aeródromo permaneceu. A Força Aérea o entregou à Marinha em 30 de junho de 1957, e em 7 de maio de 1960 foi inaugurado como Base Aérea do Corpo de Fuzileiros Navais de Futenma, tendo o 16º Grupo Aéreo da Marinha como seu primeiro ocupante operacional. Ginowan cresceu ao seu redor: a cidade tinha cerca de 13.000 habitantes em 1944 e hoje tem cerca de 94.000.

Futenma foi uma base de helicópteros durante a maior parte de sua história como base da Marinha. O VMM-265, então um esquadrão de helicópteros, mudou-se completamente para lá no início de 1995. O CH-46E Sea Knight deu lugar ao MV-22B Osprey: os CH-46E do VMM-262, os últimos desse tipo em Okinawa e no Pacífico, fizeram seu voo final de Futenma em 30 de setembro de 2013. Em 13 de dezembro de 2016, um MV-22 de Futenma caiu na água próximo a Nago, ferindo dois dos cinco tripulantes.

Os aviões-tanque de asa fixa partiram. O VMGR-152 transferiu seus 15 KC-130J para Iwakuni a partir de junho de 2014, e a Wikipédia japonesa afirma que a transferência foi concluída em agosto. Hoje, a base abriga dois esquadrões de MV-22B e as unidades de controle aéreo da 1ª Ala Aérea da Marinha.

Alegações ambientais aumentaram o atrito. A Wikipédia em inglês relata uma alegação de que barris com vazamento de Agente Laranja foram encontrados por funcionários de manutenção em 1981; o Departamento de Defesa dos EUA nega que o Agente Laranja tenha estado presente em Okinawa. Em 2019, altos níveis de sulfonato de perfluorooctano (PFOS) foram encontrados nas águas próximas à base e no sangue de moradores de Ginowan, e o Corpo de Fuzileiros Navais não autorizou a Prefeitura de Okinawa a inspecionar a base. As fontes consultadas não registram nenhuma resolução para nenhum dos dois problemas.

A questão da realocação começou com o Comitê de Ação Especial para Okinawa. Seu relatório final, de 2 de dezembro de 1996, estabeleceu a meta de restaurar Futenma completamente dentro de cinco a sete anos, assim que uma aeronave substituta adequada fosse construída. O plano de realinhamento EUA-Japão de 2006 fixou a substituição em Henoko, próximo ao Campo Schwab, no norte de Okinawa, com duas pistas de 1.800 m em formato de V, com conclusão prevista para 2014.

O plano resistiu a todas as tentativas de alterá-lo. O primeiro-ministro Yukio Hatoyama prometeu em 2009 transferir a base, pelo menos para fora da prefeitura, concluiu em 2010 que Henoko era inevitável e renunciou. O governador Hirokazu Nakaima aprovou o aterro sanitário em 27 de dezembro de 2013; Takeshi Onaga, eleito em novembro de 2014 com a promessa de impedi-lo, revogou a aprovação em outubro de 2015. A construção do quebra-mar de Henoko começou em 2017.

A batalha judicial favoreceu o governo nacional. A Wikipédia japonesa registra que a Suprema Corte decidiu contra a prefeitura em dezembro de 2016, que a prefeitura perdeu novamente após retirar a aprovação em agosto de 2018, que a Suprema Corte decidiu contra ela em setembro de 2023 e que, em dezembro de 2023, após uma ordem judicial, o governo aprovou a alteração do projeto para obras de melhoria do solo no local da prefeitura. Denny Tamaki, governador desde setembro de 2018, continua a se opor ao projeto.

Em 24 de fevereiro de 2019, os habitantes de Okinawa votaram em um referendo estadual sobre o aterro sanitário de Henoko; mais de 701 mil votos foram contra. O governo japonês defende que Henoko é a solução mais adequada; a Prefeitura de Okinawa se opõe ao projeto, e o governador Onaga insistiu que a Base Aérea de Futenma deveria ser transferida para fora de Okinawa. A estimativa de custos do Ministério da Defesa aumentou de 350 bilhões para 930 bilhões de ienes, e a conclusão agora está prevista para a década de 2030. Até lá, a Base Aérea de Futenma continua operando.