瓦迪塞德纳的形成要归功于第二次世界大战，当时盟军通往中东和印度的渡轮航线要经过苏丹。英文维基百科是目前唯一能找到的关于这一时期的资料来源，其中记载英国皇家空军第114维修部队于1942年4月在此成立，并于1943年2月解散，该机场还被用于飞机的热带试验。.

美国人也来了。据同一篇文章记载，美国陆军航空兵第46运输中队于1942年12月2日在瓦迪赛德纳成立，负责从达尔富尔的杰奈纳到卡拉奇以及从开罗到德黑兰的运输航线。1944年5月7日，英国皇家空军在此设立了第115（运输）联队。维基百科称，到1946年，该机场已不再由英国使用；而其移交给苏丹的具体日期，在已查阅的资料中没有记载。.

独立后的苏丹将瓦迪赛义德纳空军基地作为其空军的两大支柱之一。英文维基百科在1991年将喀土穆和瓦迪赛义德纳列为苏丹空军的两大主要空军基地，并称瓦迪赛义德纳是"一个历史悠久的训练中心和空军基地"，苏丹第2战斗攻击中队曾在此装备中国歼-7战斗机一段时间。苏丹陆军军官学院也位于瓦迪赛义德纳，负责培训军官。.

由于其位于恩图曼以北，当达尔富尔战火蔓延至首都时，它也处于战火的波及范围之内。2008年5月10日，正义与平等运动（JEM）袭击了恩图曼；马哈茂德·A·苏莱曼2018年在《苏丹论坛报》发表的一篇评论文章称，JEM部队"经由瓦迪赛德纳军事基地"从北部进入该市。目前驻扎在此的部队中队和飞机数量尚未由政府或主流媒体公布，本文亦未提供相关信息。.

2023年4月15日，苏丹军队与快速支援部队（RSF）爆发冲突，喀土穆国际机场沦为战场。由军队控制的瓦迪赛德纳（Wadi Seidna）成为撤离通道。据《苏丹论坛报》2023年4月24日报道，美国、英国、德国和法国依靠该基地进行撤离，而卡塔尔和约旦则使用苏丹港。苏丹军队指责快速支援部队阻挠车队；快速支援部队副指挥官则表示，他已命令部队不得阻碍外国公民的撤离。.

英国的行动规模最大。英国政府表示，皇家空军在一周内从该机场起飞了20多架次航班，最后一架于4月29日晚间起飞。截至2023年5月1日，已有2197人从苏丹撤离，他们来自20多个国家，年龄从出生5天到92岁不等。参与此次行动的部队包括皇家海军陆战队第40突击队，而第51伞兵中队的工程师则在夜间航班间隙修复跑道，因为跑道表面在飞机起降的冲击下出现了破损。据英国国防部称，这是自1982年福克兰群岛战争以来，英国军队首次进行跑道维修。英国方面表示，他们已将机场归还给苏丹当局，机场状况比他们接手时更好。.

自2024年起，快速支援部队（RSF）开始从空中向瓦迪赛德纳地区发动攻击。据英文维基百科援引《欧亚时报》报道，2024年3月21日，一架自杀式无人机在滑行时摧毁了空军最后一架C-130H"大力神"运输机。2024年6月7日，军方称其防空部队在瓦迪赛德纳军事区上空击落了两架快速支援部队的无人机。2025年10月，在喀土穆机场准备重新开放之际，《苏丹论坛报》报道称，又有无人机瞄准了该报所称的“一个重要的军事基地”。到2026年3月中旬，该报援引军方公报称，有超过15枚巡飞弹瞄准了瓦迪赛德纳和喀土穆北部附近的军事设施，这些巡飞弹均已被摧毁。.

该基地在战争中遭遇的最惨重的一天并非快速支援部队（RSF）声称的袭击。2025年2月25日，一架安东诺夫运输机从瓦迪赛德纳起飞后不久，在恩图曼市的伊斯坎区坠毁。军方将事故归咎于技术故障；巴赫里军区司令巴赫尔·艾哈迈德·巴赫尔少将在事故中丧生。《苏丹论坛报》最初报道称，至少有五名平民在地面丧生；英文维基百科援引半岛电视台的报道称，死亡总人数至少为46人。此前48小时内，快速支援部队曾声称在尼亚拉击落了一架苏丹军队的伊尔-24运输机；但在本文引用的报道中，他们并未声称对恩图曼坠机事件负责。.