Вади-Сейдна обязана своим существованием Второй мировой войне, когда союзнические переправы на Ближний Восток и в Индию проходили через Судан. Единственным доступным источником информации об этом периоде является английская Википедия, в которой указано, что 114-я ремонтно-техническая часть Королевских ВВС была сформирована здесь в апреле 1942 года и расформирована в феврале 1943 года, а также что аэродром использовался для испытаний самолетов в тропических условиях.

Американцы тоже прибыли. Согласно той же статье, 46-я эскадрилья переброски ВВС США была сформирована в Вади-Сейдне 2 декабря 1942 года и выполняла переброски по маршрутам от Эль-Генейны в Дарфуре до Карачи и от Каира до Тегерана. 7 мая 1944 года Королевские ВВС создали здесь 115-е (транспортное) крыло. Википедия утверждает, что к 1946 году аэродром уже не использовался британцами; дата его перехода в руки суданцев в имеющихся источниках не задокументирована.

В независимом Судане Вади-Сейдна стала одним из двух основных центров военно-воздушных сил. В англоязычной Википедии в 1991 году Хартум и Вади-Сейдна были названы двумя главными авиабазами службы, а Вади-Сейдна — "давно существующим учебным центром и авиабазой", где 2-я истребительно-штурмовая эскадрилья некоторое время летала на китайских истребителях J-7. В Вади-Сейдне также находится Военная академия армии, которая готовит своих офицеров.

Расположение города к северу от Омдурмана также поставило его на пути войны в Дарфуре, когда та достигла столицы. 10 мая 2008 года Движение за справедливость и равенство атаковало Омдурман; в статье Махмуда А. Сулеймана, опубликованной в 2018 году в Sudan Tribune, говорится, что силы ДДМ вошли в город с севера "через военную базу Вади-Сейдна". Какие эскадрильи и сколько самолетов базируются здесь сегодня, не было опубликовано правительством или крупными СМИ и не приводится здесь.

Когда 15 апреля 2023 года вспыхнули бои между армией и Силами быстрого реагирования, международный аэропорт Хартума превратился в поле боя. Вади-Сейдна, удерживаемая армией, стала выходом. 24 апреля 2023 года издание Sudan Tribune сообщило, что США, Великобритания, Германия и Франция использовали эту базу для эвакуации, в то время как Катар и Иордания использовали Порт-Судан. Армия обвинила Силы быстрого реагирования в препятствовании движению колонн; заместитель командующего Силами быстрого реагирования заявил, что отдал приказ своим силам не мешать эвакуации иностранных граждан.

Британская операция была самой масштабной. Правительство Великобритании заявляет, что Королевские ВВС совершили более 20 полетов с этого аэродрома за неделю, последний из которых состоялся вечером 29 апреля, и что к 1 мая 2023 года из Судана было эвакуировано 2197 человек из более чем 20 стран в возрасте от пяти дней до 92 лет. Среди задействованных подразделений были морские пехотинцы 40-го десантного полка, а инженеры 51-й парашютной эскадрильи ремонтировали взлетно-посадочную полосу ночью между полетами, поскольку покрытие разрушалось под нагрузкой: по данным Министерства обороны, это был первый оперативный ремонт взлетно-посадочной полосы британскими войсками со времен Фолклендского конфликта 1982 года. Великобритания передала аэродром суданским властям в лучшем состоянии, чем он был до ее прибытия.

С 2024 года Силы быстрого реагирования (RSF) перенесли войну в Вади-Сейдне с воздуха. 21 марта 2024 года беспилотник-камикадзе уничтожил последний самолет C-130H Hercules ВВС во время руления, как сообщает английская Википедия со ссылкой на The Eurasian Times. 7 июня 2024 года армия заявила, что ее системы ПВО сбили два беспилотника RSF над военной зоной Вади-Сейдна, а в октябре 2025 года, когда аэропорт Хартума готовился к возобновлению работы, Sudan Tribune сообщила о новых беспилотниках, нацеленных на то, что она назвала "ключевой армейской базой". К середине марта 2026 года, ссылаясь на военные коммюнике, газета насчитала более 15 барражирующих боеприпасов, нацеленных на Вади-Сейдну и близлежащие армейские объекты в Северном Хартуме, которые, по ее словам, были уничтожены.

Самым ужасным днем войны для базы стало не нападение, ответственность за которое взяли на себя Силы быстрого реагирования (RSF). 25 февраля 2025 года транспортный самолет Ан-24 разбился в районе Аль-Искан города Омдурман вскоре после взлета из Вади-Сейдна. Армия объяснила это технической неисправностью; среди погибших был генерал-майор Бахр Ахмед Бахр, командующий военным округом Бахри. Издание Sudan Tribune первоначально сообщило о гибели по меньшей мере пяти мирных жителей на земле; английская Википедия, ссылаясь на Al Jazeera, указывает общее число погибших не менее 46 человек. RSF заявляли о том, что сбили армейский самолет Ил-24 в Ньяле за 48 часов до этого; в приведенном здесь отчете они не заявляли о своей причастности к крушению в Омдурмане.