Wadi Seidna debe su existencia a la Segunda Guerra Mundial, cuando las rutas de transporte aéreo de los Aliados hacia Oriente Medio e India cruzaban Sudán. La Wikipedia en inglés, la única fuente consultada para este período, registra que la Unidad de Mantenimiento n.º 114 de la Real Fuerza Aérea se formó aquí en abril de 1942 y se disolvió en febrero de 1943, y que el aeródromo se utilizó para pruebas de aeronaves en zonas tropicales.

Los estadounidenses también llegaron. El 46.º Escuadrón de Transporte de las Fuerzas Aéreas del Ejército de EE. UU. se activó en Wadi Seidna el 2 de diciembre de 1942, según el mismo artículo, y realizaba rutas de transporte aéreo desde El Geneina, en Darfur, hasta Karachi y desde El Cairo hasta Teherán. El 7 de mayo de 1944, la RAF estableció allí el Ala n.º 115 (de Transporte). Wikipedia afirma que el aeródromo ya no estaba en uso británico en 1946; la fecha en que pasó a manos sudanesas no está documentada en las fuentes consultadas.

El Sudán independiente convirtió a Wadi Seidna en uno de los pilares fundamentales de su fuerza aérea. La Wikipedia en inglés menciona a Jartum y Wadi Seidna como las dos principales bases aéreas de la fuerza aérea en 1991, y describe a Wadi Seidna como "un centro de entrenamiento y base aérea de larga trayectoria", donde el Escuadrón de Caza-Ataque n.º 2 operó cazas chinos J-7 durante un tiempo. La Academia Militar del ejército, donde se forman los oficiales, también se encuentra en Wadi Seidna.

Su ubicación al norte de Omdurman también la situó en la trayectoria de la guerra de Darfur cuando esta llegó a la capital. El 10 de mayo de 2008, el Movimiento por la Justicia y la Igualdad atacó Omdurman; un artículo de opinión publicado en 2018 en Sudan Tribune por Mahmoud A. Suleiman afirma que las fuerzas del JEM entraron en la ciudad desde el norte "a través de la base militar de Wadi Seidna". Ni el gobierno ni los principales medios de comunicación han publicado información sobre los escuadrones y el número de aeronaves que actualmente tienen su base allí, información que tampoco se proporciona en este documento.

Cuando estallaron los combates entre el ejército y las Fuerzas de Apoyo Rápido el 15 de abril de 2023, el aeropuerto internacional de Jartum se convirtió en un campo de batalla. Wadi Seidna, controlado por el ejército, se convirtió en la vía de escape. El Sudan Tribune informó el 24 de abril de 2023 que Estados Unidos, Gran Bretaña, Alemania y Francia utilizaron la base para sus evacuaciones, mientras que Catar y Jordania usaron Puerto Sudán. El ejército acusó a las Fuerzas de Apoyo Rápido de obstaculizar los convoyes; el subcomandante de estas declaró haber ordenado a sus fuerzas que no impidieran la evacuación de ciudadanos extranjeros.

La operación británica fue la de mayor envergadura. El gobierno del Reino Unido afirma que la Real Fuerza Aérea (RAF) realizó más de 20 vuelos desde el aeródromo en una semana, el último la noche del 29 de abril, y que para el 1 de mayo de 2023 se habían evacuado de Sudán a 2197 personas procedentes de más de 20 países, con edades comprendidas entre los cinco días y los 92 años. Entre las unidades desplegadas se encontraban infantes de marina del 40 Commando, y los ingenieros del 51 Escuadrón de Paracaidistas repararon la pista por la noche entre vuelos, ya que la superficie se deterioraba bajo el tráfico aéreo: la primera reparación operativa de una pista por parte de las fuerzas británicas desde el conflicto de las Malvinas de 1982, según el Ministerio de Defensa. El Reino Unido devolvió el aeródromo a las autoridades sudanesas, según declaró, en mejores condiciones de las que lo encontró.

Desde 2024, las RSF llevaron la guerra a Wadi Seidna desde el aire. El 21 de marzo de 2024, un dron kamikaze destruyó el último C-130H Hercules de la fuerza aérea mientras rodaba por la pista, según la Wikipedia en inglés, que cita a The Eurasian Times. El 7 de junio de 2024, el ejército afirmó que sus defensas aéreas derribaron dos drones de las RSF sobre la zona militar de Wadi Seidna, y en octubre de 2025, mientras el aeropuerto de Jartum se preparaba para reabrir, Sudan Tribune informó sobre más drones dirigidos a lo que denominó "una base militar clave". A mediados de marzo de 2026, citando comunicados militares, el periódico contabilizó más de 15 municiones merodeadoras dirigidas a Wadi Seidna y emplazamientos militares cercanos en Jartum Norte, las cuales, según afirmó, fueron destruidas.

El peor día de la guerra en la base no fue un ataque reivindicado por las RSF. El 25 de febrero de 2025, un avión de transporte Antonov se estrelló en el distrito de Al-Iskan, en Omdurman, poco después de despegar de Wadi Seidna. El ejército atribuyó el accidente a una falla técnica; el general de división Bahr Ahmed Bahr, comandante del área militar de Bahri, figuraba entre los fallecidos. Sudan Tribune informó inicialmente de al menos cinco civiles muertos en tierra; la Wikipedia en inglés, citando a Al Jazeera, cifra el total en al menos 46 muertos. Las RSF habían reivindicado el derribo de un Ilyushin del ejército en Nyala 48 horas antes; no se atribuyeron el accidente de Omdurman en el informe citado aquí.