Wadi Seidna dankt zijn bestaan aan de Tweede Wereldoorlog, toen geallieerde veerboten via Soedan naar het Midden-Oosten en India voeren. De Engelstalige Wikipedia, de enige bron die voor deze periode is geraadpleegd, vermeldt dat de 114e Onderhoudseenheid van de Royal Air Force hier in april 1942 werd opgericht en in februari 1943 werd ontbonden, en dat het vliegveld werd gebruikt voor tropische testvluchten met vliegtuigen.

Ook de Amerikanen arriveerden. Het 46e Ferrying Squadron van de US Army Air Forces werd op 2 december 1942 geactiveerd in Wadi Seidna, volgens hetzelfde artikel, en vloog pendelvluchten van El Geneina in Darfur naar Karachi en van Caïro naar Teheran. Op 7 mei 1944 richtte de RAF hier de 115e (Transport) Wing op. Wikipedia vermeldt dat het vliegveld in 1946 niet meer in Brits gebruik was; de datum waarop het in Soedanese handen overging, is niet gedocumenteerd in de geraadpleegde bronnen.

Het onafhankelijke Soedan maakte van Wadi Seidna een van de twee pijlers van zijn luchtmacht. De Engelstalige Wikipedia noemt Khartoum en Wadi Sayyidna in 1991 als de twee belangrijkste luchtmachtbases en beschrijft Wadi Sayyidna als "een al lang bestaand trainingscentrum en luchtmachtbasis", waar het 2e Jachtvliegtuigeskader enige tijd met Chinese J-7 gevechtsvliegtuigen vloog. De militaire academie van het leger, waar officieren worden opgeleid, is ook in Wadi Seidna gevestigd.

De ligging ten noorden van Omdurman plaatste de stad ook in het pad van de oorlog in Darfur toen die oorlog de hoofdstad bereikte. Op 10 mei 2008 viel de Justice and Equality Movement (JEM) Omdurman aan; een opiniestuk uit 2018 in de Sudan Tribune van Mahmoud A. Suleiman stelt dat JEM-troepen de stad vanuit het noorden binnenkwamen "via de militaire basis Wadi Seidna". Welke squadrons en hoeveel vliegtuigen hier momenteel gestationeerd zijn, is niet door de overheid of de grote media bekendgemaakt en wordt hier dan ook niet vermeld.

Toen op 15 april 2023 gevechten uitbraken tussen het leger en de Rapid Support Forces (RSF), veranderde de internationale luchthaven van Khartoem in een slagveld. Wadi Seidna, dat in handen was van het leger, werd de uitgang. Sudan Tribune meldde op 24 april 2023 dat de Verenigde Staten, Groot-Brittannië, Duitsland en Frankrijk de basis gebruikten voor hun evacuaties, terwijl Qatar en Jordanië Port Sudan gebruikten. Het leger beschuldigde de RSF ervan konvooien te belemmeren; de plaatsvervangend commandant van de RSF zei dat hij zijn troepen had opgedragen de evacuatie van buitenlandse staatsburgers niet te hinderen.

De Britse operatie was de grootste. De Britse regering meldt dat de RAF in een week tijd meer dan twintig vluchten vanaf het vliegveld heeft uitgevoerd, de laatste op de avond van 29 april, en dat er op 1 mei 2023 2.197 mensen uit Soedan waren geëvacueerd, afkomstig uit meer dan twintig landen en in de leeftijd van vijf dagen tot 92 jaar. Onder de ingezette eenheden bevonden zich mariniers van 40 Commando, en technici van 51 Parachute Squadron repareerden de landingsbaan 's nachts tussen de vluchten door, omdat het wegdek onder het vliegverkeer was afgebrokkeld. Volgens het ministerie van Defensie was dit de eerste operationele landingsbaanreparatie door Britse troepen sinds het Falklandconflict van 1982. Het Verenigd Koninkrijk heeft het vliegveld in betere staat teruggegeven aan de Soedanese autoriteiten dan waarin het het aantrof.

Vanaf 2024 voerde de RSF de oorlog vanuit de lucht naar Wadi Seidna. Op 21 maart 2024 vernietigde een kamikazedrone de laatste C-130H Hercules van de luchtmacht tijdens het taxiën, aldus de Engelstalige Wikipedia, die The Eurasian Times citeert. Op 7 juni 2024 meldde het leger dat zijn luchtverdediging twee RSF-drones boven het militaire gebied Wadi Seidna had neergehaald. In oktober 2025, toen de luchthaven van Khartoem zich voorbereidde op heropening, berichtte Sudan Tribune over verdere drones die gericht waren op wat de krant een "belangrijke legerbasis" noemde. Medio maart 2026 telde de krant, op basis van militaire communiqué's, meer dan 15 rondvliegende munitie gericht op Wadi Seidna en nabijgelegen legerlocaties in Noord-Khartoem, die volgens de krant werden vernietigd.

De ergste dag van de oorlog voor de basis was niet een aanval die de RSF daar opeiste. Op 25 februari 2025 stortte een Antonov-transportvliegtuig neer in het district Omdurman in Al-Iskan, kort na het opstijgen vanuit Wadi Seidna. Het leger gaf een technisch defect de schuld; generaal-majoor Bahr Ahmed Bahr, commandant van het militaire gebied Bahri, was een van de doden. Sudan Tribune meldde aanvankelijk dat er minstens vijf burgers op de grond waren omgekomen; de Engelstalige Wikipedia, die Al Jazeera citeert, spreekt van minstens 46 doden. De RSF had beweerd een Ilyushin-vliegtuig van het leger te hebben neergehaald in Nyala in de 48 uur daarvoor; in het hier geciteerde rapport claimde de RSF geen verantwoordelijkheid voor de crash in Omdurman.