Wadi Seidna deve sua existência à Segunda Guerra Mundial, quando as rotas de balsas aliadas para o Oriente Médio e a Índia cruzavam o Sudão. A Wikipédia em inglês, a única fonte consultada para esse período, registra que a Unidade de Manutenção nº 114 da Força Aérea Real foi formada ali em abril de 1942 e dissolvida em fevereiro de 1943, e que o campo era usado para testes de aeronaves em clima tropical.

Os americanos também chegaram. O 46º Esquadrão de Transporte Aéreo da Força Aérea do Exército dos EUA foi ativado em Wadi Seidna em 2 de dezembro de 1942, de acordo com o mesmo artigo, e operava rotas de transporte aéreo que ligavam El Geneina, em Darfur, a Karachi, e do Cairo a Teerã. Em 7 de maio de 1944, a RAF instalou a Ala nº 115 (Transporte) no local. A Wikipédia afirma que o campo deixou de ser utilizado pelos britânicos em 1946; a data em que passou para as mãos dos sudaneses não está documentada nas fontes consultadas.

O Sudão independente fez de Wadi Seidna um dos dois pilares da sua força aérea. A Wikipédia em inglês menciona Cartum e Wadi Sayyidna como as duas principais bases aéreas da força aérea em 1991, e descreve Wadi Sayyidna como "um centro de treinamento e base aérea de longa data", onde o Esquadrão de Caça-Ataque nº 2 operou caças chineses J-7 durante um período. A Academia Militar do exército, que forma seus oficiais, também está localizada em Wadi Seidna.

Sua posição ao norte de Omdurman também a colocou na rota da guerra em Darfur quando esta chegou à capital. Em 10 de maio de 2008, o Movimento Justiça e Igualdade atacou Omdurman; um artigo de opinião de 2018 no Sudan Tribune, escrito por Mahmoud A. Suleiman, afirma que as forças do JEM entraram na cidade pelo norte "através da base militar de Wadi Seidna". O governo ou os principais meios de comunicação não divulgaram quais esquadrões e quantas aeronaves estão baseados lá atualmente, e, portanto, não serão mencionados aqui.

Quando os confrontos entre o exército e as Forças de Apoio Rápido (RSF) eclodiram em 15 de abril de 2023, o aeroporto internacional de Cartum transformou-se em um campo de batalha. Wadi Seidna, controlada pelo exército, tornou-se a rota de fuga. O Sudan Tribune noticiou, em 24 de abril de 2023, que os Estados Unidos, o Reino Unido, a Alemanha e a França utilizaram a base para suas evacuações, enquanto o Catar e a Jordânia usaram o Porto Sudão. O exército acusou as RSF de obstruírem os comboios; o vice-comandante das RSF afirmou ter ordenado às suas forças que não impedissem a evacuação de cidadãos estrangeiros.

A operação britânica foi a maior. O governo do Reino Unido afirma que a RAF realizou mais de 20 voos a partir do aeródromo em uma semana, o último na noite de 29 de abril, e que 2.197 pessoas foram retiradas do Sudão até 1º de maio de 2023, vindas de mais de 20 nacionalidades e com idades entre cinco dias e 92 anos. Fuzileiros Navais do 40º Comando estavam entre as unidades mobilizadas, e engenheiros do 51º Esquadrão Paraquedista repararam a pista durante a noite, entre os voos, à medida que a superfície se deteriorava com o tráfego: o primeiro reparo operacional de pista realizado pelas forças britânicas desde o conflito das Malvinas em 1982, segundo o Ministério da Defesa. O Reino Unido devolveu o aeródromo às autoridades sudanesas, afirmou, em melhores condições do que o encontrou.

A partir de 2024, as Forças de Apoio Rápido (RSF) levaram a guerra para Wadi Seidna a partir do ar. Em 21 de março de 2024, um drone kamikaze destruiu o último C-130H Hercules da força aérea enquanto este taxiava, de acordo com a Wikipédia em inglês, citando o The Eurasian Times. Em 7 de junho de 2024, o exército afirmou que suas defesas aéreas abateram dois drones das RSF sobre a área militar de Wadi Seidna e, em outubro de 2025, enquanto o aeroporto de Cartum se preparava para reabrir, o Sudan Tribune noticiou o lançamento de mais drones direcionados ao que chamou de "uma base militar chave". Em meados de março de 2026, citando comunicados militares, o jornal contabilizou mais de 15 munições de ataque direcionadas a Wadi Seidna e instalações militares próximas em Cartum Norte, as quais, segundo o jornal, foram destruídas.

O pior dia da guerra na base não foi um ataque reivindicado pelas Forças de Apoio Rápido (RSF). Em 25 de fevereiro de 2025, um avião de transporte Antonov caiu no distrito de Omdurman, em Al-Iskan, pouco depois de decolar de Wadi Seidna. O exército atribuiu o acidente a uma falha técnica; o major-general Bahr Ahmed Bahr, comandante da área militar de Bahri, estava entre os mortos. O Sudan Tribune noticiou inicialmente pelo menos cinco civis mortos no local; a Wikipédia em inglês, citando a Al Jazeera, indica um total de pelo menos 46 mortos. As RSF haviam reivindicado a autoria do abate de um avião Ilyushin do exército em Nyala nas 48 horas anteriores; no relatório citado aqui, não reivindicaram a autoria da queda em Omdurman.