Vádí Seidna vděčí za svou existenci druhé světové válce, kdy přes Súdán procházely spojenecké trajektové trasy na Blízký východ a do Indie. Anglická Wikipedie, jediný dostupný zdroj z tohoto období, uvádí, že zde byla v dubnu 1942 zformována 114. údržbářská jednotka Královského letectva a v únoru 1943 rozpuštěna a že letiště bylo využíváno pro tropické zkoušky letadel.

Američané také dorazili. 46. trajektová peruť amerického armádního letectva byla podle stejného článku aktivována ve Wadi Seidna 2. prosince 1942 a létala na trajektových trasách z El Geneiny v Dárfúru do Karáčí a z Káhiry do Teheránu. Dne 7. května 1944 zde RAF zřídilo 115. (transportní) křídlo. Wikipedie uvádí, že letiště již nebylo v roce 1946 v britském provozu; datum, kdy přešlo do súdánských rukou, není v dostupných zdrojích doloženo.

Nezávislý Súdán učinil z Vádí Seidny jeden z dvou pilířů svého letectva. Anglická Wikipedie v roce 1991 uvádí Chartúm a Vádí Sajjidnu jako dvě hlavní letecké základny této služby a Vádí Sajjidnu označuje za "dlouho zavedené výcvikové středisko a leteckou základnu", kde 2. stíhací útočná peruť po určitou dobu létala s čínskými stíhačkami J-7. Ve Vádí Seidně se nachází také armádní Vojenská akademie, která školí její důstojníky.

Jeho poloha severně od Omdurmánu jej také postavila do cesty války v Dárfúru, když se tato válka dostala do hlavního města. Dne 10. května 2008 zaútočilo Hnutí za spravedlnost a rovnost na Omdurman; názorový sloupek Mahmúda A. Sulejmana v deníku Sudan Tribune z roku 2018 uvádí, že síly JEM vstoupily do města ze severu "přes vojenskou základnu Wadi Seidna". Které letky a kolik letadel zde dnes sídlí, vláda ani hlavní média nezveřejnila a ani zde to neuvádí.

Když 15. dubna 2023 vypukly boje mezi armádou a Silami rychlé podpory, stalo se mezinárodní letiště v Chartúmu bojištěm. Východem se stalo Vádí Seidna, které držela armáda. List Sudan Tribune 24. dubna 2023 informoval, že Spojené státy, Británie, Německo a Francie se na tuto základnu spoléhaly pro své evakuace, zatímco Katar a Jordánsko využívaly Port Sudan. Armáda obvinila RSF z maření konvojů; zástupce velitele RSF uvedl, že svým silám nařídil, aby nebránily evakuaci cizích státních příslušníků.

Britská operace byla největší. Britská vláda uvádí, že RAF z letiště provedlo za týden více než 20 letů, poslední večer 29. dubna, a že do 1. května 2023 bylo ze Súdánu evakuováno 2 197 lidí z více než 20 zemí ve věku od pěti dnů do 92 let. Mezi nasazenými jednotkami byli příslušníci 40. komanda Královské námořní pěchoty a ženisté 51. výsadkové perutě v noci mezi lety opravovali ranvej, protože se povrch pod dopravou rozpadal: podle ministerstva obrany se jednalo o první operační opravu ranveje britskými silami od konfliktu o Falklandy v roce 1982. Spojené království letiště vrátilo súdánským úřadům, uvedlo, že je v lepším stavu, než v jakém ho našlo.

Od roku 2024 RSF přenesly válku ve Wadi Seidna ze vzduchu. Dne 21. března 2024 zničil kamikadze dron při pojíždění poslední letoun C-130H Hercules letectva, uvádí anglická Wikipedie s odvoláním na The Eurasian Times. Dne 7. června 2024 armáda uvedla, že její protivzdušná obrana sestřelila dva drony RSF nad vojenskou oblastí Wadi Seidna, a v říjnu 2025, když se letiště v Chartúmu připravovalo na znovuotevření, informoval Sudan Tribune o dalších dronech namířených na to, co nazval "klíčovou armádní základnou". Do poloviny března 2026 noviny s odvoláním na vojenská komuniké napočítaly více než 15 loudavých munic namířených na Wadi Seidna a blízké armádní lokality v severním Chartúmu, které byly podle nich zničeny.

Nejhorším dnem války pro základnu nebyl útok, k němuž by se RSF přihlásily. Dne 25. února 2025 se transportní letoun Antonov zřítil v okrese Al-Iskan v Omdurmanu krátce po vzletu z Wadi Seidna. Armáda připsala technickou závadu; mezi mrtvými byl generálmajor Bahr Ahmed Bahr, velitel vojenské oblasti Bahri. Sudan Tribune původně informoval o nejméně pěti civilistech zabitých na zemi; anglická Wikipedie s odvoláním na Al Jazeeru uvádí celkem nejméně 46 mrtvých. RSF tvrdily, že v předcházejících 48 hodinách sestřelily armádní Iljušin v Nyale; ve zde citované zprávě se k havárii v Omdurmanu nepřihlásily.