Aalborg létal ještě předtím, než měl letiště. 4. září 1936 byla otevřena první vnitrostátní letecká linka v Dánsku mezi Kodaní a travnatým pásem u Rørdalu, přičemž osmimístný Fokker urazil cestu za 100 minut. Vlastní letiště, první v Dánsku v provinciích, otevřel ministr dopravy N. P. Fisker 29. května 1938 leteckou show, která přilákala 75 000 diváků. Bylo postaveno společně obcemi Aalborg a Nørresundby a v roce 1939 odbavilo 6 052 cestujících.

Toto skromné letiště se stalo jedním z hlavních německých cílů, když bylo 9. dubna 1940 napadeno Dánsko. Lex poznamenává, že zajištění aalborského letiště patřilo k nejdůležitějším cílům útoku. Později toho rána, po prvním výsadku u Masnedø kolem 5:00, přistála v Aalborgu četa pěších pěšáků. Zpráva Wikipedie, která se odvolává na Dildyho a Lindeberga, uvádí, že se nesetkali s žádným odporem, že letadla přistávala do hodiny a že toho dne následovalo více než 200 přistání a vzletů, většinou přepravujících vojáky a palivo do Fornebu v Norsku.

Němci přejmenovali letiště na Fliegerhorst Aalborg West a udělali z něj jedno z největších letišť v Evropě. Dánské ministerstvo obrany uvádí, že bylo vyvlastněno asi 270 farem; historie samotného letiště v Aalborgu hovoří o tom, že se rozloha pozemků rozrostla z 254 na 5 000 tun, což je zhruba 140 až 2 750 hektarů, s betonovými ranvejemi, které patří k nejdelším v dané době. Letadla Bordfliegergruppe 196 odtud létala jako námořní průzkumník a základna sloužila nejprve jako odrazový můstek pro Norsko a poté pro kontrolu nad Severním mořem. RAF za útok na ni zaplatilo: 13. srpna 1940 bylo ztraceno jedenáct z dvanácti Blenheimů 82. perutě.

Po osvobození převzalo letiště RAF a v roce 1946 se vlastnictví ujal dánský stát. Společnost Flyvestation Aalborg byla založena 8. ledna 1951 jako společný podnik ministerstev obrany a dopravy, uvádí dánský Defense and Lex; historie letiště datuje základnu do roku 1952. Severní část letiště obsadila armáda a na jižní straně byl v roce 1954 postaven nový civilní terminál, jehož rozdělení dodnes utváří podobu letiště.

Díky finančním prostředkům z infrastrukturního programu NATO byl Aalborg v 50. letech 20. století vybudován spolu s Karupem a Skrydstrupem jako jedna ze tří hlavních leteckých základen NATO v Dánsku a byl napojen na palivovod NEPS. Mezi lety 1974 a 1977 Dánsko postavilo na svých šesti vojenských letištích 84 zesílených krytů pro letadla. Historie dánského ministerstva obrany uvádí, že první roky letectva byly poznamenány mnoha nehodami; historie služby na Wikipedii s odkazem na dánské zdroje uvádí 89 havarovaných letounů F-84 a 40 zabitých pilotů v rámci ozbrojených sil.

Aalborg se stal domovem nočních a celopovětrnostních stíhaček. Podle historie jednotek na F-16.net dorazila Eskadrille 723 v roce 1952 s nočními stíhačkami Meteor NF.11 a k ní se připojila Eskadrille 726. Obě letky létaly od roku 1958 na radarem vybavených F-86D Sabre; národní letecké muzeum uvádí 59 F-86D v dánské službě od roku 1958 do roku 1964. V letech 1964–1965 byly obě letky přestavěny na F-104G Starfighter a v roce 1971 byly přidány bývalé kanadské dvoumístné CF-104D. Muzeum eviduje 25 F-104G a 4 TF-104G, které létaly na Eskadrille 723 a 726 až do roku 1986.

Eskadrille 723 byla první aalborskou letkou, která obdržela F-16, a plně se stala operační v březnu 1984; Eskadrille 726 musela čekat na následnou objednávku, jejíž letouny sjížděly z linky Fokker od roku 1986. Aalborg se také stal dílnou letectva na výrobu F-16: F-16.net zaznamenává, že zde byla provedena aktualizace Pacer Loft I prvních 58 letounů a aktualizace Mid-Life všech 61 zbývajících F-16.

Aalborské letky zavedly Dánsko do jeho první letecké války od roku 1945. Dánské ministerstvo obrany zaznamenává, že 21. ledna 1999 byly v italském Grazzanise nasazeny čtyři stíhačky F-16, v dubnu se jejich počet zvýšil na osm. V operaci Allied Force nalétaly přibližně 600 bojových letů a 2 250 hodin, přičemž shodily 24 bomb. Server F-16.net datuje nasazení letounů Eskadrille 723 a 726 od 23. března do 10. června 1999, což se týká spíše letecké kampaně než celého oddílu. V letech 2002–2003 létaly letouny Eskadrille 726 z Manasu v Kyrgyzstánu, kde dánské F-16 vykonaly 743 misí nad Afghánistánem.

Konec přicházel postupně. Eskadrille 723 byla rozpuštěna 8. ledna 2001 bez modernizace a její letadla byla předána typu 726. Eskadrille 726 následovala, když byly všechny dánské stíhačky soustředěny ve Skrydstrupu; F-16.net uvádí pro její rozpuštění 31. prosinec 2005, zatímco Wikipedie uvádí 10. leden 2006 pro vyřazení obou letek z provozu. Ani jedno z těchto dat nebylo ověřeno s oficiálním dánským textem, takže tato stránka uvádí konec stíhaček, které létaly v Aalborgu, v letech 2005–2006.

Od odchodu stíhaček patří Aalborg k Leteckému dopravnímu křídlu (Air Transport Wing), které má více než 400 zaměstnanců a svou práci popisuje jako rychlé, přesné a efektivní zajišťování letecké dopravy a leteckého dohledu pro dánské obranné síly kdekoli. Jeho létající jednotkou je Eskadrille 721, transportní letka letectva, která létala z Værløse, dokud tato základna v roce 2004 neztratila svou poslední létající jednotku. Přesné datum přesunu letky do Aalborgu nebylo oficiálním zdrojem potvrzeno.

Historie letounu Eskadrille 721 sahá až k osmi letounům C-47 Dakota z roku 1953, šesti letounům C-54 Skymaster z roku 1959, třem letounům Gulfstream III a třem letounům C-130H Hercules, přičemž druhý jmenovaný je v provozu od roku 1975. Dánské ministerstvo obrany uvádí, že letouny C-130H byly od roku 2005 nahrazeny čtyřmi letouny C-130J; národní letecké muzeum uvádí tři letouny C-130J z roku 2003. Prodloužený letoun J může přepravovat přibližně 120 cestujících, 64 výsadkářů nebo 19 050 kg nákladu a létal v Afghánistánu, Iráku a Africe a na stanici Nord v severovýchodním Grónsku.

Čtyři letouny CL-604 Challenger létají na VIP lety pro královskou rodinu a vládu, přepravují pacienty a od konce roku 2011 také zajišťují dohled pomocí kamer a senzorů: inspekce rybolovu, pátrací a záchranné akce, hlídky proti pirátství v Indickém oceánu a pohraniční mise Frontexu. Zdroje se v počtu liší: dánské ministerstvo obrany uvádí čtyři, zatímco Lex a muzeum tři a muzeum datuje typ do roku 1998. Mottem perutě je Fortis, Firmus Undique, silný, spolehlivý, všude.

V Aalborgu si dánské královské letectvo udržuje svůj arktický dosah. Eskadrille 721 podporuje arktické velitelství v Grónsku přibližně deset dní v měsíci, létá pro inspekci rybolovu, pátrání a záchranu a přepravu cestujících, a jeden Challenger je trvale umístěn u letecké skupiny West v Kangerlussuaqu, aby zlepšil dohled a záchranné krytí nad ostrovem. Hercules zásobuje stanici Nord a hlídku Sirius a letka pravidelně pracuje na krátkých, drsných drahách za obtížného počasí.

Záchrana doma je kryta ze stejné základny. Vrtulník Merlin od Eskadrille 722, jehož mateřská letka sídlí v Karupu, je jednou ze tří posádek, které jsou ve 24hodinové hlídce, spolu se Skrydstrupem a Roskilde, a může být ve vzduchu během několika minut od poplachu. Dánsko koupilo 14 vrtulníků Merlin v roce 2001; do služby byly uvedeny v roce 2007 a poslední dorazil v roce 2010. Dánské velitelství speciálních operací je také umístěno ve Flyvestation Aalborg.

Další kapitolou jsou bezpilotní letouny. Dne 25. října 2024 ministr obrany svěřil Aalborgu operační řízení a údržbu nových dánských dronů s dlouhým doletem s odvoláním na jeho přístup k Severnímu moři a severnímu Atlantiku, zkušenosti s Arktidou a údržbářskou základnu; v Aalborgu je plánováno přibližně 70 stanovišť, přičemž Kangerlussuaq by mohl být operačním místem. Čtyři drony byly objednány 22. července 2025, první by měl být dodán v roce 2028; typ ani cena nebyly zveřejněny. Nové transportní tankery A330 naopak míří do Karupu.

Aalborg je skutečně letiště se společným využitím. Letecká stanice provozuje samotné letiště, jeho bezpečnostní službu a hasičský a záchranný sbor a civilní letiště Aalborg se nachází hned na jih od vojenské části letiště a sdílí přistávací dráhy, hasičský sbor a řízení letového provozu. Obce Severního Jutska převzaly civilní letiště od státu 1. července 1997 a díky novým terminálům v letech 2001 a 2013 se rozrostlo na třetí největší letiště v Dánsku s 1 500 543 cestujícími v roce 2025 a železničním spojením otevřeným 13. prosince 2020 za cenu 226 milionů korun.

Sdílení ranveje znamená sdílení jejích narušení. V noci z 24. na 25. září 2025 byly od 21:44 hlášeny drony nad Aalborgem a letiště bylo dočasně uzavřeno, několik dní poté, co drony uzavřely letiště v Kodani. Dánské ministerstvo obrany potvrdilo pozorování dronů nad několika vojenskými zařízeními v daném týdnu a uvedlo, že by mohlo drony sesadit nad vojenskými lokalitami v závislosti na hrozbě. Tato událost byla jedním z důvodů, proč dánské plány na dron s dlouhým doletem a jejich boj proti dronu nabyly v letech 2025–2026 nové naléhavosti.

Civilní stránka má svou vlastní dlouhou historii. Pravidelná doprava se v roce 1951 propadla, když SAS krátce zrušila linku do Kodaně, terminál z roku 1954 byl poprvé rozšířen v roce 1969, charterové lety začaly v roce 1971 a mnohem větší terminál následoval v roce 1982. Terminál z roku 2001 stál 110 milionů korun a byl rozšířen v roce 2007 a znovu v roce 2013, kdy rozšíření za 175 milionů korun zdvojnásobilo počet bran na 11. Počet cestujících dosáhl v roce 2018 rekordních 1 609 965, v pandemickém roce 2020 klesl o 65 procent a v roce 2025 se zotavil na 1 500 543.