Aalborg, havaalanı olmadan önce de uçuş yapıyordu. 4 Eylül 1936'da Danimarka'nın ilk iç hat hava yolu, Kopenhag ile Rørdal'daki çimenlik bir pist arasında açıldı ve sekiz koltuklu bir Fokker uçağı bu yolculuğu 100 dakikada tamamladı. Danimarka'nın taşradaki ilk havaalanı olan gerçek havaalanı, 29 Mayıs 1938'de Ulaştırma Bakanı NP Fisker tarafından 75.000 seyirciyi çeken bir hava gösterisiyle açıldı. Aalborg ve Nørresundby belediyeleri tarafından ortaklaşa inşa edilen havaalanı, 1939'da 6.052 yolcuya hizmet verdi.

Bu mütevazı alan, 9 Nisan 1940'ta Danimarka işgal edildiğinde Almanların başlıca hedeflerinden biri haline geldi. Lex, Aalborg havaalanının güvenliğinin sağlanmasının saldırının en önemli amaçlarından biri olduğunu belirtiyor. O sabahın ilerleyen saatlerinde, Masnedø'ye saat 05:00 civarında yapılan ilk paraşüt indirmesinin ardından, bir paraşütçü müfrezesi Aalborg'a indi. Wikipedia'nın Dildy ve Lindeberg'e dayanan anlatımına göre, herhangi bir direnişle karşılaşmadılar, uçaklar bir saat içinde iniş yapmaya başladı ve o gün çoğunlukla Norveç'teki Fornebu'ya asker ve yakıt taşımak için 200'den fazla iniş ve kalkış gerçekleşti.

Almanlar havaalanının adını Fliegerhorst Aalborg West olarak değiştirdi ve onu Avrupa'nın en büyük havaalanlarından biri haline getirdi. Danimarka Savunma Bakanlığı, yaklaşık 270 çiftliğin kamulaştırıldığını belirtiyor; Aalborg Havaalanı'nın kendi tarihi ise arazinin 254 tønder'den (yaklaşık 140 hektardan 2.750 hektara) büyüdüğünü ve beton pistlerin o dönemin en uzun pistleri arasında yer aldığını anlatıyor. Bordfliegergruppe 196'nın uçakları buradan deniz keşif uçuşları yaptı ve üs önce Norveç'e, ardından da Kuzey Denizi'nin kontrolüne yönelik bir sıçrama tahtası olarak kaldı. RAF buraya saldırmanın bedelini ödedi: 13 Ağustos 1940'ta 82. Filo'nun on iki Blenheim uçağından on biri kaybedildi.

Kurtuluştan sonra RAF (Kraliyet Hava Kuvvetleri) havaalanını devraldı ve 1946'da Danimarka devleti mülkiyetini aldı. Danimarka Savunma Bakanlığı ve Lex'e göre, Flyvestation Aalborg, 8 Ocak 1951'de savunma ve ulaştırma bakanlıklarının ortak girişimi olarak kuruldu; havaalanının kendi tarihçesi ise hava üssünün 1952'de kurulduğunu belirtiyor. Askeri taraf alanın kuzey kısmını aldı ve 1954'te güney tarafına yeni bir sivil terminal inşa edildi; bu bölünme hala alanın şeklini belirliyor.

NATO'nun altyapı programından sağlanan parayla, Aalborg 1950'lerde Karup ve Skrydstrup ile birlikte Danimarka'nın üç NATO Ana Hava Üssünden biri olarak inşa edildi ve NEPS yakıt boru hattına bağlandı. 1974 ile 1977 yılları arasında Danimarka, altı askeri hava üssünde 84 adet güçlendirilmiş uçak sığınağı inşa etti. Danimarka Savunma Bakanlığı'nın kendi tarihçesi, hava kuvvetlerinin ilk yıllarının birçok kazayla geçtiğini belirtiyor; Danimarka kaynaklarına atıfta bulunan Wikipedia tarihçesi, kuvvet genelinde 89 F-84'ün düştüğünü ve 40 pilotun öldüğünü sayıyor.

Aalborg, gece ve her türlü hava koşulunda görev yapabilen savaş uçaklarının yuvası haline geldi. F-16.net'in birlik tarihçelerine göre, 723. Filo 1952'de Meteor NF.11 gece savaş uçaklarıyla geldi ve 726. Filo da ona katıldı. Her iki filo da 1958'den itibaren radar donanımlı F-86D Sabre uçaklarını kullandı; ulusal havacılık müzesi, 1958-1964 yılları arasında Danimarka hizmetinde 59 adet F-86D uçağının bulunduğunu belirtiyor. 1964-1965 yılları arasında iki filo da F-104G Starfighter'a geçti ve 1971'de eski Kanada yapımı CF-104D iki kişilik uçaklar eklendi. Müze, 1986 yılına kadar 723 ve 726. Filolar tarafından kullanılan 25 adet F-104G ve 4 adet TF-104G uçağını kaydetmektedir.

Eskadrille 723, F-16'ları teslim alan ilk Aalborg filosuydu ve Mart 1984'te tamamen faaliyete geçti; Eskadrille 726 ise takip eden siparişi beklemek zorunda kaldı ve bu filonun jetleri 1986'dan itibaren Fokker hattından çıktı. Aalborg ayrıca hava kuvvetlerinin F-16 atölyesi haline geldi: F-16.net kayıtlarına göre, ilk 58 jetin Pacer Loft I güncellemesi ve kalan 61 F-16'nın tamamının Orta Yaşam Güncellemesi burada gerçekleştirildi.

Aalborg filoları, Danimarka'yı 1945'ten beri ilk hava savaşına soktu. Danimarka Savunma Bakanlığı kayıtlarına göre, 21 Ocak 1999'da İtalya'daki Grazzanise'ye dört F-16 konuşlandırıldı, bu sayı Nisan ayında sekize yükseldi ve Müttefik Kuvvetler Operasyonu'nda yaklaşık 600 sorti ve 2250 saat uçuş yaparak 24 bomba bıraktı. F-16.net, 723 ve 726 numaralı filoların konuşlandırılmasını 23 Mart - 10 Haziran 1999 tarihleri arasında tarihlendiriyor; bu tarih, tüm müfrezeyi değil, hava harekatını kapsıyor. 2002-2003 yıllarında 726 numaralı filo, Kırgızistan'daki Manas'tan uçtu ve Danimarka F-16'ları Afganistan üzerinde 743 görev gerçekleştirdi.

Sonun aşamaları oldu. 723. Filo, yükseltme almadan 8 Ocak 2001'de dağıtıldı ve uçaklarını 726. Filo'ya devretti. Tüm Danimarka savaş uçakları Skrydstrup'ta toplandığında 726. Filo da aynı kaderi paylaştı; F-16.net, filonun dağıtılma tarihini 31 Aralık 2005 olarak verirken, Wikipedia her iki filonun da hizmet dışı bırakılma tarihini 10 Ocak 2006 olarak belirtiyor. Bu tarihlerden hiçbiri resmi bir Danimarka metniyle karşılaştırılmadığı için, bu sayfada Aalborg'daki savaş uçağı uçuşlarının sona erme tarihi 2005-2006 olarak verilmiştir.

Savaş uçaklarının ayrılmasından bu yana Aalborg, 400'den fazla personeli bulunan ve görevini Danimarka Savunma Bakanlığı'nın hava taşımacılığı ve havadan gözetleme operasyonlarını hızlı, hassas ve etkili bir şekilde her yere ulaştırmak olarak tanımlayan Hava Taşımacılığı Kanadı'na bağlıdır. Uçuş birimi, 2004 yılında son uçuş birimini kaybedene kadar Værløse'den uçan hava kuvvetlerinin nakliye filosu olan Eskadrille 721'dir. Filo'nun Aalborg'a taşınmasının kesin tarihi resmi bir kaynaktan teyit edilmemiştir.

Eskadrille 721'in geçmişi, 1953'ten kalma sekiz C-47 Dakota, 1959'dan kalma altı C-54 Skymaster, üç Gulfstream III ve üç C-130H Hercules'i (sonuncusu 1975'ten beri hizmette) kapsıyor. Danimarka Savunma Bakanlığı, C-130H'lerin 2005'ten itibaren dört C-130J ile değiştirildiğini belirtiyor; ulusal havacılık müzesi ise 2003'ten kalma üç C-130J'yi listeliyor. Uzatılmış J modeli yaklaşık 120 yolcu, 64 paraşütçü veya 19.050 kg kargo taşıyabiliyor ve Afganistan, Irak, Afrika ve Grönland'ın kuzeydoğusundaki Station Nord'a uçuşlar gerçekleştirdi.

Dört adet CL-604 Challenger uçağı, kraliyet ailesi ve hükümet için VIP seyahatleri, hasta nakli ve 2011 sonlarından itibaren kameralar ve sensörlerle gözetleme görevleri (balıkçılık denetimi, arama kurtarma, Hint Okyanusu'nda korsanlıkla mücadele devriyeleri ve Frontex sınır görevleri) gerçekleştiriyor. Kaynaklar sayı konusunda farklılık gösteriyor: Danimarka Savunma Bakanlığı dört derken, Lex ve müze üç diyor ve müze bu tipin 1998 yılına ait olduğunu belirtiyor. Filo'nun sloganı Fortis, Firmus Undique, yani "güçlü, güvenilir, her yerde"dir.

Aalborg, Danimarka Kraliyet Hava Kuvvetleri'nin Arktik'teki varlığını sürdürdüğü yerdir. 721. Filo, her ay yaklaşık on gün boyunca Grönland'daki Arktik Komutanlığı'na destek vererek balıkçılık denetimi, arama kurtarma ve yolcu taşımacılığı uçuşları gerçekleştirir; ayrıca bir Challenger uçağı, adanın gözetim ve kurtarma kapsamını iyileştirmek için Kangerlussuaq'taki Batı Hava Grubu'nda kalıcı olarak konuşlandırılmıştır. Hercules uçağı, Kuzey İstasyonu ve Sirius Devriyesi'ne destek sağlar ve filo düzenli olarak zorlu hava koşullarında kısa, engebeli pistlerde çalışır.

Yurt içi kurtarma operasyonları da aynı üsten sağlanıyor. Ana filosu Karup'ta bulunan Eskadrille 722'ye ait bir Merlin helikopteri, Skrydstrup ve Roskilde ile birlikte 24 saat nöbet tutan üç mürettebattan biri ve alarm verildiği anda dakikalar içinde havalanabiliyor. Danimarka 2001 yılında 14 Merlin helikopteri satın aldı; bunlar 2007'de hizmete girdi ve sonuncusu 2010'da geldi. Danimarka Özel Harekat Komutanlığı da Aalborg Hava Üssü'nde konuşlanmış durumda.

Bir sonraki aşama insansız hava araçları. 25 Ekim 2024'te savunma bakanı, Kuzey Denizi ve Kuzey Atlantik'e erişimi, Arktik deneyimi ve bakım üssünü gerekçe göstererek, Danimarka'nın yeni uzun menzilli gözetleme dronlarının operasyonel kontrol ve bakımını Aalborg'a yerleştirdi; Aalborg'da yaklaşık 70 üs planlanıyor ve Kangerlussuaq olası bir operasyon üssü olarak düşünülüyor. 22 Temmuz 2025'te dört dron sipariş edildi, ilkinin 2028'den itibaren teslim edilmesi bekleniyor; tipi ve fiyatı açıklanmadı. Buna karşılık, yeni A330 tanker-nakliye uçakları Karup'a gönderilecek.

Aalborg, gerçek anlamda ortak kullanımlı bir alandır. Hava üssü, havaalanının kendisini, güvenliğini ve itfaiye ve kurtarma hizmetini işletirken, sivil Aalborg Havaalanı da askeri tarafın hemen güneyinde faaliyet göstererek pistleri, itfaiye hizmetini ve hava trafik kontrolünü paylaşmaktadır. Kuzey Jutland belediyeleri, sivil havaalanını 1 Temmuz 1997'de devletten devralmış ve 2001 ve 2013 yıllarında yeni terminallerin eklenmesiyle Danimarka'nın üçüncü büyük havaalanı haline gelmiştir. Havaalanı, 2025 yılında 1.500.543 yolcuya hizmet verecek ve 13 Aralık 2020'de 226 milyon kron maliyetle bir demiryolu bağlantısı açılmıştır.

Aynı pisti paylaşmak, onun yol açtığı aksaklıkları da paylaşmak anlamına gelir. 24-25 Eylül 2025 gecesi, saat 21:44'ten itibaren Aalborg üzerinde insansız hava araçları görüldü ve Kopenhag Havalimanı'nın insansız hava araçları nedeniyle kapanmasından günler sonra havalimanı geçici olarak kapatıldı. Danimarka Savunma Bakanlığı, o hafta birkaç askeri tesis üzerinde insansız hava aracı görüldüğünü doğruladı ve tehdidin büyüklüğüne bağlı olarak askeri tesisler üzerindeki insansız hava araçlarını düşürebileceğini söyledi. Bu olay, Danimarka'nın uzun menzilli insansız hava aracı ve insansız hava aracı karşıtı planlarının 2025-2026 yıllarında yeni bir aciliyet kazanmasının nedenlerinden biriydi.

Sivil tarafın da uzun bir geçmişi var. 1951'de SAS'ın Kopenhag seferlerini kısa süreliğine bırakmasıyla tarifeli uçuş trafiği düştü, 1954'te inşa edilen terminal ilk olarak 1969'da genişletildi, charter uçuşları 1971'de başladı ve 1982'de çok daha büyük bir terminal inşa edildi. 2001'de inşa edilen terminal 110 milyon krona mal oldu ve 2007'de ve tekrar 2013'te genişletildi; 2013'teki 175 milyon kronluk genişletme ile kapı sayısı 11'e çıkarıldı. Yolcu sayısı 2018'de rekor seviye olan 1.609.965'e ulaştı, pandemi yılı olan 2020'de düştü ve 2025'te 1.500.543'e yükseldi.