Aalborg já voava antes mesmo de ter um aeroporto. Em 4 de setembro de 1936, a primeira rota aérea doméstica da Dinamarca foi inaugurada entre Copenhague e uma pista de grama em Rørdal, com um Fokker de oito lugares completando o percurso em 100 minutos. O aeroporto propriamente dito, o primeiro da Dinamarca no interior do país, foi inaugurado pelo ministro dos transportes, N.P. Fisker, em 29 de maio de 1938, com um show aéreo que atraiu 75.000 espectadores. Foi construído em conjunto pelos municípios de Aalborg e Nørresundby e, em 1939, recebeu 6.052 passageiros.

Aquele modesto campo tornou-se um dos principais objetivos alemães quando a Dinamarca foi invadida em 9 de abril de 1940. Lex observa que assegurar o aeródromo de Aalborg estava entre os objetivos mais importantes do ataque. Mais tarde naquela manhã, após o primeiro lançamento em Masnedø por volta das 5h, um pelotão de Fallschirmjäger desembarcou em Aalborg. O relato da Wikipédia, baseado em Dildy e Lindeberg, afirma que eles não encontraram resistência, que aeronaves estavam pousando dentro de uma hora e que mais de 200 pousos e decolagens se seguiram naquele dia, a maioria transportando tropas e combustível para Fornebu, na Noruega.

Os alemães renomearam o aeródromo para Fliegerhorst Aalborg West e o transformaram em um dos maiores aeródromos da Europa. A Defesa Dinamarquesa afirma que cerca de 270 fazendas foram expropriadas; a própria história do Aeroporto de Aalborg relata que a área cresceu de 254 para 5.000 tønder land, aproximadamente de 140 a 2.750 hectares, com pistas de concreto entre as mais longas da época. Aeronaves do Bordfliegergruppe 196 realizavam reconhecimento marítimo a partir dali, e a base serviu como trampolim primeiro para a Noruega e depois para o controle do Mar do Norte. A RAF pagou caro pelo ataque: em 13 de agosto de 1940, onze dos doze Blenheims do Esquadrão nº 82 foram perdidos.

Após a libertação, a RAF assumiu o controle do aeródromo e, em 1946, o Estado dinamarquês tornou-se proprietário. A Estação Aeroportuária de Aalborg foi criada em 8 de janeiro de 1951 como uma iniciativa conjunta dos ministérios da Defesa e dos Transportes, de acordo com o Ministério da Defesa e a Lex dinamarquesa; a própria história do aeroporto data a estação aérea de 1952. O lado militar ocupou a parte norte do campo, e um novo terminal civil foi construído no lado sul em 1954, divisão que ainda define a configuração do local.

Com verbas do programa de infraestrutura da OTAN, Aalborg foi construída na década de 1950, juntamente com Karup e Skrydstrup, como uma das três principais bases aéreas da OTAN na Dinamarca, e foi conectada ao oleoduto NEPS. Entre 1974 e 1977, a Dinamarca construiu 84 hangares reforçados para aeronaves em suas seis bases aéreas militares. A própria história da Defesa Dinamarquesa observa que os primeiros anos da força aérea foram marcados por muitos acidentes; a história da força aérea na Wikipédia, citando fontes dinamarquesas, contabiliza 89 F-84s acidentados e 40 pilotos mortos em toda a força.

Aalborg tornou-se o lar dos caças noturnos e de combate em todas as condições climáticas. De acordo com os históricos de unidades do F-16.net, o Esquadrão 723 chegou em 1952 com caças noturnos Meteor NF.11 e foi acompanhado pelo Esquadrão 726. Ambos voaram com o F-86D Sabre equipado com radar a partir de 1958; o museu nacional de aviação lista 59 F-86Ds em serviço dinamarquês de 1958 a 1964. De 1964 a 1965, os dois esquadrões converteram-se para o F-104G Starfighter e, em 1971, foram adicionados CF-104D bipostos ex-canadenses. O museu registra 25 F-104Gs e 4 TF-104Gs, operados pelos Esquadrões 723 e 726 até 1986.

O Esquadrão 723 foi o primeiro esquadrão de Aalborg a receber o F-16 e tornou-se totalmente operacional em março de 1984; o Esquadrão 726 teve que esperar pela encomenda subsequente, cujos jatos saíram da linha de produção da Fokker a partir de 1986. Aalborg também se tornou a oficina de F-16 da Força Aérea: o site F-16.net registra que a atualização Pacer Loft I dos primeiros 58 jatos e a atualização de meia-vida dos 61 F-16 restantes foram realizadas lá.

Os esquadrões de Aalborg levaram a Dinamarca à sua primeira guerra aérea desde 1945. O Ministério da Defesa dinamarquês registra que quatro F-16 foram destacados para Grazzanise, na Itália, em 21 de janeiro de 1999, número que subiu para oito em abril, e realizaram cerca de 600 missões e 2.250 horas de voo na Operação Força Aliada, lançando 24 bombas. O site F-16.net data o destacamento dos esquadrões 723 e 726 de 23 de março a 10 de junho de 1999, período que abrange a campanha aérea, e não todo o destacamento. Entre 2002 e 2003, o esquadrão 726 operou a partir de Manas, no Quirguistão, de onde os F-16 dinamarqueses registraram 743 missões sobre o Afeganistão.

O fim ocorreu em etapas. O Esquadrão 723 foi dissolvido em 8 de janeiro de 2001 sem receber a modernização, transferindo suas aeronaves para o 726. O Esquadrão 726 seguiu o mesmo caminho quando todos os caças dinamarqueses foram concentrados em Skrydstrup; o site F-16.net indica 31 de dezembro de 2005 para sua dissolução, enquanto a Wikipédia indica 10 de janeiro de 2006 para o descomissionamento de ambos os esquadrões. Nenhuma das datas foi verificada em um texto oficial dinamarquês, portanto, esta página indica o fim dos voos de caça em Aalborg como sendo entre 2005 e 2006.

Desde a saída dos caças, Aalborg pertence à Ala de Transporte Aéreo, que conta com mais de 400 funcionários e descreve sua função como a de realizar operações de transporte aéreo e vigilância aérea da Defesa Dinamarquesa de forma rápida, precisa e eficaz, em qualquer lugar. Sua unidade de voo é a Eskadrille 721, o esquadrão de transporte da força aérea, que operava a partir de Værløse até que essa base perdeu sua última unidade de voo em 2004. A data exata da transferência do esquadrão para Aalborg não foi confirmada por uma fonte oficial.

A linhagem da Esquadrilha 721 passa por oito C-47 Dakotas de 1953, seis C-54 Skymasters de 1959, três Gulfstream IIIs e três C-130H Hercules, estes últimos em serviço desde 1975. A Defesa Dinamarquesa afirma que os C-130H foram substituídos a partir de 2005 por quatro C-130J; o museu nacional da aviação lista três C-130J de 2003. O C-130J alongado pode transportar cerca de 120 passageiros, 64 paraquedistas ou 19.050 kg de carga, e já voou no Afeganistão, Iraque e África, além de ter operado na Estação Nord, no nordeste da Groenlândia.

Os quatro CL-604 Challenger realizam voos VIP para a família real e o governo, transporte de pacientes e, desde o final de 2011, vigilância com câmeras e sensores: inspeção de pesca, busca e salvamento, patrulhas antipirataria no Oceano Índico e missões de fronteira da Frontex. As fontes divergem quanto ao número: a Defesa Dinamarquesa afirma que são quatro, enquanto a Lex e o museu listam três, e o museu data o modelo de 1998. O lema da esquadrilha é Fortis, Firmus Undique, forte, confiável, em todos os lugares.

Aalborg é onde a Força Aérea Real Dinamarquesa mantém sua presença no Ártico. O Esquadrão 721 apoia o Comando Ártico na Groenlândia por cerca de dez dias por mês, realizando inspeções de pesca, busca e salvamento e transporte de passageiros, e um Challenger está permanentemente estacionado com o Grupo Aéreo Oeste em Kangerlussuaq para melhorar a vigilância e a cobertura de resgate sobre a ilha. O Hercules abastece a Estação Nord e a Patrulha Sirius, e o esquadrão opera regularmente em pistas curtas e irregulares em condições climáticas adversas.

O resgate em território nacional é realizado a partir da mesma base. Um helicóptero Merlin da Eskadrille 722, cujo esquadrão matriz está sediado em Karup, é uma das três equipes de plantão 24 horas por dia, juntamente com Skrydstrup e Roskilde, e pode decolar em poucos minutos após um alarme. A Dinamarca adquiriu 14 helicópteros Merlin em 2001; eles entraram em serviço em 2007 e o último chegou em 2010. O Comando de Operações Especiais Dinamarquês também está sediado na Flyvestation Aalborg.

O próximo capítulo é o dos drones. Em 25 de outubro de 2024, o ministro da Defesa colocou o controle operacional e a manutenção dos novos drones de vigilância de longo alcance da Dinamarca em Aalborg, citando o acesso da cidade ao Mar do Norte e ao Atlântico Norte, sua experiência no Ártico e sua base de manutenção; cerca de 70 postos de trabalho estão planejados em Aalborg, com Kangerlussuaq como possível local de operação. Quatro drones foram encomendados em 22 de julho de 2025, com o primeiro previsto para 2028; o modelo e o preço não foram divulgados. Os novos aviões-tanque A330, por outro lado, serão destinados à Karup.

Aalborg é um verdadeiro aeroporto de uso compartilhado. A base aérea administra o próprio aeródromo, sua segurança e seu serviço de bombeiros e salvamento, enquanto o Aeroporto Civil de Aalborg opera imediatamente ao sul da área militar, compartilhando as pistas, o serviço de bombeiros e o controle de tráfego aéreo. Os municípios do norte da Jutlândia assumiram o controle do aeroporto civil do Estado em 1º de julho de 1997, e ele cresceu com a construção de novos terminais em 2001 e 2013, tornando-se o terceiro maior aeroporto da Dinamarca, com 1.500.543 passageiros em 2025 e uma linha ferroviária inaugurada em 13 de dezembro de 2020, a um custo de 226 milhões de coroas dinamarquesas.

Compartilhar uma pista de pouso significa compartilhar suas interrupções. Na noite de 24 para 25 de setembro de 2025, drones foram avistados sobrevoando Aalborg a partir das 21h44, e o aeroporto foi fechado temporariamente, dias depois de drones terem paralisado o Aeroporto de Copenhague. A Defesa Dinamarquesa confirmou avistamentos de drones sobre diversas instalações militares naquela semana e afirmou que poderia abater drones sobre locais militares, dependendo da ameaça. O episódio foi um dos motivos pelos quais os planos da Dinamarca para drones de longo alcance e contradrones ganharam nova urgência em 2025-2026.

O lado civil tem sua própria longa história. O tráfego regular despencou em 1951, quando a SAS suspendeu brevemente a rota para Copenhague; o terminal de 1954 foi ampliado pela primeira vez em 1969; os voos charter começaram em 1971 e um terminal muito maior foi construído em 1982. O terminal de 2001 custou 110 milhões de coroas suecas e foi ampliado em 2007 e novamente em 2013, quando uma expansão de 175 milhões de coroas suecas dobrou o número de portões de embarque para 11. O número de passageiros atingiu o recorde de 1.609.965 em 2018, caiu 65% no ano da pandemia de 2020 e se recuperou para 1.500.543 em 2025.