Aalborg ya contaba con aeropuerto propio. El 4 de septiembre de 1936 se inauguró la primera ruta aérea nacional de Dinamarca entre Copenhague y una pista de hierba en Rørdal, con un avión Fokker de ocho plazas que cubría el trayecto en 100 minutos. El aeropuerto propiamente dicho, el primero de Dinamarca en provincias, fue inaugurado por el ministro de Transportes, N.P. Fisker, el 29 de mayo de 1938 con una exhibición aérea que atrajo a 75 000 espectadores. Fue construido conjuntamente por los municipios de Aalborg y Nørresundby, y en 1939 gestionó 6052 pasajeros.

Ese modesto campo se convirtió en uno de los principales objetivos alemanes cuando Dinamarca fue invadida el 9 de abril de 1940. Lex señala que asegurar el aeródromo de Aalborg era uno de los objetivos más importantes del ataque. Más tarde esa mañana, después del primer lanzamiento en Masnedø alrededor de las 5:00, un pelotón de Fallschirmjäger aterrizó en Aalborg. El relato de Wikipedia, basado en Dildy y Lindeberg, dice que no encontraron resistencia, que los aviones aterrizaron en menos de una hora y que ese día se produjeron más de 200 aterrizajes y despegues, en su mayoría para transportar tropas y combustible a Fornebu en Noruega.

Los alemanes rebautizaron el aeródromo como Fliegerhorst Aalborg West y lo convirtieron en uno de los aeródromos más grandes de Europa. La Defensa danesa afirma que se expropiaron unas 270 granjas; la propia historia del aeropuerto de Aalborg habla de cómo el terreno pasó de 254 a 5000 tønder land, aproximadamente de 140 a 2750 hectáreas, con pistas de hormigón entre las más largas de la época. Los aviones del Bordfliegergruppe 196 realizaban misiones de reconocimiento marítimo desde aquí, y la base siguió siendo un punto estratégico primero para Noruega y luego para el control del Mar del Norte. La RAF pagó caro el ataque: el 13 de agosto de 1940, once de los doce Blenheim del Escuadrón n.º 82 fueron destruidos.

Tras la liberación, la RAF se hizo cargo del aeródromo y, en 1946, el Estado danés lo adquirió. La base aérea de Aalborg se creó el 8 de enero de 1951 como una iniciativa conjunta de los ministerios de Defensa y Transporte, según el Ministerio de Defensa danés y Lex; la propia historia del aeropuerto sitúa la creación de la base aérea en 1952. La parte militar ocupó la zona norte del aeródromo, y en 1954 se construyó una nueva terminal civil en la zona sur, división que aún hoy define el emplazamiento.

Con fondos del programa de infraestructura de la OTAN, Aalborg se construyó en la década de 1950 junto con Karup y Skrydstrup como una de las tres principales bases aéreas danesas de la OTAN, y se conectó al oleoducto NEPS. Entre 1974 y 1977, Dinamarca construyó 84 hangares reforzados para aeronaves en sus seis bases aéreas militares. La propia historia de la Defensa danesa señala que los primeros años de la fuerza aérea estuvieron marcados por numerosos accidentes; la historia del servicio en Wikipedia, citando fuentes danesas, contabiliza 89 F-84 estrellados y 40 pilotos fallecidos en toda la fuerza.

Aalborg se convirtió en la base de los cazas nocturnos y todo tiempo. Según los historiales de unidades de F-16.net, el Escuadrón 723 llegó en 1952 con cazas nocturnos Meteor NF.11 y se le unió el Escuadrón 726. Ambos volaron el F-86D Sabre equipado con radar desde 1958; el museo nacional de aviación registra 59 F-86D en servicio danés desde 1958 hasta 1964. Entre 1964 y 1965, los dos escuadrones se convirtieron al F-104G Starfighter, y en 1971 se añadieron los biplazas CF-104D excanadienses. El museo registra 25 F-104G y 4 TF-104G, operados por los Escuadrones 723 y 726 hasta 1986.

El Escuadrón 723 fue el primero de Aalborg en recibir el F-16 y entró en pleno funcionamiento en marzo de 1984; el Escuadrón 726 tuvo que esperar el siguiente pedido, cuyos aviones salieron de la línea de producción de Fokker a partir de 1986. Aalborg también se convirtió en el taller de F-16 de la fuerza aérea: F-16.net registra que la actualización Pacer Loft I de los primeros 58 aviones y la actualización de mitad de vida de los 61 F-16 restantes se llevaron a cabo allí.

Los escuadrones de Aalborg llevaron a Dinamarca a su primera guerra aérea desde 1945. El Ministerio de Defensa danés registra que cuatro F-16 se desplegaron en Grazzanise, Italia, el 21 de enero de 1999, aumentando a ocho en abril, y realizaron alrededor de 600 salidas y 2250 horas en la Operación Fuerza Aliada, lanzando 24 bombas. F-16.net fecha el despliegue de los Escuadrones 723 y 726 del 23 de marzo al 10 de junio de 1999, lo que abarca la campaña aérea en lugar de todo el destacamento. En 2002-2003, el Escuadrón 726 voló desde Manas, Kirguistán, donde los F-16 daneses registraron 743 misiones sobre Afganistán.

El final se produjo por etapas. El Escuadrón 723 se disolvió el 8 de enero de 2001 sin recibir la actualización, cediendo sus aviones al Escuadrón 726. El Escuadrón 726 siguió el mismo camino cuando todos los cazas daneses se concentraron en Skrydstrup; F-16.net indica el 31 de diciembre de 2005 como fecha de su disolución, mientras que Wikipedia menciona el 10 de enero de 2006 como fecha de desmantelamiento de ambos escuadrones. Ninguna de las fechas ha sido contrastada con un texto oficial danés, por lo que esta página indica que el fin de los vuelos de cazas en Aalborg se produjo entre 2005 y 2006.

Desde que los cazas se marcharon, Aalborg pertenece al Ala de Transporte Aéreo, que cuenta con más de 400 efectivos y cuya función es proporcionar a la Defensa danesa operaciones de transporte aéreo y vigilancia aérea de forma rápida, precisa y eficaz en cualquier lugar. Su unidad de vuelo es el Escuadrón 721, el escuadrón de transporte de la fuerza aérea, que operaba desde Værløse hasta que dicha base perdió su última unidad de vuelo en 2004. La fecha exacta del traslado del escuadrón a Aalborg no ha sido confirmada por ninguna fuente oficial.

El linaje del Escuadrón 721 incluye ocho C-47 Dakota de 1953, seis C-54 Skymaster de 1959, tres Gulfstream III y tres C-130H Hercules, estos últimos en servicio desde 1975. El Ministerio de Defensa danés afirma que los C-130H fueron reemplazados a partir de 2005 por cuatro C-130J; el museo nacional de aviación registra tres C-130J de 2003. El C-130J, de fuselaje alargado, puede transportar unos 120 pasajeros, 64 paracaidistas o 19.050 kg de carga, y ha volado en Afganistán, Irak y África, así como a la Base Nord en el noreste de Groenlandia.

Los cuatro CL-604 Challenger realizan viajes VIP para la familia real y el gobierno, transporte de pacientes y, desde finales de 2011, vigilancia con cámaras y sensores: inspección pesquera, búsqueda y rescate, patrullas antipiratería en el Océano Índico y misiones fronterizas de Frontex. Las fuentes difieren en cuanto al número: la Defensa danesa afirma que son cuatro, mientras que Lex y el museo mencionan tres, y el museo data este modelo en 1998. El lema del escuadrón es Fortis, Firmus Undique, fuerte, fiable, en todas partes.

Aalborg es donde la Real Fuerza Aérea Danesa mantiene su presencia en el Ártico. El Escuadrón 721 apoya al Mando Ártico en Groenlandia durante unos diez días al mes, realizando inspecciones pesqueras, búsqueda y rescate, y transporte de pasajeros. Un Challenger está permanentemente estacionado con el Grupo Aéreo Oeste en Kangerlussuaq para mejorar la vigilancia y la cobertura de rescate sobre la isla. El Hércules abastece a la Estación Norte y a la Patrulla Sirius, y el escuadrón opera regularmente en pistas cortas y accidentadas en condiciones meteorológicas adversas.

El rescate en territorio danés se gestiona desde la misma base. Un helicóptero Merlin del Escuadrón 722, cuya base principal se encuentra en Karup, es uno de los tres equipos que permanecen de guardia las 24 horas, junto con los de Skrydstrup y Roskilde, y puede despegar en cuestión de minutos tras una alarma. Dinamarca adquirió 14 helicópteros Merlin en 2001; entraron en servicio en 2007 y el último llegó en 2010. El Comando de Operaciones Especiales danés también tiene su base en la Estación Aérea de Aalborg.

El siguiente capítulo es el de los sistemas no tripulados. El 25 de octubre de 2024, el ministro de Defensa asignó el control operativo y el mantenimiento de los nuevos drones de vigilancia de largo alcance de Dinamarca a Aalborg, citando su acceso al Mar del Norte y al Atlántico Norte, su experiencia en el Ártico y su base de mantenimiento; se prevén unos 70 puestos en Aalborg, siendo Kangerlussuaq un posible centro de operaciones. El 22 de julio de 2025 se encargaron cuatro drones, el primero de los cuales se entregará a partir de 2028; no se publicaron el tipo ni el precio. Los nuevos aviones cisterna A330, en cambio, se destinarán a Karup.

Aalborg es un verdadero aeropuerto de uso compartido. La base aérea gestiona el aeródromo, su seguridad y su servicio de bomberos y rescate, mientras que el aeropuerto civil de Aalborg opera justo al sur de la zona militar, compartiendo las pistas, el servicio de bomberos y el control del tráfico aéreo. Los municipios de Jutlandia del Norte se hicieron cargo del aeropuerto civil el 1 de julio de 1997, y este ha crecido gracias a la construcción de nuevas terminales en 2001 y 2013, convirtiéndose en el tercer aeropuerto más grande de Dinamarca, con una previsión de 1.500.543 pasajeros en 2025 y una conexión ferroviaria inaugurada el 13 de diciembre de 2020 con un coste de 226 millones de coronas danesas.

Compartir una pista de aterrizaje implica compartir sus interrupciones. La noche del 24 al 25 de septiembre de 2025, se reportaron avistamientos de drones sobre Aalborg a partir de las 21:44, lo que provocó el cierre temporal del aeropuerto, días después de que drones paralizaran el aeropuerto de Copenhague. El Ministerio de Defensa danés confirmó avistamientos de drones sobre varias instalaciones militares esa semana y declaró que podría derribarlos sobre dichas instalaciones según la gravedad de la amenaza. Este incidente fue uno de los motivos por los que los planes daneses para drones de largo alcance y sistemas antidrones cobraron mayor urgencia entre 2025 y 2026.

El sector civil tiene su propia historia. El tráfico regular se desplomó en 1951 cuando SAS suspendió brevemente la ruta a Copenhague. La terminal de 1954 se amplió por primera vez en 1969, los vuelos chárter comenzaron en 1971 y una terminal mucho más grande le siguió en 1982. La terminal de 2001 costó 110 millones de coronas y se amplió en 2007 y nuevamente en 2013, cuando una ampliación de 175 millones de coronas duplicó las puertas a 11. El número de pasajeros alcanzó un récord de 1.609.965 en 2018, cayó un 65 por ciento en el año de la pandemia 2020 y se recuperó hasta 1.500.543 en 2025.