Anglická Wikipedie uvádí, že britské koloniální úřady si vybraly Entebbe pro jeho polohu u Viktoriina jezera a jeho stávající zařízení a že letiště bylo po prodloužení formálně znovuotevřeno 10. listopadu 1951. Právě odtud v roce 1952 odletěla princezna Alžběta domů, když se dozvěděla o smrti svého otce.

Vzdušné síly nezávislé Ugandy zde začaly. Po armádní vzpouře v roce 1964 a odchodu Britů koncem července téhož roku Uganda zintenzívnila spolupráci s Izraelem, “aby vytvořila obrněné síly i letectvo”, slovy Wikipedie, a v roce 1964 bylo v Entebbe zřízeno ugandské armádní letectvo. Izrael zásoboval a cvičil velkou část armády a modernizoval letiště v Entebbe. Vztah náhle skončil: do konce března 1972 Amin vyhnal všech 470 Izraelců.

V letech 1972–73 byl postaven nový hlavní terminál podle návrhu jugoslávského architekta Aleksandara Kekoviće. Starší terminál a jeho odbavovací plocha, “staré letiště”, se staly vojenskou částí letiště a právě tam má dnes velitelství letectva.

Dne 27. června 1976 byl let Air France č. 139 unesen a letecky převezen do Entebbe, kde byli cestující drženi ve starém terminálu. Wikipedie uvádí 246 cestujících a 12 členů posádky; 30. června a 1. července bylo propuštěno 148 rukojmích, takže zbývalo 106. V noci z 3. na 4. července přistály po letu dlouhém více než 4 000 km čtyři izraelské letouny C-130 Hercules, podporované dvěma Boeingy 707. Operace trvala 53 minut, útok asi 30.

Wikipedie uvádí, že bylo zachráněno 102 rukojmích; Britannica uvádí 103. Při náletu byli zabiti tři rukojmí a Dora Blochová, 74letá žena, která byla převezena do nemocnice Mulago v Kampale, byla následně zavražděna. Izraelský velitel, podplukovník Yonatan Netanjahu, byl zabit. Oficiální izraelská zpráva uvádí, že ho v kontrolní věži zastřelil ugandský voják; jeho rodina trvá na tom, že ho zabil německý velitel únosců. Wikipedie uvádí 45 zabitých ugandských vojáků.

Pro ugandské armádní letectvo byla noc katastrofou. Aby Izraelci zabránili pronásledování, zničili na zemi 11 sovětských MiGů-17 a MiG-21, což je číslo, na kterém se shodují Britannica a Wikipedie. Letadla cestou domů doplnila palivo v Nairobi; Wikipedie uvádí, že Amin poté nechal v odvetě zabít v Ugandě asi 245 Keňanů a že asi 3 000 uprchlo. Anglická Wikipedie uvádí, že letectvo bylo následně s libyjskou a sovětskou pomocí obnoveno.

Obnovené letectvo netrvalo dlouho. Ugandské MiGy bombardovaly 18. října 1978 Bukobu v Tanzanii, na začátku ugandsko-tanzanské války, ale Wikipedie uvádí, že do února 1979 těžké ztráty zanechaly ugandské armádní letectvo “fakticky eliminované jako bojová síla”. V polovině února byly libyjské jednotky letecky převezeny do Entebbe na podporu Amina.

Po třech dnech dělostřelecké palby dobyla 208. brigáda Tanzanských lidových obranných sil 7. dubna 1979 Entebbe. Libyjský letoun C-130H byl toho rána zničen při pokusu o vzlet. Zdroje se v tom, co bylo ukořistěno, liší: Wikipedie uvádí jako válečné kořisti 9 MiGů-21 podle Avirgana a Honeyho nebo 2–3 MiGy-17 a 7 MiGů-21 podle Coopera; uvádí 200 až 365 vzdávajících se příslušníků letectva, přičemž z Dakky je vyšší číslo. Kampala padla 11. dubna.

UPDF nezveřejňuje, co je kde umístěno, a tato stránka se o tom nezabývá. Co je zaznamenáno: Velitelství letectva je v Entebbe, 15. června 2022 si Military Africa prohlédla na letecké základně Entebbe tři nově dodané útočné vrtulníky Mi-28N a 1. prosince 2025 náčelník obranných sil generál Muhoozi Kainerugaba a velitel letectva generálporučík Charles Okidi provedli inspekci demonstračního letounu Aero L-39 Skyfox na letecké základně UPDF Entebbe. Žádný rozkaz nebyl oznámen.

Velitelství se mělo přestěhovat do Nakasongoly, větší a odlehlejší základny, ale The Observer v lednu 2024 informoval, že k přesunu nedošlo. Dne 1. srpna 2026 generál Kainerugaba odhalil ve starém terminálu pomník Jonatana Netanjahua, kterého se zúčastnil i generálporučík Okidi, a vzdal hold ugandským vojákům, kteří tu noc bojovali.