Según la Wikipedia en inglés, las autoridades coloniales británicas eligieron Entebbe por su ubicación a orillas del lago Victoria y sus instalaciones existentes, y el aeropuerto fue reabierto oficialmente tras unas ampliaciones el 10 de noviembre de 1951. Fue desde aquí, en 1952, desde donde la princesa Isabel voló de regreso a casa al enterarse de la muerte de su padre.

La fuerza aérea de la Uganda independiente tuvo su origen aquí. Tras el motín del ejército de 1964 y la retirada británica a finales de julio de ese año, Uganda intensificó su cooperación con Israel para “establecer fuerzas blindadas y una fuerza aérea”, según Wikipedia, y la Fuerza Aérea del Ejército de Uganda se fundó en Entebbe en 1964. Israel suministró y entrenó a gran parte del ejército y modernizó el aeropuerto de Entebbe. La relación terminó abruptamente: a finales de marzo de 1972, Amin había expulsado a los 470 israelíes.

En 1972-73 se construyó una nueva terminal principal, diseñada por el arquitecto yugoslavo Aleksandar Keković. La terminal antigua y su plataforma, el "viejo aeropuerto", se convirtieron en la zona militar del aeródromo, y es allí donde la fuerza aérea tiene su cuartel general actualmente.

El 27 de junio de 1976, el vuelo 139 de Air France fue secuestrado y trasladado a Entebbe, donde los pasajeros fueron retenidos en la antigua terminal. Wikipedia contabiliza 246 pasajeros y 12 tripulantes; 148 rehenes fueron liberados el 30 de junio y el 1 de julio, quedando 106. En la noche del 3 al 4 de julio, cuatro aviones israelíes C-130 Hércules, apoyados por dos Boeing 707, aterrizaron tras un vuelo de más de 4000 km. La operación duró 53 minutos, el asalto unos 30.

Wikipedia afirma que se rescataron 102 rehenes; la Enciclopedia Británica, 103. Tres rehenes murieron en el asalto, y Dora Bloch, de 74 años, que había sido trasladada al Hospital Mulago en Kampala, fue asesinada posteriormente. El comandante israelí, el teniente coronel Yonatan Netanyahu, murió. La versión oficial israelí indica que un soldado ugandés le disparó en la torre de control; su familia insiste en que fue asesinado por el comandante alemán de los secuestradores. Wikipedia menciona la muerte de 45 soldados ugandeses.

Para la Fuerza Aérea del Ejército de Uganda, aquella noche fue un desastre. Para evitar una persecución, los israelíes destruyeron en tierra 11 MiG-17 y MiG-21 de fabricación soviética, cifra que coinciden en Britannica y Wikipedia. Los aviones repostaron en Nairobi de camino a casa; Wikipedia registra que Amin mandó matar a unos 245 kenianos en Uganda en represalia y que cerca de 3000 huyeron. La Wikipedia en inglés afirma que la fuerza aérea fue reconstruida posteriormente con ayuda libia y soviética.

La fuerza aérea reconstruida no duró mucho. Aviones MiG ugandeses bombardearon Bukoba en Tanzania el 18 de octubre de 1978, al comienzo de la guerra entre Uganda y Tanzania, pero Wikipedia afirma que para febrero de 1979 las cuantiosas pérdidas habían dejado a la Fuerza Aérea del Ejército de Uganda "efectivamente eliminada como fuerza de combate". A mediados de febrero, tropas libias fueron trasladadas por aire a Entebbe para apoyar a Amin.

Tras tres días de fuego de artillería, la 208.ª Brigada de las Fuerzas de Defensa del Pueblo de Tanzania tomó Entebbe el 7 de abril de 1979. Un C-130H libio fue destruido al intentar despegar esa mañana. Las fuentes difieren en cuanto a lo capturado: Wikipedia cita 9 MiG-21 según Avirgan y Honey, o 2-3 MiG-17 y 7 MiG-21 según Cooper, como botín de guerra; menciona entre 200 y 365 miembros de la fuerza aérea que se rindieron, siendo la cifra más alta la de Dakka. Kampala cayó el 11 de abril.

Las UPDF no publican dónde se ubican sus unidades, y esta página no especula al respecto. Lo que consta en los registros: el Cuartel General de la Fuerza Aérea se encuentra en Entebbe; Military Africa observó tres helicópteros de ataque Mi-28N recién entregados en la Base Aérea de Entebbe el 15 de junio de 2022; y el 1 de diciembre de 2025, el Jefe de las Fuerzas de Defensa, el general Muhoozi Kainerugaba, y el comandante de la fuerza aérea, el teniente general Charles Okidi, inspeccionaron un demostrador Aero L-39 Skyfox en la Base Aérea de Entebbe de las UPDF. No se había anunciado ningún pedido.

Se suponía que el cuartel general se trasladaría a Nakasongola, una base más grande y remota, pero The Observer informó en enero de 2024 que el traslado no se había realizado. El 1 de agosto de 2026, el general Kainerugaba inauguró un monumento a Yonatan Netanyahu en la antigua terminal, con el teniente general Okidi entre los invitados, y rindió homenaje a los soldados ugandeses que lucharon esa noche.