Volgens de Engelstalige Wikipedia kozen de Britse koloniale autoriteiten Entebbe vanwege de ligging aan het Victoriameer en de bestaande faciliteiten, en werd de luchthaven na uitbreidingen officieel heropend op 10 november 1951. Het was vanaf hier dat prinses Elizabeth in 1952 naar huis vloog toen ze het nieuws over de dood van haar vader vernam.

De luchtmacht van het onafhankelijke Oeganda is hier ontstaan. Na de muiterij in het leger in 1964 en het vertrek van de Britten eind juli van dat jaar, intensiveerde Oeganda de samenwerking met Israël "om pantsereenheden en een luchtmacht op te zetten", aldus Wikipedia. De Oegandese legerluchtmacht werd in 1964 in Entebbe opgericht. Israël leverde en trainde een groot deel van het leger en moderniseerde de luchthaven van Entebbe. De relatie eindigde abrupt: eind maart 1972 had Amin alle 470 Israëliërs het land uitgezet.

In 1972-1973 werd een nieuwe hoofdterminal gebouwd, ontworpen door de Joegoslavische architect Aleksandar Keković. De oudere terminal en het bijbehorende platform, het "oude vliegveld", werden het militaire gedeelte van het terrein, en daar is tegenwoordig het hoofdkwartier van de luchtmacht gevestigd.

Op 27 juni 1976 werd Air France vlucht 139 gekaapt en naar Entebbe gevlogen, waar de passagiers werden vastgehouden in de oude terminal. Wikipedia telt 246 passagiers en 12 bemanningsleden; 148 gijzelaars werden vrijgelaten op 30 juni en 1 juli, waardoor er nog 106 overbleven. In de nacht van 3 op 4 juli landden vier Israëlische C-130 Hercules, ondersteund door twee Boeing 707's, na een vlucht van meer dan 4000 km. De operatie duurde 53 minuten, de aanval ongeveer 30 minuten.

Wikipedia meldt dat 102 gijzelaars werden gered; Britannica noemt er 103. Drie gijzelaars kwamen om het leven tijdens de inval, en Dora Bloch, een 74-jarige vrouw die naar het Mulago-ziekenhuis in Kampala was gebracht, werd daarna vermoord. De Israëlische commandant, luitenant-kolonel Yonatan Netanyahu, werd gedood. Volgens het officiële Israëlische verslag werd hij neergeschoten door een Oegandese soldaat in de controlekamer; zijn familie houdt vol dat hij werd gedood door de Duitse commandant van de kapers. Wikipedia meldt dat 45 Oegandese soldaten om het leven kwamen.

Voor de luchtmacht van het Oegandese leger was de nacht een ramp. Om een achtervolging te voorkomen, vernietigden de Israëliërs elf Sovjet-Russische MiG-17's en MiG-21's op de grond, een aantal waarover Britannica en Wikipedia het eens zijn. De vliegtuigen tankten bij in Nairobi op de terugweg; Wikipedia meldt dat Amin vervolgens zo'n 245 Kenianen in Oeganda liet doden als vergelding en dat ongeveer 3.000 mensen op de vlucht sloegen. De Engelstalige Wikipedia zegt dat de luchtmacht daarna met Libische en Sovjet-hulp werd herbouwd.

De herbouwde luchtmacht hield het niet lang vol. Oegandese MiG's bombardeerden Bukoba in Tanzania op 18 oktober 1978, vroeg in de Oeganda-Tanzania-oorlog, maar Wikipedia meldt dat de Oegandese luchtmacht door zware verliezen in februari 1979 "feitelijk was uitgeschakeld als gevechtsmacht". Medio februari werden Libische troepen naar Entebbe gevlogen om Amin te steunen.

Na drie dagen artillerievuur veroverde de 208e Brigade van de Tanzaniaanse Volksverdediging op 7 april 1979 Entebbe. Een Libische C-130H werd die ochtend neergeschoten tijdens een poging om op te stijgen. De bronnen verschillen over wat er precies werd buitgemaakt: Wikipedia noemt 9 MiG-21's volgens Avirgan en Honey, of 2-3 MiG-17's en 7 MiG-21's volgens Cooper als oorlogsbuit; het aantal overgegeven luchtmachtpersoneel varieert van 200 tot 365, waarbij Dakka het hoogste aantal noemt. Kampala viel op 11 april.

De UPDF publiceert niet waar en wanneer hun basis zich bevindt, en deze pagina doet geen gissingen. Wat wel bekend is: het hoofdkwartier van de luchtmacht is gevestigd in Entebbe. Military Africa zag op 15 juni 2022 drie nieuw geleverde Mi-28N gevechtshelikopters op de luchtmachtbasis van Entebbe, en op 1 december 2025 inspecteerden de chef van de strijdkrachten, generaal Muhoozi Kainerugaba, en de commandant van de luchtmacht, luitenant-generaal Charles Okidi, een Aero L-39 Skyfox demonstratiemodel op de UPDF-luchtmachtbasis van Entebbe. Er was nog geen bestelling geplaatst.

Het hoofdkwartier zou verplaatst worden naar Nakasongola, een grotere en meer afgelegen basis, maar The Observer meldde in januari 2024 dat de verhuizing niet had plaatsgevonden. Op 1 augustus 2026 onthulde generaal Kainerugaba een monument voor Yonatan Netanyahu bij de oude terminal, met luitenant-generaal Okidi onder de gasten, en herdacht hij de Oegandese soldaten die die nacht hadden gevochten.