В английской Википедии говорится, что британские колониальные власти выбрали Энтеббе из-за его расположения на озере Виктория и имеющейся инфраструктуры, и что аэропорт был официально вновь открыт после расширения 10 ноября 1951 года. Именно отсюда, в 1952 году, принцесса Елизавета вылетела домой, узнав о смерти своего отца.

Военно-воздушные силы независимой Уганды зародились именно здесь. После армейского мятежа 1964 года и ухода британцев в конце июля того же года Уганда расширила сотрудничество с Израилем “для создания бронетанковых войск, а также военно-воздушных сил”, как пишет Википедия, и в 1964 году в Энтеббе были созданы Военно-воздушные силы Уганды. Израиль поставлял и обучал значительную часть армии, а также модернизировал аэропорт Энтеббе. Отношения резко оборвались: к концу марта 1972 года Амин выслал всех 470 израильтян.

Новый главный терминал был построен в 1972–73 годах по проекту югославского архитектора Александра Кековича. Старый терминал и его перрон, “старый аэропорт”, стали военной частью аэродрома, и именно там сегодня находится штаб военно-воздушных сил.

27 июня 1976 года рейс 139 авиакомпании Air France был захвачен и доставлен в Энтеббе, где пассажиры были задержаны в старом терминале. По данным Википедии, на борту находилось 246 пассажиров и 12 членов экипажа; 148 заложников были освобождены 30 июня и 1 июля, осталось 106 человек. В ночь с 3 на 4 июля четыре израильских самолета C-130 Hercules при поддержке двух Boeing 707 совершили посадку после полета на расстояние более 4000 км. Операция длилась 53 минуты, штурм — около 30.

Википедия утверждает, что было спасено 102 заложника; Britannica приводит цифру в 103. В ходе операции погибли три заложника, а 74-летняя Дора Блох, доставленная в больницу Мулаго в Кампале, была убита впоследствии. Израильский командир, подполковник Йонатан Нетаньяху, был убит. В официальной израильской версии говорится, что он был застрелен угандийским солдатом в диспетчерской вышке; его семья настаивает на том, что он был убит немецким командиром угонщиков. Википедия указывает на гибель 45 угандийских солдат.

Для ВВС Уганды эта ночь стала катастрофой. Чтобы предотвратить преследование, израильтяне уничтожили на земле 11 советских МиГ-17 и МиГ-21, и эти цифры совпадают с данными Britannica и Wikipedia. Самолеты дозаправились в Найроби по пути домой; Wikipedia сообщает, что Амин затем приказал убить около 245 кенийцев в Уганде в отместку, и что около 3000 человек бежали. Английская Wikipedia утверждает, что ВВС впоследствии были восстановлены при помощи Ливии и Советского Союза.

Восстановленные военно-воздушные силы просуществовали недолго. 18 октября 1978 года, в начале угандийско-танзанийской войны, угандийские МиГи бомбили Букобу в Танзании, но, по данным Википедии, к февралю 1979 года тяжелые потери привели к тому, что ВВС Угандийской армии были “фактически уничтожены как боеспособная сила”. В середине февраля в Энтеббе были переброшены ливийские войска для поддержки Амина.

После трех дней артиллерийского обстрела 208-я бригада Сил обороны Танзании 7 апреля 1979 года взяла Энтеббе. Ливийский самолет C-130H был уничтожен при попытке взлета тем утром. Источники расходятся во мнениях относительно захваченных самолетов: Википедия, по данным Авиргана и Хани, указывает на 9 МиГ-21, а по данным Купера — на 2–3 МиГ-17 и 7 МиГ-21; число сдавшихся военнослужащих ВВС оценивается в 200–365 человек, причем более высокая цифра указана в отчете Dakka. Кампала пала 11 апреля.

Вооруженные силы Уганды (UPDF) не публикуют информацию о том, где и что базируется, и эта страница не делает предположений. Что зафиксировано официально: штаб ВВС находится в Энтеббе, 15 июня 2022 года представители Military Africa наблюдали за поставкой трех новых ударных вертолетов Ми-28Н на авиабазе Энтеббе, а 1 декабря 2025 года начальник Генерального штаба, генерал Мухузи Кайнеругаба, и командующий ВВС, генерал-лейтенант Чарльз Окиди, осмотрели демонстрационный образец Aero L-39 Skyfox на авиабазе UPDF в Энтеббе. Никакого заказа объявлено не было.

Предполагалось, что штаб-квартира переедет в Накасонголу, более крупную и удаленную базу, но газета The Observer в январе 2024 года сообщила, что переезд не состоялся. 1 августа 2026 года генерал Кайнеругаба открыл памятник Йонатану Нетаньяху на территории старого терминала, среди гостей был генерал-лейтенант Окиди, и почтил память угандийских солдат, сражавшихся в ту ночь.