A Wikipédia em inglês afirma que as autoridades coloniais britânicas escolheram Entebbe por sua localização às margens do Lago Vitória e por suas instalações existentes, e que o aeroporto foi oficialmente reaberto após ampliações em 10 de novembro de 1951. Foi daqui que, em 1952, a Princesa Elizabeth retornou para casa ao saber da morte de seu pai.

A força aérea da Uganda independente teve início aqui. Após o motim do exército em 1964 e a saída dos britânicos no final de julho daquele ano, Uganda intensificou sua cooperação com Israel "para estabelecer forças blindadas, bem como uma força aérea", nas palavras da Wikipédia, e a Força Aérea do Exército de Uganda foi estabelecida em Entebbe em 1964. Israel forneceu e treinou grande parte do exército e modernizou o aeroporto de Entebbe. O relacionamento terminou abruptamente: no final de março de 1972, Amin expulsou todos os 470 israelenses.

Um novo terminal principal foi construído em 1972-73, projetado pelo arquiteto iugoslavo Aleksandar Keković. O terminal mais antigo e seu pátio de manobras, o "antigo aeroporto", tornaram-se a área militar do aeroporto, e é lá que a força aérea tem seu quartel-general atualmente.

Em 27 de junho de 1976, o voo 139 da Air France foi sequestrado e levado para Entebbe, onde os passageiros foram mantidos reféns no antigo terminal. A Wikipédia contabiliza 246 passageiros e 12 tripulantes; 148 reféns foram libertados entre 30 de junho e 1º de julho, restando 106. Na noite de 3 para 4 de julho, quatro aviões israelenses C-130 Hercules, apoiados por dois Boeing 707, pousaram após um voo de mais de 4.000 km. A operação durou 53 minutos, sendo o ataque cerca de 30 minutos.

A Wikipédia afirma que 102 reféns foram resgatados; a Britannica menciona 103. Três reféns foram mortos no ataque, e Dora Bloch, de 74 anos, que havia sido levada para o Hospital Mulago em Kampala, foi assassinada posteriormente. O comandante israelense, Tenente-Coronel Yonatan Netanyahu, foi morto. A versão oficial israelense diz que ele foi baleado por um soldado ugandense na torre de controle; sua família insiste que ele foi morto pelo comandante alemão dos sequestradores. A Wikipédia menciona 45 soldados ugandenses mortos.

Para a Força Aérea do Exército de Uganda, a noite foi um desastre. Para evitar uma perseguição, os israelenses destruíram 11 caças MiG-17 e MiG-21 de fabricação soviética no solo, um número com o qual a Britannica e a Wikipédia concordam. As aeronaves reabasteceram em Nairóbi a caminho de casa; a Wikipédia registra que Amin ordenou a morte de cerca de 245 quenianos em Uganda em represália e que cerca de 3.000 fugiram. A Wikipédia em inglês afirma que a força aérea foi posteriormente reconstruída com ajuda líbia e soviética.

A força aérea reconstruída não durou muito. MiGs ugandeses bombardearam Bukoba, na Tanzânia, em 18 de outubro de 1978, no início da Guerra Uganda-Tanzânia, mas a Wikipédia afirma que, em fevereiro de 1979, as pesadas perdas deixaram a Força Aérea do Exército de Uganda "efetivamente eliminada como força de combate". Em meados de fevereiro, tropas líbias foram enviadas por via aérea para Entebbe para apoiar Amin.

Após três dias de bombardeio de artilharia, a 208ª Brigada das Forças de Defesa Popular da Tanzânia tomou Entebbe em 7 de abril de 1979. Um C-130H líbio foi destruído ao tentar decolar naquela manhã. As fontes divergem sobre o que foi capturado: a Wikipédia cita 9 MiG-21, segundo Avirgan e Honey, ou 2 a 3 MiG-17 e 7 MiG-21, segundo Cooper, como prêmios de guerra; menciona entre 200 e 365 membros da força aérea que se renderam, sendo o número mais alto o de Dakka. Kampala caiu em 11 de abril.

A UPDF não divulga onde suas bases estão localizadas, e esta página não faz suposições. O que consta nos registros é o seguinte: o Quartel-General da Força Aérea fica em Entebbe; a Military Africa recebeu três helicópteros de ataque Mi-28N recém-entregues na Base Aérea de Entebbe em 15 de junho de 2022; e em 1º de dezembro de 2025, o Chefe das Forças de Defesa, General Muhoozi Kainerugaba, e o comandante da Força Aérea, Tenente-General Charles Okidi, inspecionaram um demonstrador Aero L-39 Skyfox na Base Aérea da UPDF em Entebbe. Nenhum pedido havia sido anunciado.

O quartel-general deveria ser transferido para Nakasongola, uma base maior e mais remota, mas o jornal The Observer noticiou em janeiro de 2024 que a mudança não havia ocorrido. Em 1º de agosto de 2026, o General Kainerugaba inaugurou um monumento a Yonatan Netanyahu no antigo terminal, com o Tenente-General Okidi entre os convidados, e homenageou os soldados ugandeses que lutaram naquela noite.