קטאם החלה את דרכה כשירות נשיאותית. על פי ההיסטוריה של נמל התעופה אל דוראדו בויקיפדיה האנגלית, הגנרל גוסטבו רוחאס פינייה, נשיא נמל התעופה משנת 1953, הקים טייסת קישור בשנת 1954 בהוראתו הישירה, שבסיסה היה בטצ'ו, נמל התעופה הראשון של בוגוטה. היא הוכיחה את עצמה כיעילה מספיק כדי להתפתח לקבוצת רכבת אווירית צבאית, שהגיעה למעמד של בסיס תובלה בשנת 1959.

נמל התעופה החדש אל דוראדו, שהחל בנייתו בשנת 1955, נפתח ב-10 בדצמבר 1959 והחליף את טצ'ו; חיל האוויר העביר את יחידת התובלה שלו לאתר לידו. ערך ויקיפדיה האנגלית על השירות מתארך את הקמת הבסיס האווירי ל-1959, עם פתיחת אל דוראדו; ערך שדה התעופה מתארך את חנוכת הקומנדו האווירי ל-28 במאי 1963. שני התאריכים ניתנים כאן מכיוון שהמקורות שונים. בשנת 1977 נקראה הפיקוד על שם חלוץ התעופה הקולומביאני קמילו דאזה אלוורז, בריגדיר גנרל של כבוד.

שני מטוסי ההרקולס הראשונים מדגם C-130B, FAC-1001 ו-FAC-1002, סופקו ל-CATAM בשנת 1968; בין השנים 1990 ו-1991 ממשלת ארה"ב סיפקה שישה מטוסי C-130B נוספים כדי לתמוך בפעולות נגד סחר בסמים ובגרילה. בשנת 2003 הוצגו משקפי ראיית לילה במטוסי C-130 ו-CN-235, אשר, במילות ויקיפדיה, אפשרו הובלה, צניחה ופינוי אווירו-רפואי על מסלולי קרב חסרי תאורה. ויקיפדיה הספרדית מפרטת את ה-C-130B/H, C295, CN-235, בואינג 737 ו-KC-767 עם מטוסי האסקואדרון 811 של הבסיס.

גילו של הצי הפך לפוליטי בשנת 2026. ב-23 במרץ 2026, התרסק מטוס C-130H FAC 1016 בעת ההמראה בפוארטו לגוויסמו בפוטומאיו; אינפודיפנסה מדווחת על 70 הרוגים ו-57 פצועים, בעוד שדיווחים אחרים נתנו 69. חקירת חיל האוויר, כפי שדווחה על ידי אינפודיפנסה, האשימה את האירוע בטעות אנוש: הצוות העריך באופן שגוי את הקשר בין משקל המטוס, כ-133,000 פאונד לעומת משקל מקסימלי של 139,000 פאונד, ומסלול המראה של כ-1,200 מטר, תחת לחץ לעזוב לפני שהמזג אוויר יהפוך. המפקד, הגנרל קרלוס סילבה, אמר שהמטוס פעל במסגרת המגבלות המותרות; הממצאים סתרו את טענותיו של הנשיא פטרו כי גילו ותחזוקה הם האשמים.

קטאם חולקת את מסלולי ההמראה שלה עם נמל התעופה הבינלאומי של בוגוטה. לאל דוראדו שני מסלולי המראה מקבילים, 14L/32R ו-14R/32L, כל אחד באורך 3,800 מטר, בגובה 2,548 מטר מעל פני הים, על פי ויקיפדיה האנגלית; הבסיס הצבאי תופס אזור משלו לצד הטרמינלים האזרחיים, אליו מגיעים מאז 1996 באמצעות גישות קרקעיות חדשות דרך האזור המוקדש לפיקוד התעופה הצבאית.

הסדר זה מסביר חלק ניכר ממה ש-CATAM עושה. מטוסים המגיעים מחו"ל מגיעים לכאן ראשונים, החל מהרקולס של 1968 ועד הסופר טוקאנוס של 2006, ומטוסי התובלה האסטרטגיים של חיל האוויר, המכלית שלו ומטוס הנשיאות פועלים מהבירה ולא מפיקוד הקרב. רשימות הטייסות שפורסמו על ידי ויקיפדיה שמות קבוצת תובלה (81), קבוצת טיסות מיוחדות (82) וטייסת מודיעין (831); מספר המטוסים בבסיס בכל עת אינו פורסם ואינו ניתן כאן.

בשנת 2008 קולומביה התקשרה עם התעשייה האווירית לישראל להסב מטוס בואינג 767-200ER יד שנייה למכלית תובלה ותובלה VIP. מטוס ה-FAC-1202, ששמו יופיטר, נוסה בספטמבר 2010 ונמסר בנובמבר 2010, ובמרץ 2019 הוא תמך במטוסי EA-18G Growlers של חיל הים האמריקאי בתרגיל Red Flag 19-2. קטאם היא גם ביתם של מטוסי הנשיאות וה-VIP, Grupo de Vuelos Especiales 82, עם מטוס בואינג 737 BBJ בין מטוסיו, על פי ויקיפדיה הספרדית.

מטוסים חדשים עדיין מגיעים דרך בוגוטה: שלושת מטוסי הסופר טוקאנו הראשונים של קולומביה נחתו ב-CATAM ב-14 בדצמבר 2006, לפני שהסוג הגיע לפיקודי הקרב באפיאי ובמקומות אחרים. מקורות שנבדקו לא הודיעו היכן ימוקמו שני מטוסי האמבראר KC-390 שהוזמנו בשנת 2026.