История авиации Джубы начинается в колониальную эпоху. Согласно английской Википедии, первый аэродром был расчищен в 1929 году, а в 1931 году компания Shell построила взлетно-посадочную полосу из дробленого латерита. В феврале 1931 года компания Imperial Airways открыла свой маршрут из Кейптауна в Каир, с местом стоянки для своих гидросамолетов Calcutta на Ниле недалеко от Реджафа, а в 1934 году аэродром был расширен, и местные жители были выселены с этого места.

Аэропорт развивался медленно. В описании обследования 1976 года в Википедии говорится об асфальтированной взлетно-посадочной полосе размером 2400 на 45 метров, подъездных дорогах, которые были практически непроходимы в сезон дождей, очень старом радиомаяке, слабой УКВ-радиосвязи и отсутствии освещения. В начале февраля 1977 года аэропорт стал местом неудачной попытки государственного переворота, предпринятой бывшими боевиками Аньяньи.

Независимость принесла деньги. В мае 2011 года началось расширение терминала, грузовых терминалов и ремонт взлетно-посадочной полосы, а в июле 2011 года была введена в эксплуатацию новая система освещения с огнями подхода, огнями рулежных дорожек, системой PAPI и вращающимся маяком. Терминал оставался печально известным: в период с 2016 по 2019 год он входил в число худших в мире, в какой-то момент представляя собой две соседние палатки, пока 29 октября 2018 года не открылся терминал, построенный китайцами. Единственная взлетно-посадочная полоса, 13/31, теперь имеет длину 3100 метров.

Законодательное собрание Южного Судана в июне 2008 года создало военно-воздушные силы на бумаге, но в Джубе до конца 2010 года не было военной авиации. В мае 2010 года генерал-майор Куол Дим Куол из НОАК объявил, что армия сформировала "ядро военно-воздушных и военно-морских сил", и НОАК закупила первую партию из десяти вертолетов Ми-17 в Казани, Россия.

В Википедии указано, что первые восемь самолетов были доставлены к декабрю 2010 года и доставлены в аэропорт Джубы на транспортных самолетах Ан-124, а последние два — в январе 2011 года. 11 января 2011 года, в неделю референдума о независимости, президент Сальва Киир на церемонии, на которой присутствовали высокопоставленные чиновники правительства Южного Судана и иностранные дипломаты, учредил ВВС Южного Судана. В Википедии штаб-квартира ВВС указана как Джуба, и она называется авиабазой Джуба.

Наиболее подробное публичное описание военной ситуации в Джубе содержится в докладе Группы экспертов ООН по Южному Судану. В своем заключительном докладе от января 2016 года Группа заявила, что неоднократно наблюдала за обслуживанием правительственных вертолетов в Джубе, причем, по меньшей мере, десять человек европеоидной расы и три человека африканского происхождения присутствовали там 26 ноября 2015 года. По состоянию на середину декабря 2015 года, как сообщила Группа, у правительства было как минимум три действующих ударных вертолета Ми-24, и оно ожидало еще один, а министерство обороны запрашивало окончательный платеж за четыре дополнительных ударных вертолета на общую сумму 1 триллион 45,7 млн долларов США.

Начиная с июля 2015 года, комиссия наблюдала за австрийским самолетом разведки, наблюдения и рекогносцировки Diamond 42 на военном аэродроме в Джубе, который, по ее словам, обеспечивал "передовые интегрированные возможности воздушной разведки и целеуказания". Она также установила, что правительство заключило контракт с норвежской компанией Development General Trading, базирующейся в Дубае, на строительство двух вертолетных ангаров на общую сумму 16,4 миллиона долларов США. Комиссия охарактеризовала эти вертолеты как имеющие центральное значение для обороны Джубы и нефтяных объектов в Палоиче. Правительство не опубликовало собственный отчет об этих закупках.

В июле 2016 года в Джубе вспыхнули бои между правительственными войсками и войсками первого вице-президента Риека Мачара. Несколькими днями ранее, 7 июля, представитель НОАК объявил, что два истребителя проведут авиашоу в честь пятого Дня независимости до 9 июля, и призвал общественность "не паниковать"; в его заявлении, как сообщило Eye Radio, не говорилось, куда именно они полетят.

В статье Википедии, цитирующей журналиста Питера Мартелла, говорится, что 10 июля правительственные истребители и ударные вертолеты атаковали силы оппозиции, а газета Japan Times сообщила о бомбардировке правительственных вертолетов лагерей оппозиции в Джебеле. Взрывы произошли в Томпинге, районе, где расположены аэропорт, посольства и база ООН, в результате чего двое китайских миротворцев погибли и восемь получили ранения, когда их бронетранспортер был подбит на территории базы ООН. 15 июля два самолета C-17 Globemaster ВВС Индии доставили 143 человека в рамках операции «Санкат Мочан». Данные о жертвах и ходе воздушных атак приведены по сообщениям этих источников; правительство не опубликовало свой собственный отчет о воздушных операциях в Джубе.