De luchtvaartgeschiedenis van Juba begint in het koloniale tijdperk. Volgens de Engelstalige Wikipedia werd het eerste vliegveld in 1929 aangelegd en in 1931 bouwde de Shell Company een landingsbaan van gemalen lateriet. In februari 1931 opende Imperial Airways haar route van Kaapstad naar Caïro, met een aanlegplaats voor haar Calcutta-vliegboten aan de Nijl bij Rejaf. In 1934 werd het vliegveld uitgebreid en moesten de lokale bewoners verhuizen.

Het vliegveld groeide langzaam. Wikipedia beschrijft een onderzoek uit 1976 met een asfaltbaan van 2400 bij 45 meter, toegangswegen die in het regenseizoen bijna onbegaanbaar waren, een zeer oude radiobaken, een zwakke VHF-radio en geen veldverlichting. Begin februari 1977 raakte het vliegveld betrokken bij een mislukte couppoging door voormalige Anyanya-strijders.

De onafhankelijkheid bracht geld met zich mee. In mei 2011 werden de terminal, de vrachtfaciliteiten en de herbestrating van de landingsbaan uitgebreid, en in juli 2011 werd een nieuw verlichtingssysteem met naderingslichten, taxibaanverlichting, PAPI en een roterend baken in gebruik genomen. De terminal bleef berucht: tussen 2016 en 2019 behoorde hij tot de slechtste ter wereld, op een gegeven moment bestond hij uit twee naast elkaar gelegen tenten, totdat op 29 oktober 2018 een door Chinezen gebouwde terminal werd geopend. De enige landingsbaan, 13/31, is nu 3100 meter lang.

De wetgevende vergadering van Zuid-Soedan creëerde in juni 2008 formeel een luchtmacht, maar Juba beschikte tot eind 2010 niet over militaire vliegtuigen. In mei 2010 kondigde generaal-majoor Kuol Dim Kuol van het SPLA aan dat het leger een "kernluchtmacht en -marine" had gevormd, en kocht het SPLA zijn eerste partij van tien Mi-17-helikopters in Kazan, Rusland.

Wikipedia meldt dat de eerste acht toestellen in december 2010 waren geleverd en per Antonov An-124 transportvliegtuig op de luchthaven van Juba waren geland, en dat de laatste twee in januari 2011 volgden. Op 11 januari 2011, in de week van het referendum over onafhankelijkheid, lanceerde president Salva Kiir de Zuid-Soedanese luchtmacht tijdens een ceremonie die werd bijgewoond door hoge functionarissen van de regering van Zuid-Soedan en buitenlandse diplomaten. Wikipedia noemt Juba als de locatie van het hoofdkwartier van de luchtmacht, dat daar Juba Air Base wordt genoemd.

De meest gedetailleerde openbare beschrijving van de militaire kant van Juba is afkomstig van het VN-panel van deskundigen over Zuid-Soedan. In zijn eindrapport van januari 2016 stelde het panel dat het "bij meerdere gelegenheden" het onderhoud van de regeringshelikopters in Juba had waargenomen, waarbij op een van die gelegenheden, 26 november 2015, ten minste tien blanke en drie Afrikaanse personen aanwezig waren. Medio december 2015 beschikte de regering volgens het panel over ten minste drie operationele Mi-24 gevechtshelikopters en wachtte op een vierde. Het ministerie van Defensie was bezig met het verkrijgen van de laatste betaling voor vier extra gevechtshelikopters voor een totaalbedrag van 1,4 miljard Amerikaanse dollar.

Vanaf juli 2015 observeerde het panel een in Oostenrijk geproduceerd Diamond 42-verkennings-, bewakings- en observatievliegtuig op de militaire luchthaven in Juba, dat volgens het panel "geavanceerde geïntegreerde mogelijkheden voor luchtverkenning en doelbepaling" bood. Het panel constateerde ook dat de regering een contract had gesloten met het in Dubai gevestigde Norwegian Development General Trading voor de bouw van twee helikopterhangars voor een totaalbedrag van 16,4 miljoen Amerikaanse dollar. Het panel beschreef de helikopters als essentieel voor de verdediging van Juba en de olie-installaties in Paloich. De regering heeft zelf geen verklaring over deze aankopen gepubliceerd.

In juli 2016 braken er gevechten uit in Juba tussen regeringstroepen en troepen van eerste vicepresident Riek Machar. Enkele dagen eerder, op 7 juli, had de woordvoerder van het SPLA aangekondigd dat twee straaljagers een luchtshow zouden geven ter gelegenheid van de vijfde Onafhankelijkheidsdag tot en met 9 juli en had hij het publiek opgeroepen "niet in paniek te raken"; in zijn verklaring, zoals gerapporteerd door Eye Radio, werd niet vermeld waar ze naartoe zouden vliegen.

Volgens Wikipedia, dat journalist Peter Martell citeert, vielen regeringsgevechtsvliegtuigen en aanvalshelikopters op 10 juli oppositietroepen aan. De Japan Times meldde dat oppositiekampen in Jebel werden gebombardeerd door regeringshelikopters. Explosies troffen Tomping, het gebied waar de luchthaven, ambassades en een VN-basis zich bevinden. Twee Chinese vredeshandhavers kwamen om het leven en acht raakten gewond toen hun pantservoertuig werd geraakt in de VN-basis. Op 15 juli evacueerden twee C-17 Globemasters van de Indiase luchtmacht 143 mensen in het kader van Operatie Sankat Mochan. De aantallen slachtoffers en de wijze waarop de luchtaanvallen werden uitgevoerd, zijn zoals gerapporteerd door deze bronnen; de regering heeft geen eigen verslag van de luchtoperaties in Juba gepubliceerd.