ジュバの航空史は植民地時代に始まる。英語版ウィキペディアによると、最初の飛行場は1929年に開墾され、1931年にはシェル社が砕いたラテライトで滑走路を建設した。1931年2月、インペリアル・エアウェイズはケープタウン～カイロ間の路線を開設し、レジャフ近郊のナイル川にカルカッタ飛行艇の係留場所を設けた。そして1934年には飛行場が拡張され、地元住民は敷地から移転した。.

飛行場はゆっくりと発展していった。ウィキペディアの1976年の調査記録によると、2,400メートル×45メートルのアスファルト滑走路、雨季にはほとんど通行不能になるアクセス道路、非常に古い無線ビーコン、弱いVHF無線、そして飛行場照明はなかった。1977年2月初旬、この空港は元アニャニャ戦闘員によるクーデター未遂事件に巻き込まれた。.

独立によって資金がもたらされた。2011年5月にはターミナル、貨物施設、滑走路の再舗装が拡張され、2011年7月には進入灯、誘導路灯、PAPI、回転ビーコンを備えた新しい照明システムが稼働を開始した。ターミナルは依然として悪名高く、2016年から2019年の間は世界最悪のターミナルの1つにランク付けされ、一時は隣接する2つのテントが使われていたが、2018年10月29日に中国製のターミナルがオープンした。現在、1本の滑走路13/31は3,100メートルの長さである。.

南スーダン立法議会は2008年6月に空軍を創設したが、ジュバには2010年末まで軍用機がなかった。2010年5月、南スーダン人民解放軍（SPLA）のクオル・ディム・クオル少将は、軍が「中核となる空軍と海軍」を編成したと発表し、SPLAはロシアのカザンから最初の10機のMi-17ヘリコプターを購入した。.

Wikipediaによると、最初の8機は2010年12月までにアントノフAn-124輸送機でジュバ空港に納入され、最後の2機は2011年1月に納入された。2011年1月11日、独立住民投票の週に、サルバ・キール大統領は南スーダン政府高官や外国の外交官が出席した式典で南スーダン空軍を発足させた。Wikipediaでは、空軍本部の所在地はジュバ空軍基地としている。.

ジュバの軍事面に関する最も詳細な公式記述は、南スーダンに関する国連専門家パネルによるものである。2016年1月の最終報告書で、同パネルは、ジュバで政府のヘリコプターの整備が「複数回」行われているのを目撃したと述べ、2015年11月26日には少なくとも10人の白人と3人のアフリカ人が立ち会っていたとしている。2015年12月中旬の時点で、政府は少なくとも3機のMi-24攻撃ヘリコプターを運用しており、もう1機を待っている状態であり、国防省は追加の攻撃ヘリコプター4機の最終支払いを総額1,435,700米ドルで求めていると、同パネルは報告している。.

2015年7月以降、調査委員会はジュバの軍用空港でオーストリア製のダイヤモンド42偵察機（情報収集・監視・偵察機）が運用されていることを確認し、同委員会は同機が「高度な統合型航空偵察・標的設定能力」を提供していると指摘した。また、政府がドバイに拠点を置くノルウェー開発総合貿易会社と契約し、総額1,640万米ドルでヘリコプター格納庫2棟を建設していたことも判明した。調査委員会は、これらのヘリコプターはジュバとパロイチの石油施設の防衛にとって極めて重要であると述べた。政府はこれらの購入に関する独自の説明を公表していない。.

2016年7月、ジュバで政府軍と第一副大統領リエック・マシャールの軍との間で戦闘が勃発した。その数日前、7月7日、SPLAの報道官は、独立5周年を記念して2機の戦闘機が7月9日まで航空ショーを行うと発表し、国民に「パニックにならないように」と呼びかけた。アイ・ラジオが報じたところによると、彼の声明には戦闘機がどこを飛行するかについては触れられていなかった。.

ジャーナリストのピーター・マーテル氏の記事を引用したウィキペディアの戦闘に関する記述によると、7月10日に政府軍の戦闘機と攻撃ヘリコプターが反政府勢力を攻撃し、ジャパンタイムズはジェベルの反政府勢力のキャンプが政府軍のヘリコプターによって爆撃されたと報じた。空港、大使館、国連基地があるトンピン地区で爆発が発生し、国連基地内で装甲兵員輸送車が被弾し、中国の平和維持要員2人が死亡、8人が負傷した。7月15日、インド空軍のC-17グローブマスター2機がサンカット・モーチャン作戦の下、143人を空輸した。死傷者数と空爆の実施状況はこれらの情報源の報告によるものであり、政府はジュバでの空爆作戦に関する独自の報告を発表していない。.