يبدأ تاريخ الطيران في جوبا في الحقبة الاستعمارية. ووفقًا لموقع ويكيبيديا الإنجليزية، تم تجهيز أول مطار عام 1929، وفي عام 1931 قامت شركة شل ببناء مدرج من اللاتريت المسحوق. وفي فبراير من العام نفسه، افتتحت شركة إمبريال إيرويز خطها الجوي بين كيب تاون والقاهرة، مع توفير مرسى لطائراتها المائية من طراز كلكتا على نهر النيل بالقرب من ريجاف، وفي عام 1934 تم توسيع المطار ونُقل السكان المحليون من الموقع.

نما المطار ببطء. يصف موقع ويكيبيديا مسحًا أُجري عام ١٩٧٦، حيث كان مدرج المطار مُعبّدًا بالإسفلت بطول ٢٤٠٠ متر وعرض ٤٥ مترًا، وكانت الطرق المؤدية إليه شبه مُستحيلة المرور خلال موسم الأمطار، بالإضافة إلى منارة راديو قديمة جدًا، وجهاز راديو VHF ضعيف، وانعدام الإضاءة في المطار. وفي أوائل فبراير ١٩٧٧، وقع المطار ضحية لمحاولة انقلاب فاشلة نفذها مقاتلون سابقون من أنيانيا.

جلب الاستقلال الأموال. في مايو 2011، جرى توسيع مبنى الركاب ومرافق الشحن وإعادة رصف المدرج، وفي يوليو من العام نفسه، تم تشغيل نظام إضاءة جديد يشمل أضواء الاقتراب وأضواء ممرات الطائرات ونظام مؤشر مسار الاقتراب الدقيق (PAPI) ومنارة دوارة. وظل مبنى الركاب سيئ السمعة: فبين عامي 2016 و2019، صُنِّف من بين أسوأ مباني الركاب في العالم، حتى أنه شُيِّد في وقت من الأوقات على شكل خيمتين متجاورتين، إلى أن افتُتِح مبنى ركاب صيني الصنع في 29 أكتوبر 2018. ويبلغ طول المدرج الوحيد، 13/31، الآن 3100 متر.

أنشأ المجلس التشريعي لجنوب السودان قوة جوية على الورق في يونيو 2008، لكن جوبا لم تكن تمتلك طائرات عسكرية حتى نهاية عام 2010. وفي مايو 2010، أعلن اللواء كول ديم كول من الجيش الشعبي لتحرير السودان أن الجيش قد شكل "قوة جوية وبحرية أساسية"، واشترى الجيش الشعبي لتحرير السودان أول دفعة من عشر طائرات هليكوبتر من طراز Mi-17 من قازان في روسيا.

تُشير ويكيبيديا إلى أن الطائرات الثماني الأولى قد سُلّمت بحلول ديسمبر/كانون الأول 2010، ونُقلت جواً إلى مطار جوبا على متن طائرات نقل من طراز أنتونوف أن-124، وأن الطائرتين الأخيرتين وصلتا في يناير/كانون الثاني 2011. وفي 11 يناير/كانون الثاني 2011، خلال أسبوع استفتاء الاستقلال، دشن الرئيس سلفا كير القوات الجوية لجنوب السودان في حفل حضره كبار المسؤولين في حكومة جنوب السودان ودبلوماسيون أجانب. وتُحدد ويكيبيديا مدينة جوبا كمقر قيادة القوات الجوية، والتي تُطلق عليها اسم قاعدة جوبا الجوية.

أكثر وصف علني تفصيلي للجانب العسكري في جوبا جاء من فريق خبراء الأمم المتحدة المعني بجنوب السودان. في تقريره النهائي الصادر في يناير/كانون الثاني 2016، ذكر الفريق أنه لاحظ "في مناسبات عديدة" صيانة طائرات الهليكوبتر الحكومية في جوبا، بحضور ما لا يقل عن عشرة أفراد من ذوي البشرة البيضاء وثلاثة أفراد من ذوي البشرة الأفريقية في إحدى المرات، بتاريخ 26 نوفمبر/تشرين الثاني 2015. وبحلول منتصف ديسمبر/كانون الأول 2015، أفاد الفريق بأن الحكومة كانت تمتلك ثلاث طائرات هليكوبتر هجومية من طراز Mi-24 على الأقل جاهزة للعمل، وكانت تنتظر طائرة أخرى، وأن وزارة الدفاع كانت تسعى للحصول على الدفعة النهائية لأربع طائرات هليكوبتر هجومية إضافية بقيمة إجمالية قدرها 1000 إلى 35.7 مليون دولار أمريكي.

منذ يوليو/تموز 2015، رصدت اللجنة طائرة استطلاع ومراقبة واستخبارات من طراز "دايموند 42" نمساوية الصنع في المطار العسكري بجوبا، والتي توفر، بحسب وصفها، "قدرات متطورة ومتكاملة للاستطلاع الجوي وتحديد الأهداف". كما وجدت اللجنة أن الحكومة تعاقدت مع شركة "نورويجيان ديفيلوبمنت جنرال تريدينج" ومقرها دبي، لبناء حظيرتين للمروحيات بتكلفة إجمالية قدرها 16.4 مليون دولار أمريكي. ووصفت اللجنة المروحيات بأنها أساسية للدفاع عن جوبا ومنشآت النفط في بالويش. ولم تنشر الحكومة بيانًا رسميًا بشأن هذه المشتريات.

في يوليو/تموز 2016، اندلعت اشتباكات في جوبا بين القوات الحكومية وقوات النائب الأول للرئيس رياك مشار. قبل ذلك بأيام، وتحديداً في 7 يوليو/تموز، أعلن المتحدث باسم الجيش الشعبي لتحرير السودان أن طائرتين مقاتلتين ستشاركان في عرض جوي بمناسبة الذكرى الخامسة للاستقلال حتى 9 يوليو/تموز، وطلب من الجمهور "عدم الذعر". ولم يذكر بيانه، كما نقلته إذاعة "آي راديو"، وجهة تحليق الطائرتين.

يروي موقع ويكيبيديا، نقلاً عن الصحفي بيتر مارتيل، تفاصيل المعركة، حيث ذكرت أن طائرات مقاتلة ومروحيات هجومية تابعة للحكومة هاجمت قوات المعارضة في 10 يوليو/تموز، كما أفادت صحيفة جابان تايمز بقصف مروحيات حكومية لمعسكرات المعارضة في جبل. ووقعت انفجارات في منطقة تومبينغ، التي تضم المطار والسفارات وقاعدة للأمم المتحدة، ما أسفر عن مقتل جنديين صينيين من قوات حفظ السلام وإصابة ثمانية آخرين بجروح عندما استُهدفت ناقلة جنود مدرعة كانت تقلهم داخل قاعدة الأمم المتحدة. وفي 15 يوليو/تموز، نقلت طائرتان من طراز سي-17 غلوب ماستر تابعتان لسلاح الجو الهندي 143 شخصاً في إطار عملية سانكات موشان. وتعتمد أرقام الخسائر وتفاصيل الهجمات الجوية على ما ورد في تلك المصادر؛ ولم تنشر الحكومة روايتها الخاصة عن العمليات الجوية في جوبا.