A história da aviação em Juba começa na era colonial. De acordo com a Wikipédia em inglês, o primeiro aeródromo foi construído em 1929 e, em 1931, a Shell construiu uma pista de laterita triturada. Em fevereiro de 1931, a Imperial Airways inaugurou sua rota entre a Cidade do Cabo e o Cairo, com um ancoradouro para seus hidroaviões Calcutta no Nilo, perto de Rejaf, e, em 1934, o aeródromo foi ampliado e os moradores locais foram realocados.

O campo cresceu lentamente. O relato da Wikipédia sobre um levantamento de 1976 descreve uma pista de asfalto de 2.400 por 45 metros, estradas de acesso quase intransitáveis na estação chuvosa, um farol de rádio muito antigo, rádio VHF fraco e nenhuma iluminação na pista. No início de fevereiro de 1977, o aeroporto foi alvo de uma tentativa de golpe fracassada por ex-combatentes do Anyanya.

A independência trouxe dinheiro. Em maio de 2011, o terminal, as instalações de carga e o recapeamento da pista estavam sendo ampliados, e em julho de 2011, um novo sistema de iluminação com luzes de aproximação, luzes de taxiamento, PAPI e um farol rotativo foi inaugurado. O terminal continuou com má reputação: entre 2016 e 2019, foi classificado entre os piores do mundo, chegando a ocupar duas tendas adjacentes, até que um terminal construído por chineses foi inaugurado em 29 de outubro de 2018. A pista única, 13/31, agora tem 3.100 metros de comprimento.

A Assembleia Legislativa do Sudão do Sul criou uma força aérea no papel em junho de 2008, mas Juba não possuía aeronaves militares até o final de 2010. Em maio de 2010, o major-general Kuol Dim Kuol, do SPLA, anunciou que o exército havia formado "um núcleo de força aérea e marinha", e o SPLA comprou seu primeiro lote de dez helicópteros Mi-17 de Kazan, na Rússia.

A Wikipédia registra que os oito primeiros aviões foram entregues até dezembro de 2010, transportados para o Aeroporto de Juba em aeronaves Antonov An-124, e que os dois últimos chegaram em janeiro de 2011. Em 11 de janeiro de 2011, na semana do referendo de independência, o presidente Salva Kiir lançou a Força Aérea do Sudão do Sul em uma cerimônia que contou com a presença de altos funcionários do governo do Sudão do Sul e diplomatas estrangeiros. A Wikipédia indica Juba como a localização do quartel-general da força aérea, que denomina Base Aérea de Juba.

A descrição pública mais detalhada do lado militar de Juba provém do Painel de Peritos das Nações Unidas sobre o Sudão do Sul. No seu relatório final de janeiro de 2016, o Painel afirmou ter observado "em múltiplas ocasiões" a manutenção dos helicópteros do governo em Juba, com pelo menos dez indivíduos caucasianos e três africanos presentes numa dessas ocasiões, a 26 de novembro de 2015. Em meados de dezembro de 2015, o Painel informou que o governo possuía pelo menos três helicópteros de ataque Mi-24 operacionais e aguardava a chegada de mais um, e que o Ministério da Defesa procurava o pagamento final de quatro helicópteros de ataque adicionais, num total de US$ 1.400.000 (cerca de US$ 35,7 milhões).

A partir de julho de 2015, o Painel observou uma aeronave de inteligência, vigilância e reconhecimento Diamond 42, de fabricação austríaca, no aeroporto militar de Juba, que, segundo o painel, fornecia "capacidades avançadas e integradas de reconhecimento aéreo e de localização de alvos". O painel também constatou que o governo havia contratado a Norwegian Development General Trading, com sede em Dubai, para construir dois hangares para helicópteros por um total de US$ 1.400.000. O painel descreveu os helicópteros como essenciais para a defesa de Juba e das instalações petrolíferas em Paloich. O governo não divulgou seu próprio relato dessas compras.

Em julho de 2016, confrontos aéreos eclodiram em Juba entre as forças governamentais e as do primeiro vice-presidente, Riek Machar. Dias antes, em 7 de julho, o porta-voz do SPLA havia anunciado que dois caças fariam uma demonstração aérea no quinto Dia da Independência, que se estenderia até 9 de julho, e pediu ao público que "não entrasse em pânico"; sua declaração, conforme noticiado pela Eye Radio, não especificou o local do voo.

O relato da Wikipédia sobre a batalha, citando o jornalista Peter Martell, afirma que caças e helicópteros de ataque do governo atacaram as forças da oposição em 10 de julho, e o Japan Times noticiou que acampamentos da oposição em Jebel foram bombardeados por helicópteros do governo. Explosões atingiram Tomping, a área que abriga o aeroporto, embaixadas e uma base da ONU, e dois soldados de paz chineses foram mortos e oito ficaram feridos quando seu veículo blindado de transporte de pessoal foi atingido dentro da base da ONU. Em 15 de julho, dois aviões C-17 Globemaster da Força Aérea Indiana transportaram 143 pessoas para fora da região na Operação Sankat Mochan. Os números de baixas e a condução dos ataques aéreos são conforme relatado por essas fontes; o governo não publicou seu próprio relato das operações aéreas em Juba.