Военно-морской флот вернулся к вертолетам в 1975 году, когда четыре вертолета Aérospatiale Alouette III сформировали вертолетную эскадрилью ВМФ на Эллинико, старом аэропорту Афин, согласно собственной истории флота. В период с 1979 по 1982 год компания Agusta поставила 11 вертолетов AB 212ASW и два AB 212EW, первые, способные охотиться на подводные лодки с греческих военных кораблей, а в 1980 году на военно-морской базе Амфиали в Скараманге было создано вертолетное командование ВМФ.

В 1986 году командование переехало в военно-морскую крепость Котрони, к северо-западу от Марафона, и для управления аэродромом была создана вертолетная база ВМС Греции. В обязанности базы, согласно военно-морскому ведомству, входят управление воздушным движением, обеспечение безопасности и обороны, техническое обслуживание инфраструктуры, пожарная безопасность, военная полиция и логистика; полеты осуществляются эскадрильями. Амфиали сохранился как вертолетная площадка ВМС в списке подчиненных объектов Командования авиации.

В 1997 году военно-морской флот сформировал две вертолетные эскадрильи. 1-я эскадрилья получила вертолеты AB 212, версию для радиоэлектронной борьбы до 2004 года и Alouette III до 2013 года; ее эмблема с морским коньком и подводной лодкой отражает ее противолодочную задачу, и, по данным флота, налета этих вертолетов более 70 000 часов. 2-я эскадрилья, сформированная 17 ноября 1997 года, получила S-70B-6 Aegean Hawk, модификацию Seahawk, заказанную у Sikorsky 20 декабря 1991 года. Первый вертолет, HN 51, совершил свой первый полет 22 марта 1994 года и был поставлен заказчику 18 марта 1995 года; к 2005 году на вооружении находилось одиннадцать таких вертолетов.

Третье поколение — это MH-60R. Греция заказала четыре вертолета в июле 2020 года и три в апреле 2021 года, а первые три поступили на вооружение 20 марта 2024 года, базируясь в Котрони, согласно Greek City Times. Военно-морской флот указывает в качестве вооружения ракеты Hellfire, ракеты APKWS, торпеды Mk 46 и 7,62-мм пулемет, а также погружной гидролокатор и гидроакустические буи для поиска подводных лодок. Ожидалось поставка еще четырех вертолетов к 2026 году; их прибытие на эту страницу не было подтверждено. Английская Википедия указывает, что обе вертолетные эскадрильи базируются в Элефсисе, но на страницах военно-морского флота и в прессе вертолеты и их командование находятся в Котрони.

Вертолёты военно-морского флота базируются на фрегатах, и их самая известная миссия закончилась гибелью. Во время кризиса на острове Имия, рано утром 31 января 1996 года, вертолёт AB 212 с фрегата «Наварино» совершил ночной разведывательный полёт над островами, которые Греция считает греческими, а Турция, называющая их Кардак, оспаривает. Вертолёт разбился, в результате чего погибли лейтенант-командир Христодулос Каратанасис, лейтенант Панайотис Влахакос и старший унтер-офицер Гектор Гиалопсос. В Википедии высказываются предположения о том, что причиной стал турецкий обстрел; официального подтверждения от правительств обеих стран не найдено.

Двадцать лет спустя военно-морской флот потерял еще один вертолет: Militaire.gr сообщает о гибели PN-28 11 февраля 2016 года, в результате которой погибли три человека, хотя обстоятельства не были подтверждены официальным источником. В 30-ю годовщину трагедии в Имии, в январе 2026 года, премьер-министр Кириакос Мицотакис отдал дань уважения трем летчикам 1996 года.

Поисково-спасательные операции составляют значительную часть работы вертолетной эскадрильи Котрони. 2-я вертолетная эскадрилья в первую очередь занимается противокорабельной и противолодочной борьбой, а также поисково-спасательными работами, медицинской эвакуацией, вертикальным пополнением запасов и специальными операциями. С 2014 года она налетала более 3000 часов и спасла более 450 человек. В числе ее достижений – спасение с горящего парома «Норман Атлантик» и оказание помощи пострадавшим от наводнения в Фессалии после шторма «Дэниел» в сентябре 2023 года.

Вертолёт MH-60R меняет возможности базы в море. Военно-морской флот предоставляет ему экипаж из двух пилотов и оператора систем, два двигателя T700-GE-401C и максимальную взлетную массу 10 700 кг, а также оснащает его радаром, погружным гидролокатором, пусковой установкой гидроакустических буев, электрооптической турелью, каналами передачи данных и системой самозащиты. Его вооружение включает ракеты Hellfire, управляемые лазером ракеты APKWS, торпеды Mk 46 и 7,62-мм пулемет. К нему присоединяются зенитные ракетные комплексы С-70Б Aegean Hawk, несущие противокорабельные ракеты Penguin, а на эмблеме эскадрильи ВМФ изображен силуэт этой ракеты.