Мафрак расположен на старом маршруте на север из Аммана в Сирию, и именно поэтому британцы хотели его заполучить. Английская Википедия, опираясь на стандартный справочник CG Jefford's RAF Squadrons, сообщает, что в 1920-х годах Королевские ВВС хранили там бронемашины, и что 14-я эскадрилья в период с февраля 1920 по июнь 1924 года базировалась на истребителях Bristol F.2 на этом аэродроме в составе отряда. В Трансиордании, как и в Ираке, Королевские ВВС были основным инструментом британского контроля, а воздушная мощь была дешевле, чем гарнизоны.

Аэродром развивался в эпоху реактивной авиации. В 1951 году он был перестроен с новыми зданиями и бетонной взлетно-посадочной полосой; в апреле того же года 249-я эскадрилья привезла сюда свои самолеты Vampire FB.5. Отряд 6-й эскадрильи летал здесь на Venom с октября 1954 года по сентябрь 1955 года, а самолеты Venom FB.1 32-й эскадрильи находились в Мафраке с октября 1956 года по январь 1957 года, в месяцы Суэцкого кризиса. Затем политика Иордании взяла верх над Королевскими ВВС. Король Хусейн отправил в отставку Глубба-пашу 1 марта 1956 года, а 31 мая 1957 года база ВВС Мафрак была эвакуирована и передана иорданскому правительству.

В июне 1959 года база была переименована в авиабазу имени короля Хусейна в честь короля, который сам был пилотом. Летная подготовка началась в 1960 году с 4-й эскадрильи на самолетах Chipmunk, а в английской Википедии упоминаются эскадрильи Hunter и Vampire, базировавшиеся здесь в первые годы. Мафрак был местом дислокации иорданских истребителей, и именно здесь впервые ощущалось противостояние с Израилем.

13 ноября 1966 года Израиль направил крупные наземные силы с танками в деревню Саму на Западном берегу, которая тогда находилась под контролем Иордании. В описании рейда в английской Википедии говорится, что восемь иорданских истребителей Hunter были подняты в воздух над Мафраком и встретили четыре израильских Mirage III; один Hunter был сбит, а его пилот погиб, в то время как израильский самолет получил повреждения и был вынужден совершить посадку. Пилотом был лейтенант Муваффак Салти, чье имя позже ВВС дали своей новой базе в Азраке. 25 ноября Совет Безопасности ООН осудил Израиль за этот рейд в резолюции 228.

Семь месяцев спустя база стала целью. 5 июня 1967 года, после того как иорданские истребители Hunter нанесли удар по Нетании, израильские ВВС атаковали иорданские авиабазы в два этапа: первый разрушил взлетно-посадочные полосы и вывел из строя диспетчерские вышки, второй, по израильским данным, уничтожил все 21 иорданский истребитель Hunter, шесть транспортных самолетов и два вертолета. В статье английской Википедии о базе говорится, что один из ангаров Мафрака, несколько самолетов и взлетно-посадочная полоса были уничтожены. Эти данные предоставлены Израилем; иорданских данных только по Мафраку не найдено.

После 1967 года, оставшись без самолетов, военно-воздушные силы восстанавливались медленно, и Мафрак стал их школой. Согласно английской Википедии, полноценная подготовка пилотов в Иордании началась на базе в 1974 году, а первый курс завершился в 1975 году; до этого иорданские пилоты в основном обучались за границей. В 1978 году база получила название Военно-воздушный колледж имени короля Хусейна. В 1979 году была открыта штабная школа, а в 1990 году был создан, а затем расформирован Командно-штабной колледж ВВС.

Самым известным выпускником колледжа является Муат аль-Касасбех. Английская Википедия утверждает, что он окончил Военно-воздушный колледж имени короля Хусейна в 2009 году, прошел квалификацию на F-16 и к 2012 году уже летал с авиабазы Муваффак Салти; он был захвачен в плен, когда его самолет упал недалеко от Ракки 24 декабря 2014 года, и был убит боевиками Исламского государства. Колледж изменился вместе с военно-воздушными силами: первый выпуск женщин-курсанток состоялся в 2020 году, а в ноябре 2022 года, как сообщило издание Breaking Defense, военно-воздушные силы подписали соглашение о поставке десяти учебных вертолетов Bell 505 для колледжа, чтобы заменить имеющиеся вертолеты Robinson R44 и поддержать трехлетнюю программу по авиационной науке, навигации и управлению воздушным движением.

Информация о том, что сегодня летает в Мафраке, не опубликована военно-воздушными силами в таком виде, чтобы ее можно было проверить для этой страницы. В статье Википедии о ВВС Йоханнесбурга, ссылающейся на веб-сайт ВВС, указывается, что здесь находятся учебные эскадрильи и Школа летных инструкторов, и очевидными кандидатами являются учебные самолеты Pilatus PC-21 и Grob G 120TP; их база здесь не подтверждена.