Juba'nın havacılık tarihi sömürge dönemine kadar uzanır. İngilizce Wikipedia'ya göre, ilk havaalanı 1929'da açılmış ve 1931'de Shell Şirketi ezilmiş lateritten bir pist inşa etmiştir. Şubat 1931'de Imperial Airways, Rejaf yakınlarındaki Nil üzerinde Calcutta deniz uçakları için bir yanaşma yeriyle Cape-Kahire rotasını açmış ve 1934'te havaalanı genişletilerek yerel halk bölgeden taşınmıştır.

Havaalanı yavaş yavaş gelişti. Wikipedia'nın 1976 tarihli bir araştırmaya ilişkin açıklamasına göre, 2400 x 45 metrelik asfalt bir pist, yağmurlu mevsimde neredeyse geçilmez hale gelen erişim yolları, çok eski bir radyo feneri, zayıf bir VHF radyosu ve hiç saha aydınlatması yoktu. Şubat 1977'nin başlarında havaalanı, eski Anyanya savaşçıları tarafından düzenlenen başarısız bir darbe girişiminin hedefi oldu.

Bağımsızlık beraberinde para getirdi. Mayıs 2011'de terminal, kargo tesisleri ve pist yenileme çalışmaları genişletildi ve Temmuz 2011'de yaklaşma ışıkları, taksi yolu ışıkları, PAPI ve döner işaret feneri içeren yeni bir aydınlatma sistemi devreye alındı. Terminal kötü şöhretini korudu: 2016 ile 2019 yılları arasında dünyanın en kötü terminalleri arasında yer aldı, bir ara iki bitişik çadırdan oluşuyordu, ta ki 29 Ekim 2018'de Çin yapımı bir terminal açılana kadar. Tek pist olan 13/31 numaralı pistin uzunluğu şimdi 3.100 metredir.

Güney Sudan Yasama Meclisi Haziran 2008'de kağıt üzerinde bir hava kuvveti kurdu, ancak Juba'nın 2010 yılının sonuna kadar askeri uçağı yoktu. Mayıs 2010'da SPLA'dan Tümgeneral Kuol Dim Kuol, ordunun "çekirdek bir hava kuvveti ve deniz kuvveti" oluşturduğunu duyurdu ve SPLA, Rusya'nın Kazan kentinden ilk on adet Mi-17 helikopterini satın aldı.

Wikipedia'ya göre, ilk sekiz uçak Aralık 2010'da Antonov An-124 nakliye uçaklarıyla Juba Havaalanı'na teslim edilmiş ve son iki uçak da Ocak 2011'de gelmiştir. 11 Ocak 2011'de, bağımsızlık referandumunun yapıldığı hafta, Başkan Salva Kiir, Güney Sudan Hükümeti'nin üst düzey yetkilileri ve yabancı diplomatların katıldığı bir törenle Güney Sudan Hava Kuvvetleri'ni kurmuştur. Wikipedia, hava kuvvetlerinin karargahının Juba'da olduğunu ve Juba Hava Üssü olarak adlandırıldığını belirtmektedir.

Juba'nın askeri yönüne dair en ayrıntılı kamuoyu açıklaması, BM Güney Sudan Uzmanlar Paneli'nden geliyor. Panel, Ocak 2016 tarihli nihai raporunda, Juba'da hükümete ait helikopterlerin bakımının "birden fazla kez" yapıldığını ve 26 Kasım 2015'te en az on beyaz ve üç Afrikalı kişinin orada bulunduğunu gözlemlediğini belirtti. Panel, Aralık 2015 ortası itibarıyla hükümetin en az üç faal Mi-24 saldırı helikopterine sahip olduğunu ve bir diğerini beklediğini, savunma bakanlığının ise toplam 35,7 milyon ABD doları tutarında dört ek saldırı helikopteri için nihai ödemeyi talep ettiğini bildirdi.

Panel, Temmuz 2015'ten itibaren Juba'daki askeri havaalanında Avusturya yapımı Diamond 42 istihbarat, gözetleme ve keşif uçağını gözlemledi ve kendi ifadesiyle "gelişmiş entegre hava keşif ve hedefleme yetenekleri" sağladığını belirtti. Ayrıca, hükümetin Dubai merkezli Norveçli Development General Trading şirketine toplam 16,4 milyon ABD doları karşılığında iki helikopter hangarı inşa ettirdiğini tespit etti. Panel, helikopterlerin Juba ve Paloich'teki petrol tesislerinin savunması için hayati önem taşıdığını belirtti. Hükümet bu satın alımlarla ilgili kendi açıklamasını yayınlamadı.

Temmuz 2016'da Juba'da hükümet güçleri ile Birinci Başkan Yardımcısı Riek Machar'ın güçleri arasında çatışmalar çıktı. Bundan birkaç gün önce, 7 Temmuz'da, SPLA sözcüsü, 9 Temmuz'a kadar sürecek olan beşinci Bağımsızlık Günü kutlamaları kapsamında iki savaş uçağının hava gösterisi yapacağını duyurmuş ve halktan "paniğe kapılmamalarını" istemişti; Eye Radio'nun bildirdiğine göre, açıklamasında uçakların nereye uçacağı belirtilmemişti.

Vikipedi'nin gazeteci Peter Martell'e atıfta bulunarak savaşa dair anlatımına göre, 10 Temmuz'da hükümet savaş uçakları ve saldırı helikopterleri muhalif güçlere saldırdı ve Japan Times, Jebel'deki muhalif kampların hükümet helikopterleri tarafından bombalandığını bildirdi. Patlamalar, havaalanı, elçilikler ve bir BM üssünün bulunduğu Tomping bölgesini vurdu ve BM üssünün içinde zırhlı personel taşıyıcılarının vurulması sonucu iki Çinli barış gücü askeri öldü ve sekizi yaralandı. 15 Temmuz'da iki Hint Hava Kuvvetleri C-17 Globemaster uçağı, Sankat Mochan Operasyonu kapsamında 143 kişiyi tahliye etti. Kayıp rakamları ve hava saldırılarının yürütülme şekli, bu kaynakların bildirdiği gibidir; hükümet Juba'daki hava operasyonlarına ilişkin kendi açıklamasını yayınlamadı.