تُؤرّخ القوات الدفاعية الإستونية تاريخ إنشاء المطار إلى عامي 1940-1941، عندما أنشأ الاتحاد السوفيتي، الذي كان يحتل إستونيا، قاعدة عسكرية في الموقع. بعد الحرب العالمية الثانية، استُخدم المطار كمطار احتياطي، وفي عام 1952 أصبح مطارًا رئيسيًا. وتذكر ويكيبيديا الإنجليزية، استنادًا إلى مصادر روسية، أنه تم إنشاء قاعدة احتياطية بحرية هنا عام 1945 لطائرات كاتالينا البرمائية ومقاتلات ياك-9 بي المرافقة التابعة لفوج استطلاع بعيد المدى.

منذ أواخر الستينيات، كانت أماري قاعدة هجومية على خط المواجهة. تشير ويكيبيديا إلى وجود فوج الطيران المقاتل القاذف 88 من نوفمبر 1967 إلى أغسطس 1984، حيث كان يُشغّل طائرات ميغ-17، ثم ميغ-21PFM، وأخيرًا ميغ-27، قبل انتقاله إلى كاناتوفو في أوكرانيا. كما تذكر ويكيبيديا وجود فوج 321 الذي كان يُشغّل طائرات سو-7B، ثم تحوّل إلى طائرات سو-24 في عام 1987، بالإضافة إلى فوج طائرات حربية بحرية كان يُشغّل طائرات سو-24. وتؤكد القوات المسلحة المعلومات الأساسية: فقد انطلقت من هنا طائرات الهجوم والنقل البحرية من طراز سو-24 في السبعينيات والثمانينيات. أما أرقام الأفواج فهي من ويكيبيديا ولم يتم التحقق منها من مصدر رسمي.

كانت القاعدة تحت إدارة روسيا حتى تسعينيات القرن الماضي. وتقول قوات الدفاع إن إستونيا استولت على المطار عام 1994 وألحقته بوزارة الدفاع عام 1996؛ بينما تشير ويكيبيديا إلى أن القوات الجوية الروسية أدارته حتى عام 1996. على أي حال، ما ورثته إستونيا هو مدرج كبير وكمية كبيرة من الخرسانة المتداعية، وليس قوة جوية.

أُنشئت القاعدة الجوية رسميًا كوحدة تابعة لسلاح الجو الإستوني في 15 مايو 1997. وكان أسطولها الأول متواضعًا: إذ أدرجت قوات الدفاع طائرتين من طراز An-2، وثلاث مروحيات من طراز Mi-2، وطائرة Wilga 35A واحدة، وخمس طائرات شراعية في قاعدة أماري في ذلك العام. وتولى سرب من الشرطة العسكرية حراسة القاعدة حتى عام 2004؛ أما اليوم، فيعمل فيها أفراد عسكريون ومدنيون.

كان الاستثمار الأهم على أرض الواقع. فقد شُكِّل جناح المراقبة الجوية هنا في 1 يناير 1998، وتطور مركز عمليات السيادة الجوية في عام 2000 ليصبح مركزًا للمراقبة الجوية على مدار الساعة بحلول عام 2001، واكتسب قدرة على التحكم في الطائرات المقاتلة بحلول عام 2006، وحلت رادارات جديدة محل طائرات P-37 السوفيتية: رادار TPS-77 في كيلافير عام 2003، ورادار ASR-8 في أماري عام 2004، ورادارات Ground Master 403 في عامي 2013 و2015. ووصلت مروحيات روبنسون R44 في عام 2002، واستأجرت طائرات L-39 النفاثة منذ عام 2006.

من عام 2008 إلى عام 2012، أعيد بناء قاعدة أماري من طرف إلى طرف، مع افتتاح مدرج جديد في خريف عام 2010. لم يكن الهدف هو الطائرات الإستونية، التي لن تحتاج أبدًا إلى مدرج بطول 2750 مترًا، ولكن الطائرات الحليفة: فقد تم تجهيز القاعدة كمطار تابع لحلف الناتو في حالة اضطرار التعزيزات إلى الوصول جوًا.

انضمت إستونيا إلى حلف شمال الأطلسي (الناتو) في 29 مارس/آذار 2004، ومنذ ذلك الحين، تتولى طائرات الحلفاء مراقبة سماء بحر البلطيق انطلاقاً من قاعدة شياولياي في ليتوانيا. وبعد ضم روسيا لشبه جزيرة القرم عام 2014، عزز الناتو مهمته. وفي 30 أبريل/نيسان 2014، هبطت أربع طائرات من طراز إف-16 تابعة لسلاح الجو الملكي الدنماركي في أماري في مهمة دورية استمرت أربعة أشهر، وأفاد موقع "إستونيا وورلد" بافتتاح ثاني قاعدة جوية للناتو في بحر البلطيق بعد يومين. ومنذ 1 مايو/أيار 2014، تتمركز في هذه القاعدة وحدة استجابة سريعة تابعة للناتو.

يُشبه جدول تناوب القوات المسلحة قائمة بأسماء دول التحالف. فقد انضمت طائرات تايفون الألمانية إلى أسطول الدنمارك في أغسطس 2014، تلتها إسبانيا والمملكة المتحدة وبلجيكا وإيطاليا وفرنسا وجمهورية التشيك وبولندا وهولندا والبرتغال على مدى العقد التالي، ثم تركيا في عام 2026. وحصلت إيطاليا على طائرات إف-35 إيه في مايو 2021، وهولندا في ديسمبر 2024. ويضم الجدول اثنتي عشرة قوة جوية في المجمل.

تستغرق معظم عمليات التناوب حوالي أربعة أشهر، وتشارك فيها من أربع إلى ثماني طائرات مقاتلة مع أطقمها الأرضية. وتتمثل مهمة إستونيا في استضافة القاعدة: حيث توفر أسرابها المدرج والوقود والسكن والأمن، بينما يتولى جناح المراقبة الجوية مراقبة الطائرات في الجو. ويُشكل هذا التقسيم للعمل جوهر نظرية الدفاع الجوي لسلاح الجو الإستوني.

لقد ساهم الحلفاء في تمويل جزء كبير من القاعدة التي يستخدمونها. وذكرت منظمة ERR في ديسمبر 2017 أن الولايات المتحدة استثمرت بالفعل أكثر من $32 مليون دولار في قاعدة أماري بموجب مبادرة الردع الأوروبية، التي أُطلقت في يونيو 2014، وأن قانون تفويض الدفاع الوطني لعام 2018، الذي وُقّع في 12 ديسمبر 2017، أضاف $13.9 مليون دولار لتوسيع ساحة وقوف الطائرات المقاتلة ومرافق الوقود.

بحلول عام 2024، كان مدرج المطار الذي تم إنشاؤه عام 2010 بحاجة إلى إعادة تأهيل. تعاقد المركز الإستوني للاستثمارات الدفاعية على تجديد المدرج وممرات الطائرات وساحة وقوف الطائرات والعلامات والإضاءة بتكلفة 18.5 مليون يورو، وفي يناير 2024، وقّعت وزيرة الدفاع اللوكسمبورغية، يوريكو باكيس، اتفاقية لدفع 12 مليون يورو من التكلفة. أُغلق مطار أماري أمام الطائرات المقاتلة اعتبارًا من مارس 2024؛ وانتقلت وحدة تابعة لحلف الناتو إلى لييلفاردي في لاتفيا، حيث كانت طائرات يوروفايتر الألمانية أولى طائرات الناتو التي تُسيّر المهمة من هناك، بينما انتقلت طائرات إستونيا إلى بارنو. اقتصر استخدام أماري على طائرات الهليكوبتر التابعة للحلفاء، وعمل مركز تحكم وإبلاغ ألماني متنقل من القاعدة من مارس إلى يونيو.

أُعيد افتتاح المدرج في 8 نوفمبر 2024، مع إنشاء مطعم جديد وثكنات عسكرية. صرّح قائد القاعدة، المقدم مانوس نيغول، بأن الهدف هو ضمان حرمة المجال الجوي الإستوني ومجال حلف شمال الأطلسي. وصلت طائرات إف-35 الهولندية في 1 ديسمبر 2024 كأول دفعة عائدة.

تغير الوضع في عام 2025. ففي مارس، أطلقت طائرات إف-35 هولندية من قاعدة أماري صواريخ إيه آي إم-9 على طائرات مسيرة مستهدفة قبالة روتيا، وأبلغت عن عشر طلعات استطلاعية ضد طائرات روسية. وفي صباح 19 سبتمبر 2025، دخلت ثلاث طائرات ميغ-31 روسية المجال الجوي الإستوني بالقرب من جزيرة فايندلو، ومكثت هناك حوالي 12 دقيقة، دون خطط طيران، وأجهزة إرسال واستقبال معطلة، ودون أي اتصال لاسلكي، وفقًا لما ذكرته القوات المسلحة. انطلقت طائرات إف-35 إيطالية من قاعدة أماري وقامت بمرافقتها للخروج؛ وذكرت صحيفة إستونيا وورلد أن طائرات غريبن سويدية لاحقتها فوق بحر البلطيق. وكان هذا رابع انتهاك روسي خلال ذلك العام.

طلبت إستونيا إجراء مشاورات بموجب المادة الرابعة من حلف الناتو، واستدعت القائم بالأعمال الروسي. وكان موقف روسيا، كما لخصته ويكيبيديا نقلاً عن تقرير لوكالة رويترز، أن الطائرات حلّقت في مجال جوي محايد ولم تنتهك أي شيء. وأشار النائب الإستوني إيريك-نيليس كروس إلى أن مناطق المراقبة الجوية قرب فايندلو لا تتطابق تماماً مع حدود الدولة، وجادل بأن على إستونيا استئجار طائرات مقاتلة خاصة بها.

في نوفمبر 2025، أطلقت القوات الجوية عمليةً لنشر وحدات المراقبة الجوية والدفاع الجوي بعيدًا عن قواعدها لمواجهة الطائرات المسيّرة، بمشاركة طائرات تايفون إيطالية في الجو وبطارية صواريخ أرض-جو إيطالية من طراز SAMP/T. وصلت أول وحدة إطلاق صواريخ IRIS-T SLM إلى قاعدة أماري في 22 يونيو 2026. وفي 31 يوليو 2026، سلّمت البرتغال طائراتها من طراز F-16 إلى السرب 181 التركي، في أول عملية تناوب تركية من قاعدة أماري، وفي اليوم التالي أعاد حلف الناتو تسمية المهمة إلى "الدفاع الجوي عن البلطيق"، منهيًا بذلك أكثر من 22 عامًا من مهام الحراسة الجوية اسمًا وفعلًا.