As Forças de Defesa da Estônia datam o aeródromo de 1940-1941, quando a União Soviética, ocupando a Estônia, instalou um campo militar no local. Após a Segunda Guerra Mundial, serviu como aeródromo de reserva e, em 1952, tornou-se um aeródromo principal. A Wikipédia em inglês, baseando-se em fontes russas, afirma que um campo de reserva naval foi instalado ali em 1945 para hidroaviões anfíbios Catalina e caças de escolta Yak-9P de um regimento de reconhecimento de longo alcance.

Desde o final da década de 1960, Ämari era uma base de ataque na linha de frente. A Wikipédia lista o 88º Regimento de Aviação de Caça-Bombardeiro de novembro de 1967 a agosto de 1984, operando MiG-17, depois MiG-21PFM e finalmente MiG-27, antes de ser transferido para Kanatovo, na Ucrânia; também menciona um 321º regimento que operava o Su-7B e foi convertido para o Su-24 em 1987, e um regimento naval de caças Su-24. As Forças de Defesa confirmam o essencial: aeronaves de ataque e transporte Su-24 da Marinha operaram a partir daqui nas décadas de 1970 e 1980. Os números dos regimentos são da Wikipédia e não foram verificados em uma fonte oficial.

A base foi administrada pela Rússia até a década de 1990. As Forças de Defesa afirmam que a Estônia assumiu o controle do aeródromo em 1994 e o colocou sob a administração do Ministério da Defesa em 1996; a Wikipédia diz que a Força Aérea Russa o administrou até 1996. De qualquer forma, o que a Estônia herdou foi uma grande pista de pouso e muito concreto deteriorado, não uma força aérea.

A Base Aérea foi formalmente criada como uma unidade da Força Aérea Estoniana em 15 de maio de 1997. Sua primeira frota era modesta: as Forças de Defesa listavam dois biplanos An-2, três helicópteros Mi-2, um Wilga 35A e cinco planadores em Ämari naquele ano. Um esquadrão da Polícia Militar guardou a base até 2004; hoje, ela é composta por militares da ativa e civis.

O investimento mais importante foi em terra. A Ala de Vigilância Aérea foi formada aqui em 1º de janeiro de 1998, um centro de operações de soberania aérea em 2000 se transformou em um sistema de monitoramento aéreo ininterrupto em 2001 e adquiriu capacidade de controle de caças em 2006, e novos radares substituíram os P-37 soviéticos: um TPS-77 em Kellavere em 2003, um ASR-8 em Ämari em 2004 e Ground Master 403 em 2013 e 2015. Helicópteros Robinson R44 chegaram em 2002 e jatos L-39 arrendados a partir de 2006.

De 2008 a 2012, Ämari foi reconstruída de ponta a ponta, com uma nova pista inaugurada no outono de 2010. O objetivo não era acomodar aeronaves estonianas, que jamais precisariam de uma pista de 2.750 m, mas sim aeronaves aliadas: a base estava sendo preparada como um aeródromo da OTAN para o caso de reforços aéreos precisarem ser enviados.

A Estônia aderiu à OTAN em 29 de março de 2004, e caças aliados patrulhavam os céus do Báltico a partir de Šiauliai, na Lituânia, desde então. Após a anexação da Crimeia pela Rússia em 2014, a OTAN reforçou a missão. Em 30 de abril de 2014, quatro caças F-16 da Força Aérea Real Dinamarquesa pousaram em Ämari para uma patrulha de quatro meses, e o Estonian World noticiou a inauguração da segunda base aérea da OTAN no Báltico dois dias depois. Desde 1º de maio de 2014, um destacamento de alerta de reação rápida da OTAN está baseado ali.

A tabela de rotações das Forças de Defesa parece uma lista de membros da aliança. Os Typhoons alemães seguiram os dinamarqueses em agosto de 2014; Espanha, Reino Unido, Bélgica, Itália, França, República Tcheca, Polônia, Holanda e Portugal os receberam na década seguinte, e a Turquia chegou em 2026. A Itália recebeu os F-35A em maio de 2021 e a Holanda, em dezembro de 2024. A tabela lista doze forças aéreas no total.

A maioria das rotações dura cerca de quatro meses e traz de quatro a oito caças com suas equipes de solo. A tarefa da Estônia é hospedar a base: os esquadrões da base fornecem a pista, o combustível, o alojamento e a segurança, e a Ala de Vigilância Aérea controla os jatos no ar. Essa divisão de trabalho constitui toda a teoria de defesa aérea da Força Aérea da Estônia.

Os aliados financiaram grande parte da base que utilizam. A ERR informou em dezembro de 2017 que os Estados Unidos já haviam investido mais de £ 1.432 milhões em Ämari no âmbito da Iniciativa Europeia de Dissuasão, lançada em junho de 2014, e que a Lei de Autorização de Defesa Nacional de 2018, assinada em 12 de dezembro de 2017, adicionou £ 1.439 milhões para expandir o pátio de aeronaves de combate e as instalações de abastecimento de combustível.

Em 2024, a pista construída em 2010 precisava de recapeamento. O Centro Estoniano de Investimentos em Defesa contratou uma reforma de € 18,5 milhões para a pista, vias de circulação, pátio de manobras, sinalização e iluminação, e em janeiro de 2024 a ministra da Defesa de Luxemburgo, Yuriko Backes, assinou um acordo para pagar € 12 milhões desse valor. Ämari foi fechada para caças a partir de março de 2024; o destacamento da OTAN foi transferido para Lielvārde, na Letônia, sendo os Eurofighters alemães os primeiros jatos da OTAN a operar a missão a partir dali, enquanto as aeronaves da própria Estônia foram transferidas para Pärnu. Apenas helicópteros aliados utilizaram Ämari, e um centro de controle e reporte implantável alemão operou a partir da base de março a junho.

A pista foi reaberta em 8 de novembro de 2024, com um novo refeitório e alojamentos em construção. O comandante da base, Tenente-Coronel Maanus Nigul, afirmou que o objetivo era garantir a inviolabilidade do espaço aéreo estoniano e da OTAN. Os caças F-35 holandeses chegaram em 1º de dezembro de 2024, na primeira leva de retorno.

O ritmo mudou em 2025. Em março, caças F-35 holandeses baseados em Ämari dispararam mísseis AIM-9 contra drones alvos perto de Rutja e relataram 10 voos de identificação contra aeronaves russas. Na manhã de 19 de setembro de 2025, três MiG-31 russos entraram no espaço aéreo estoniano perto da ilha de Vaindloo e permaneceram por cerca de 12 minutos, sem planos de voo, com os transponders desligados e sem contato via rádio, segundo as Forças de Defesa. Caças F-35 italianos baseados em Ämari decolaram e os escoltaram para fora do espaço aéreo; o Estonian World relata que caças Gripen suecos os seguiram sobre o Mar Báltico. Foi a quarta violação russa do ano.

A Estônia solicitou consultas ao abrigo do Artigo 4 da OTAN e convocou o encarregado de negócios da Rússia. A posição da Rússia, conforme resume a Wikipédia com base em uma reportagem da Reuters, era de que os caças haviam sobrevoado espaço aéreo neutro e não violado nenhum acordo. O deputado estoniano Eerik-Niiles Kross observou que as zonas de controle aéreo próximas a Vaindloo não seguem exatamente a fronteira estatal e argumentou que a Estônia deveria alugar seus próprios caças.

Em novembro de 2025, a Força Aérea lançou uma operação para dispersar as unidades de vigilância aérea e defesa aérea de suas bases contra drones, com caças Typhoon italianos no ar e uma bateria italiana de mísseis SAMP/T em terra. A primeira unidade de lançamento de mísseis IRIS-T SLM chegou a Ämari em 22 de junho de 2026. Em 31 de julho de 2026, os F-16 portugueses foram transferidos para o Esquadrão 181 da Turquia, a primeira rotação turca a partir de Ämari, e no dia seguinte a OTAN renomeou a missão para Defesa Aérea do Báltico, encerrando mais de 22 anos de policiamento aéreo, tanto na teoria quanto na prática.