Эстонские силы обороны относят создание аэродрома к 1940–1941 годам, когда Советский Союз, оккупировавший Эстонию, разбил на этом месте военное поле. После Второй мировой войны он служил резервным аэродромом, а в 1952 году стал основным. Английская Википедия, опираясь на российские источники, утверждает, что в 1945 году здесь был создан резервный военно-морской аэродром для амфибий «Каталина» и истребителей сопровождения Як-9П разведывательного полка дальнего действия.

С конца 1960-х годов Амари был передовой ударной базой. В Википедии упоминается 88-й истребительно-бомбардировочный авиационный полк, базировавшийся с ноября 1967 по август 1984 года на МиГ-17, затем на МиГ-21ПФМ и, наконец, на МиГ-27, прежде чем он передислоцировался в Канатово на Украине; также упоминается 321-й полк, летавший на Су-7Б и перешедший на Су-24 в 1987 году, и морской штурмовик-полк на Су-24. Вооруженные силы подтверждают основные сведения: в 1970-х и 1980-х годах отсюда базировались морские штурмовики и транспортные самолеты Су-24. Номера полков взяты из Википедии и не были проверены по официальным источникам.

База находилась под управлением России до 1990-х годов. По данным Сил обороны, Эстония переняла аэродром в 1994 году и передала его в ведение Министерства обороны в 1996 году; Википедия утверждает, что до 1996 года им управляли ВВС России. В любом случае, Эстония унаследовала большую взлетно-посадочную полосу и множество разрушающегося бетона, а не военно-воздушные силы.

Авиабаза была официально создана как подразделение ВВС Эстонии 15 мая 1997 года. Ее первоначальный парк был скромным: в том году в списке Сил обороны Эмари числились два биплана Ан-2, три вертолета Ми-2, один самолет Wilga 35A и пять планеров. До 2004 года базу охраняла эскадрилья военной полиции; сегодня она укомплектована военнослужащими и гражданскими лицами.

Наиболее значительные инвестиции были сделаны на земле. 1 января 1998 года здесь было сформировано крыло воздушного наблюдения, в 2000 году был создан центр оперативного управления воздушным пространством, который к 2001 году обеспечил круглосуточное наблюдение за воздушным пространством, а к 2006 году получил возможности управления истребителями. Новые радары заменили советские П-37: ТПС-77 в Келлавере в 2003 году, АСР-8 в Амари в 2004 году и Ground Master 403 в 2013 и 2015 годах. Вертолеты Robinson R44 прибыли в 2002 году, а с 2006 года были взяты в лизинг истребители L-39.

С 2008 по 2012 год база в Амари была полностью перестроена, а осенью 2010 года открылась новая взлетно-посадочная полоса. Целью было не обеспечение аэродромной поддержки для эстонских самолетов, которым никогда не понадобится полоса длиной 2750 м, а для самолетов союзников: база готовилась как аэродром НАТО на случай необходимости переброски подкреплений.

Эстония вступила в НАТО 29 марта 2004 года, и с тех пор истребители союзников патрулировали балтийское небо из Шяуляя в Литве. После захвата Крыма Россией в 2014 году НАТО усилило миссию. 30 апреля 2014 года четыре истребителя F-16 Королевских ВВС Дании приземлились в Эмари для четырехмесячного патрулирования, а два дня спустя издание Estonian World сообщило об открытии второй балтийской авиабазы НАТО. С 1 мая 2014 года здесь базируется отряд быстрого реагирования НАТО.

Таблица ротации ВВС выглядит как перекличка стран альянса. В августе 2014 года за датчанами последовали истребители Typhoon Германии; в течение следующего десятилетия к ним присоединились Испания, Великобритания, Бельгия, Италия, Франция, Чехия, Польша, Нидерланды и Португалия, а Турция прибыла в 2026 году. Италия получила F-35A в мае 2021 года, а Нидерланды — в декабре 2024 года. В таблице указаны двенадцать военно-воздушных сил.

Большинство ротаций длится около четырех месяцев и включает от четырех до восьми истребителей с наземным персоналом. Задача Эстонии — принимать эскадрильи: базы предоставляют взлетно-посадочную полосу, топливо, жилье и охрану, а крыло воздушного наблюдения контролирует самолеты в воздухе. Такое разделение труда составляет всю теорию противовоздушной обороны эстонских ВВС.

Союзники оплатили большую часть используемой ими базы. В декабре 2017 года ERR сообщило, что Соединенные Штаты уже инвестировали более 14,2 млн. таллонов в Амари в рамках Европейской инициативы сдерживания, запущенной в июне 2014 года, и что Закон о национальной обороне 2018 года, подписанный 12 декабря 2017 года, добавил еще 13,9 млн. таллонов на расширение перрона для истребителей и топливных объектов.

К 2024 году взлетно-посадочная полоса, уложенная в 2010 году, нуждалась в обновлении покрытия. Эстонский центр оборонных инвестиций заключил контракт на реконструкцию взлетно-посадочной полосы, рулежных дорожек, перрона, разметки и освещения на сумму 18,5 млн евро, и в январе 2024 года министр обороны Люксембурга Юрико Баккес подписала соглашение о выплате 12 млн евро из этой суммы. С марта 2024 года база Амари была закрыта для истребителей; подразделение НАТО передислоцировалось в Лиелварде в Латвии, немецкие истребители Eurofighter стали первыми самолетами НАТО, вылетевшими оттуда в рамках этой миссии, в то время как собственная эстонская авиация перебазировалась в Пярну. Базу Амари использовали только вертолеты союзников, а с марта по июнь с базы действовал немецкий развертываемый центр управления и отчетности.

Взлетно-посадочная полоса была вновь открыта 8 ноября 2024 года, в то время как строились новая столовая и казармы. Командир базы подполковник Маанус Нигуль заявил, что цель состоит в обеспечении неприкосновенности воздушного пространства Эстонии и НАТО. Голландские истребители F-35 прибыли 1 декабря 2024 года в рамках первой ротации после перерыва.

В 2025 году ситуация изменилась. В марте голландские F-35 с базы Амари выпустили ракеты AIM-9 по беспилотникам-мишеням у берегов Рутьи и сообщили о 10 опознаниях российских самолетов. Утром 19 сентября 2025 года три российских МиГ-31 вошли в воздушное пространство Эстонии вблизи острова Вайндлоо и оставались там около 12 минут без плана полета, с выключенными транспондерами и без радиосвязи, согласно данным Сил обороны. Итальянские F-35 с базы Амари поднялись в воздух и сопроводили их; по сообщению Estonian World, шведские Gripen затем следили за ними над Балтийским морем. Это было четвертое нарушение со стороны России в этом году.

Эстония запросила консультации в соответствии со статьей 4 НАТО и вызвала временного поверенного в делах России. Позиция России, как резюмирует Википедия сообщение Reuters, заключалась в том, что самолеты летели в нейтральном воздушном пространстве и ничего не нарушили. Депутат парламента Эстонии Эерик-Ниилес Кросс отметил, что зоны контроля воздушного пространства вблизи Вайндлоо не совпадают точно с государственной границей, и заявил, что Эстония должна арендовать собственные истребители.

В ноябре 2025 года ВВС начали операцию по рассредоточению подразделений воздушного наблюдения и противовоздушной обороны от их баз для борьбы с беспилотниками, используя итальянские истребители Typhoon в воздухе и итальянскую батарею SAMP/T на земле. Первая огневая установка IRIS-T SLM прибыла в Амари 22 июня 2026 года. 31 июля 2026 года португальские F-16 были переданы 181-й турецкой эскадрилье, это была первая ротация турецких подразделений из Амари, а на следующий день НАТО переименовало миссию в «Балтийскую противовоздушную оборону», положив конец более чем 22-летней деятельности по патрулированию воздушного пространства как на словах, так и на практике.