عادت البحرية إلى استخدام المروحيات عام 1975، عندما شكلت أربع مروحيات من طراز إيروسباسيال ألوت 3 سرب مروحيات البحرية في مطار إلينيكو، المطار القديم لأثينا، وفقًا لتاريخ البحرية نفسه. وبين عامي 1979 و1982، سلمت شركة أغوستا 11 مروحية من طراز AB 212ASW ومروحيتين من طراز AB 212EW، وهي الأولى القادرة على مطاردة الغواصات من على متن السفن الحربية اليونانية، وفي عام 1980، أُنشئت قيادة مروحيات البحرية في قاعدة أمفيالي البحرية في سكارامانغا.

في عام ١٩٨٦، انتقلت القيادة إلى حصن كوتروني البحري، شمال غرب ماراثون، وأُنشئت قاعدة طائرات الهليكوبتر التابعة للبحرية اليونانية لإدارة المطار. وتشمل مهام القاعدة، كما تُحددها البحرية، مراقبة الحركة الجوية، والأمن والدفاع، وصيانة البنية التحتية، والسلامة من الحرائق، والشرطة العسكرية، والخدمات اللوجستية؛ أما الطيران فيقع على عاتق الأسراب. ولا يزال مطار أمفيالي قائمًا كمهبط طائرات هليكوبتر تابع للبحرية، وهو مدرج ضمن قائمة المواقع التابعة لقيادة الطيران.

في عام 1997، شكّلت البحرية سربين من المروحيات. تزوّد السرب الأول بمروحيات AB 212، النسخة المخصصة للحرب الإلكترونية حتى عام 2004، ثم بمروحيات Alouette III حتى عام 2013؛ ويلخص شعاره، الذي يضم حصان البحر والغواصة، مهمته في مكافحة الغواصات، وتشير البحرية إلى أن هذه المروحيات قد حلّقت لأكثر من 70,000 ساعة. أما السرب الثاني، الذي شُكّل في 17 نوفمبر 1997، فقد تزوّد بمروحيات S-70B-6 Aegean Hawk، وهي نسخة من مروحية Seahawk التي طُلبت من شركة Sikorsky في 20 ديسمبر 1991. حلّقت أول مروحية، HN 51، في 22 مارس 1994، وسُلّمت في 18 مارس 1995؛ وبحلول عام 2005، كان هناك إحدى عشرة مروحية في الخدمة.

الجيل الثالث هو MH-60R. طلبت اليونان أربع طائرات في يوليو 2020 وثلاثًا في أبريل 2021، ودخلت أول ثلاث طائرات الخدمة في 20 مارس 2024، وتمركزت في قاعدة كوتروني، وفقًا لصحيفة غريك سيتي تايمز. تُشير البحرية إلى أن أسلحتها تشمل صواريخ هيلفاير، وصواريخ APKWS، وطوربيدات Mk 46، ومدفع رشاش عيار 7.62 ملم، بالإضافة إلى سونار غاطس وعوامات سونار لكشف الغواصات. كان من المتوقع وصول أربع طائرات أخرى بحلول عام 2026، لكن لم يتم تأكيد وصولها في هذه الصفحة. يُشير موقع ويكيبيديا الإنجليزي إلى أن سربَي المروحيات متمركزان في قاعدة إليفسيس، بينما تُشير صفحات البحرية والصحافة إلى أن المروحيات وقيادتها متمركزة في قاعدة كوتروني.

تُقلع مروحيات البحرية من الفرقاطات، وانتهت أشهر مهماتها بخسارة. خلال أزمة إيميا، في الساعات الأولى من صباح 31 يناير 1996، حلّقت مروحية من طراز AB 212 تابعة للفرقاطة نافارينو في مهمة استطلاع ليلي فوق الجزر الصغيرة المتنازع عليها بين اليونان وتركيا التي تُسميها كارداك. تحطمت المروحية، وقُتل كل من الملازم أول كريستودولوس كاراثاناسيس، والملازم بانايوتيس فلاخاكوس، والرقيب هيكتور جيالوبسوس. تشير ويكيبيديا إلى تكهنات بأن النيران التركية هي المسؤولة عن الحادث، إلا أنه لم يصدر أي تأكيد رسمي من أي من الحكومتين.

بعد عشرين عامًا، فقدت البحرية مروحية أخرى: سجل موقع Militaire.gr فقدان المروحية PN-28 في 11 فبراير 2016، ما أسفر عن مقتل ثلاثة أشخاص، على الرغم من عدم تأكيد الظروف من مصدر رسمي. وفي الذكرى الثلاثين لمعركة إيميا، في يناير 2016، أشاد رئيس الوزراء كيرياكوس ميتسوتاكيس بالطيارين الثلاثة الذين سقطوا عام 1996.

تُشكّل عمليات البحث والإنقاذ جزءًا كبيرًا من مهام قاعدة كوتروني الجوية. يُصنّف سرب المروحيات الثاني عمليات مكافحة السفن السطحية والغواصات في المقام الأول، بالإضافة إلى عمليات البحث والإنقاذ، والإخلاء الطبي، والتزويد العمودي بالوقود، والعمليات الخاصة، وقد بلغ إجمالي ساعات طيرانه أكثر من 3000 ساعة، وأنقذ أكثر من 450 شخصًا منذ عام 2014. ويُشير سجله الخاص إلى عملية الإنقاذ من العبارة المحترقة نورمان أتلانتيك، وعمليات الإغاثة من الفيضانات في ثيساليا بعد العاصفة دانيال في سبتمبر 2023.

تُحدث طائرة MH-60R نقلة نوعية في قدرات القاعدة البحرية. فقد زودتها البحرية بطاقم مؤلف من طيارين اثنين ومشغل أنظمة، ومحركين من طراز T700-GE-401C، ووزن إقلاع أقصى يبلغ 10700 كيلوغرام، بالإضافة إلى رادار، وسونار غاطس، وقاذفة عوامات صوتية، وبرج كهروضوئي، ووصلات بيانات، ونظام حماية ذاتية. وتشمل أسلحتها صواريخ هيلفاير، وصواريخ APKWS الموجهة بالليزر، وطوربيدات Mk 46، ومدفع رشاش عيار 7.62 ملم. أما طائرات S-70B إيجن هوك التي تنضم إليها، فتحمل صاروخ بنجوين المضاد للسفن، ويتضمن شعار البحرية لسربها صورة ظلية لهذا الصاروخ.