تعود خطط إنشاء مطار في أيندهوفن إلى عام 1921، وفقًا لتاريخ القوات الجوية نفسها، لكن الطيران لم يبدأ إلا في سبتمبر 1932، عندما افتُتح مطار ويلشاب المدني على مساحة 55 هكتارًا من العشب. وأُنشئ مبنى الركاب في مايو 1935. ثم استولى الجيش عليه مع اقتراب الحرب: تُؤرّخ وزارة الدفاع الاستيلاء عليه إلى التعبئة العامة في أبريل 1939، بينما تُشير دراسة مطار لوفتفافه التي أجراها هنري دي زينغ إلى سبتمبر 1939.

احتلت القوات الألمانية المطار بعد يومين من غزو 10 مايو 1940، وأعادت تسميته إلى مطار أيندهوفن للطيران. وبدأ التوسع فورًا. يذكر دي زينغ أن سلاح الجو الألماني (لوفتفافه) استقدم آلاف العمال الهولنديين في يونيو 1940، وأنهى بناء المدرج الرئيسي بحلول نهاية يوليو. نما المطار إلى أكثر من ضعف حجمه قبل الحرب، بثلاثة مدارج معبدة مصممة على شكل حرف A كبير، اثنان بطول 1500 متر وواحد بطول 1200 متر، جميعها مغطاة بالإسفلت ومُلوّنة لتتناسب مع الحقول المحيطة بها.

كانت قاعدة فليغرهورست محطةً نشطةً للقاذفات والمقاتلات الليلية. يذكر دي زينغ وجود السرب الثاني/مجموعة القاذفات الرابعة (II./KG 4) من يونيو 1940 إلى مارس 1941، وفترات من وجود مجموعتي القاذفات الثلاثين والثانية (KG 30 وKG 2) حتى أوائل عام 1944، ثم السرب الأول/مجموعة المقاتلات الليلية الثانية (I./NJG 2) في منتصف عام 1944. هاجمها الحلفاء مرارًا وتكرارًا: قصفتها طائرات بي-47 بالرشاشات في 22 فبراير 1944، ثم قصفتها بالغوص في 30 مارس، وفي 14 يونيو 1944، دمرت غارة جوية شنتها 63 قاذفة من طراز بي-24 ليبراتور سبع مقاتلات ليلية من طراز يو 88 على الأرض.

قام الألمان بزرع الألغام في مدارج المطار تمهيداً لتدميرها في نهاية مايو 1944، وأتموا عمليات التدمير في 5 سبتمبر. وفي 18 سبتمبر 1944، حرر جنود المظلات الأمريكيون من الفرقة 101 المحمولة جواً مدينة أيندهوفن خلال عملية ماركت جاردن، ورُفع العلم الهولندي فوق المطار في اليوم التالي. ثم قامت وحدات الإصلاح البريطانية بملء حوالي 1650 حفرة ناجمة عن القنابل، ليتمكن سلاح الجو الملكي البريطاني من استخدام المطار، الذي أصبح فيما بعد مهبط الطائرات المتقدم B.78 لأجنحة طائرات تايفون والاستطلاع التابعة لسلاح الجو الملكي البريطاني وسلاح الجو الملكي الكندي.

انتقلت القوات الجوية الملكية الهولندية إلى أيندهوفن عام 1952، حيث شُكّلت الأسراب 314 و315 و316 كأسراب مقاتلة قاذفة على متن طائرات ريبابليك إف-84 جي ثاندرجيت. وفي عام 1956، تحولت الأسراب الثلاثة إلى طائرات إف-84 إف ثاندرستريك ذات الأجنحة المائلة. ولمدة عقدين تقريبًا، كانت أيندهوفن موطنًا لثلاثة أسراب نفاثة في آن واحد، وكانت تلك بداية 42 عامًا من تحليق الطائرات المقاتلة من هذه القاعدة.

غادر السرب 315 إلى توينثي في أبريل 1970. وتحول السرب 314 إلى طائرات NF-5A في عام 1970، وانتقل إلى جيلز-ريجين بحلول عام 1988، وفقًا لتاريخ السرب المحفوظ على موقع F-16.net المتخصص في الطائرات؛ بينما يذكر تاريخ القوات الجوية أنه غادر بعد بضع سنوات من مغادرة السرب 315. أما السرب 316، الملقب بـ"الصقر"، فقد بقي في القاعدة وحلق بطائرات NF-5A منذ عام 1971. وكان شعاره عبارة عن صقر بني على خلفية صفراء، مع شعار "Doelbewust en trefzeker" الذي يعني "عازم ودقيق".

في عام ١٩٩١، تحولت السرب ٣١٦ إلى استخدام طائرات إف-١٦ إيه، بدءًا من قاعدة جيلز-راين قبل عودتها إلى أيندهوفن؛ وتشير سجلات القاعدة إلى أن طائرات إن إف-٥ ظلت في الخدمة حتى عام ١٩٩١. أنهى الكتاب الأبيض للدفاع لعام ١٩٩٣، الذي قلص حجم القوات الجوية بعد الحرب الباردة، عمل السرب، وتم حل السرب ٣١٦ في ١ أبريل ١٩٩٤، منهيًا بذلك ٤٢ عامًا من تحليق الطائرات المقاتلة في أيندهوفن. من فبراير ١٩٨٣ إلى ١٩٩٥، كانت القاعدة تُدار تحت قيادة واحدة مع قاعدة جيلز-راين؛ ثم انفصلت القيادتان مجددًا لاختلاف مهامهما.

لقد شكّل الضجيج معالم المطار قبل مغادرة الطائرات المقاتلة بفترة طويلة. وبحسب وزارة الدفاع، فقد تم تغيير اتجاه المدرج عام ١٩٨٤ استجابةً لشكاوى سكان أيندهوفن، بحيث تتجنب الطائرات المغادرة مركز المدينة. وفي العام نفسه، افتُتح مبنى ركاب مدني من تصميم ليو دي بيفر على الجانب الآخر من المطار، مُدشّنًا بذلك المطار العسكري والمدني المشترك الحالي.

بعد الساعة السادسة مساءً بقليل من يوم الاثنين الموافق 15 يوليو 1996، اقتربت طائرة نقل عسكرية من طراز سي-130 إتش هيركوليز سي إتش-06 تابعة لسلاح الجو البلجيكي من مدينة أيندهوفن قادمة من إيطاليا. كان على متنها أربعة من أفراد الطاقم البلجيكي و37 فرداً من فيلق الطيران التابع للجيش الملكي الهولندي. أثناء اقترابها من المدرج، اصطدمت الطائرة بسرب كبير من الطيور فوق المدرج؛ وتشير روايات ثانوية، استناداً إلى التحقيقات، إلى أن طيور الزرزور قد دخلت في محركيها الأيسرين. حاول الطاقم إعادة المحاولة، لكن الطائرة مالت بشدة إلى اليسار، فاصطدم جناحها الأيسر بالعشب، ثم تحطمت واشتعلت فيها النيران.

اعتقدت مراقبة الحركة الجوية وفرق الإطفاء في القاعدة أن الطاقم المكون من أربعة أفراد فقط كان على متن الطائرة، لأن تفاصيل الركاب في خطة الرحلة لم تُرسل إلى أيندهوفن. وتختلف الروايات حول المدة التي استغرقتها الأمور قبل أن يدرك أحد وجود ركاب في عنبر الشحن: تشير الملخصات باللغة الإنجليزية إلى حوالي ثلاثين دقيقة، بينما تشير الموسوعة الألمانية إلى 23 دقيقة. تم إخراج أحد عشر شخصًا أحياء، وتوفي أربعة منهم لاحقًا في المستشفى. في المجمل، توفي 34 شخصًا، جميعهم من الطاقم المكون من أربعة أفراد و30 من أعضاء الفرقة الموسيقية، بينما نجا 7 آخرون بإصابات خطيرة.

تلت ذلك تحقيقات عديدة؛ إذ أحصى مؤلفو كتاب "المنحدر المنسي" نحو أربعين بلاغًا حتى عام ٢٠١٠. وألقى فريق أبحاث الأزمات (COT) بقيادة البروفيسور أوري روزنتال باللوم على أخطاء النظام والقصور التنظيمي. في أكتوبر ١٩٩٦، أُعفي ثلاثة ضباط من القوات الجوية من مهامهم: قائد القاعدة، وضابط مراقبة الحركة الجوية، وقائد جهاز الإطفاء. وقد حوكموا، ولكن بُرِّئوا في النهاية لعدم كفاية الأدلة. ويضيف مدخل الموسوعة الألمانية، نقلاً عن شبكة سلامة الطيران، أن الطاقم أوقف تشغيل المحرك الخطأ، رقم ٣، بعد اصطدام الطائر؛ ولم يتسنَّ التأكد من ذلك من مصدر رسمي لهذه الصفحة.

في عام ٢٠٠٢، وبناءً على طلب مجلس الأمن القومي، أجاب المجلس الوطني لسلامة النقل على أسئلة تتعلق بعملية الإنقاذ. وكان استنتاجه الرئيسي أنه عندما يعجز الركاب عن إنقاذ أنفسهم، تفتقر خدمات الطوارئ إلى القوى العاملة والمعدات المتطورة اللازمة لإخراجهم في الوقت المناسب. وقد رفض المجلس صراحةً استنتاج الحكومة القائل بإمكانية إنقاذ الركاب في وقت سابق، إذ لم يكن النظام اللازم لذلك موجودًا، لا في أيندهوفن ولا في أي مكان آخر، ولا يزال هذا النظام غائبًا إلى حد كبير في عام ٢٠٠٢. وقدّم المجلس أربع توصيات بشأن خدمات الإطفاء والإنقاذ في المطارات، وبشأن نقل المدنيين على متن الطائرات العسكرية.

بدأت حياة أيندهوفن الثانية كقاعدة نقل في مايو 1992، عندما انتقل السرب 334 إليها من سوستربرغ بطائرات فوكر إف 27. لم تتمكن طائرات إف 27 من عبور المحيط الأطلسي، فتم الاستغناء عنها بحلول عام 1996، وحلت محلها طائرات كي دي سي-10، ودي سي-10، وسي-130، وغلف ستريم 4، وفوكر 50، وفوكر 60 يو. جاءت طائرات التزود بالوقود من شركة مارتينير، التي اشترت هولندا طائرتيها من طراز دي سي-10-30 سي إف عام 1992؛ وعندما دُمرت إحداهما في حادث تحطم رحلة مارتينير 495، تم شراء طائرة ثالثة. وتم تحويل اثنتين منها إلى طائرات كي دي سي-10 لنقل الوقود بين أكتوبر 1994 وديسمبر 1995.

أصبحت طائرات KDC-10، التي تحمل اسمي "برينس برنارد" (T-264) و"يان شيفر" (T-235)، رمزًا لقاعدة أيندهوفن الجوية على مدى ربع قرن. ووفقًا لبيان القاعدة نفسها، خلال مناورة عسكرية في عام 2018، حافظت طائرات KDC-10 الهولندية على جاهزية بنسبة 95% فوق العراق وسوريا في إطار عملية العزم الصلب، وقامت بتزويد أكثر من 1000 طائرة تابعة للتحالف بما يقارب 6.5 مليون لتر من الوقود. تم سحب الطائرة T-264 من الخدمة في نوفمبر 2019، والطائرة T-235 في أكتوبر 2021، وتم تسليمهما إلى شركة "أوميغا لخدمات التزود بالوقود الجوي" الأمريكية.

يتم تقاسم الطائرة التي ستخلفها. نشأ أسطول الطائرات متعددة الجنسيات من مبادرة لحلف الناتو تم الاتفاق عليها في قمة شيكاغو عام 2012. أطلقت هولندا ولوكسمبورغ المشروع في يوليو 2016 بطلب شراء طائرتين من طراز إيرباص A330 MRTT؛ وانضمت ألمانيا والنرويج في سبتمبر 2017، وبلجيكا في يناير 2018، وجمهورية التشيك في 2019، ليصل عدد الطائرات المطلوبة إلى ثماني. انسحبت بولندا في عام 2016، قبل أيام من التوقيع. يشتري الشركاء ساعات الطيران بدلاً من الطائرات الفردية.

تم تسليم أول طائرة من طراز A330 MRTT في يونيو 2020. وتُعدّ أيندهوفن القاعدة التشغيلية الرئيسية للأسطول، بينما تتخذ كولونيا في ألمانيا قاعدةً تشغيليةً متقدمة، تليها كاروب في الدنمارك بوصول الطائرتين الحادية عشرة والثانية عشرة في منتصف عام 2028 وأوائل عام 2029. وقد دخلت الطائرات الخدمة التشغيلية الأولية في مارس 2023، والكاملة في مارس 2026. وانضمت الدنمارك والسويد في يونيو 2025 بطائرتين إضافيتين، وفنلندا في يوليو 2026، ليصبح العدد تسعة أعضاء. ولا تزال صفحة قاعدة القوات الجوية تشير إلى ستة شركاء في حلف الناتو، بينما يُعدّ إحصاء الناتو نفسه هو الأحدث.

أصبحت أيندهوفن الآن مقر قيادة النقل الجوي التابعة للقوات الجوية، والتي تُحدد وزارة الدفاع مهامها الأربع على النحو التالي: النقل الجوي والتزود بالوقود جواً، ومناولة الشحن والركاب، وإبقاء المطار مفتوحاً للاستخدام العسكري والمدني، واستضافة الوحدات الهولندية والأجنبية. وتضم هذه القيادة خمسة أسراب: السرب 334 المزود بطائرات غلف ستريم، والسرب 336 المزود بطائرات سي-130، والأسراب 940 و941 و942 المسؤولة عن الخدمات اللوجستية وخدمات المطار والصيانة.

يُشغّل السرب 336 أربع طائرات من طراز C-130 هيركوليز، وهي G-273 وG-275 وG-781 وG-988، بنسختيها القياسية والممتدة H-30. ومن المقرر استبدالها بطائرات إمبراير C-390، التي تم شراؤها بالاشتراك مع النمسا والسويد، ومن المتوقع وصول أول طائرة في نهاية عام 2027 وآخرها في عام 2029. أما الطائرة الحكومية التابعة للسرب 334 فهي من طراز غلف ستريم G650ER V-117، التي صُنعت عام 2014، وتتسع لما يصل إلى 15 راكباً، وتُستخدم لنقل قيادة الدفاع، وعمليات الإجلاء العاجلة، ورحلات العائلة المالكة.

تتواجد ثلاث هيئات متعددة الجنسيات إلى جانب الوحدات الهولندية. يتواجد مركز تنسيق الحركة في أوروبا في أيندهوفن منذ 1 يوليو 2007. تأسست قيادة النقل الجوي الأوروبية في 1 يوليو 2010 وافتُتحت في أيندهوفن في 1 سبتمبر 2010 من قبل بلجيكا وفرنسا وألمانيا وهولندا؛ وانضمت إليها لوكسمبورغ في 22 نوفمبر 2012، وإسبانيا في يوليو 2014، وإيطاليا في ديسمبر 2014. وتتولى هذه القيادة مسؤولية أساطيل النقل الجوي والتزود بالوقود جواً والإخلاء الطبي الجوي لأعضائها السبعة، وذلك من خلال طاقم قوامه حوالي 200 فرد. أما الهيئة الثالثة فهي وحدة إدارة الحركة الجوية (MMU) المزودة بطائرات التزود بالوقود من طراز A330.