تقع المفرق على الطريق القديم شمالًا من عمّان إلى سوريا، ولذلك أرادها البريطانيون. تشير موسوعة ويكيبيديا الإنجليزية، بالاستناد إلى مرجع سي جي جيفورد القياسي "أسراب سلاح الجو الملكي"، إلى أن سلاح الجو الملكي احتفظ بسيارات مدرعة هناك في عشرينيات القرن الماضي، وأن السرب رقم 14 كان يُسيّر طائرات مقاتلة من طراز بريستول إف.2 من الميدان كوحدة منفصلة بين فبراير 1920 ويونيو 1924. في شرق الأردن، كما في العراق، كان سلاح الجو الملكي الأداة الرئيسية للسيطرة البريطانية، وكانت القوة الجوية أرخص من الحاميات العسكرية.

شهد المطار توسعًا ملحوظًا في عصر الطائرات النفاثة. ففي عام ١٩٥١، أُعيد بناؤه بمبانٍ جديدة ومدرج خرساني؛ وفي أبريل من ذلك العام، وصلت طائرات فامباير إف بي ٥ التابعة للسرب رقم ٢٤٩. وقامت مفرزة من السرب رقم ٦ بتشغيل طائرات فينوم من هنا من أكتوبر ١٩٥٤ إلى سبتمبر ١٩٥٥، بينما تمركزت طائرات فينوم إف بي ١ التابعة للسرب رقم ٣٢ في المفرق من أكتوبر ١٩٥٦ إلى يناير ١٩٥٧، وهي أشهر أزمة السويس. ثم طغت الأوضاع السياسية في الأردن على سلاح الجو الملكي البريطاني. وكان الملك حسين قد عزل غلوب باشا في ١ مارس ١٩٥٦، وفي ٣١ مايو ١٩٥٧، تم إخلاء قاعدة سلاح الجو الملكي البريطاني في المفرق وتسليمها إلى الحكومة الأردنية.

في يونيو 1959، أُعيد تسمية القاعدة لتصبح قاعدة الملك حسين الجوية، نسبةً إلى الملك الذي كان طيارًا. بدأ التدريب على الطيران عام 1960 مع السرب رقم 4 على طائرات تشيبمانك، وتشير ويكيبيديا الإنجليزية إلى وجود أسراب هانتر وفامباير هنا في السنوات الأولى. كانت المفرق مقرًا للطائرات المقاتلة الأردنية، ولذا كانت أول مكان شعر فيه الناس بمواجهة إسرائيل.

في 13 نوفمبر/تشرين الثاني 1966، أرسلت إسرائيل قوة برية كبيرة مزودة بدبابات إلى قرية سامو في الضفة الغربية، التي كانت آنذاك تحت السيطرة الأردنية. ويذكر موقع ويكيبيديا الإنجليزية أن ثماني طائرات هنتر أردنية انطلقت من المفرق، واصطدمت بأربع طائرات ميراج 3 إسرائيلية؛ أُسقطت إحدى طائرات الهنتر وقُتل قائدها، بينما تضررت طائرة إسرائيلية أخرى واضطرت للهبوط. وكان قائدها الملازم موفق سلطي، الذي أطلق سلاح الجو الإسرائيلي اسمه لاحقًا على قاعدته الجديدة في الأزرق. وفي 25 نوفمبر/تشرين الثاني، أدان مجلس الأمن الدولي إسرائيل على هذه الغارة بموجب القرار 228.

بعد سبعة أشهر، أصبحت القاعدة هدفًا. ففي 5 يونيو/حزيران 1967، وبعد أن قصفت طائرات الهنتر الأردنية نتانيا، شنّ سلاح الجو الإسرائيلي هجومًا على القواعد الجوية الأردنية على موجتين: الأولى دمرت مدارج الطائرات وألحقت أضرارًا بالغة بأبراج المراقبة، والثانية دمرت، وفقًا للرواية الإسرائيلية، جميع طائرات الهنتر الأردنية البالغ عددها 21 طائرة، بالإضافة إلى ست طائرات نقل ومروحيتين. وتشير مقالة ويكيبيديا الإنجليزية عن القاعدة إلى تدمير أحد حظائر طائرات المفرق، وبعض الطائرات، ومدرج طائرات. هذه الأرقام إسرائيلية، ولم يُعثر على أي إحصاءات أردنية خاصة بالمفرق.

بعد انقطاع الطائرات عام ١٩٦٧، أعادت القوات الجوية بناء صفوفها ببطء، وأصبحت المفرق مركزًا تدريبيًا لها. ووفقًا لموقع ويكيبيديا الإنجليزي، بدأ التدريب الكامل للطيارين في الأردن في القاعدة عام ١٩٧٤، وتخرجت الدفعة الأولى عام ١٩٧٥؛ إذ كان الطيارون الأردنيون حتى ذلك الحين يتلقون تدريبهم في الخارج في الغالب. وفي عام ١٩٧٨، اتخذت القاعدة اسم كلية الملك حسين الجوية. وأُنشئت مدرسة للأركان عام ١٩٧٩، ثم شُكّلت كلية القيادة والأركان الجوية عام ١٩٩٠، والتي حُلّت لاحقًا.

أشهر خريجي الكلية هو معاذ الكساسبة. تشير ويكيبيديا الإنجليزية إلى أنه تخرج من كلية الملك حسين الجوية عام 2009، وتأهل لقيادة طائرة إف-16، وبحلول عام 2012 كان يطير من قاعدة موفق السلطي الجوية. أُسر عندما سقطت طائرته قرب الرقة في 24 ديسمبر 2014، وقُتل على يد تنظيم الدولة الإسلامية. شهدت الكلية تغييرات مواكبة لتطور القوات الجوية: تخرجت أول دفعة من الطالبات عام 2020، وفي نوفمبر 2022، أفاد موقع "بريكينج ديفنس" أن القوات الجوية وقّعت عقدًا لشراء عشر طائرات هليكوبتر تدريبية من طراز بيل 505 للكلية، لتحل محل طائرات روبنسون آر 44، ولدعم برنامج مدته ثلاث سنوات في علوم الطيران والملاحة ومراقبة الحركة الجوية.

لا تُنشر القوات الجوية معلومات عن الطائرات التي تُحلّق في المفرق اليوم بشكلٍ يُمكن التحقق منه لهذه الصفحة. تشير مقالة ويكيبيديا الخاصة بالقوات الجوية الملكية الأردنية، نقلاً عن موقع القوات الجوية، إلى وجود أسراب التدريب ومدرسة مدربي الطيران هنا، وتُعدّ طائرات التدريب من طراز بيلاتوس PC-21 وغروب G 120TP التابعة للقوات الجوية المرشحة الأبرز؛ إلا أن وجودها في المفرق غير مؤكد هنا.