斯科普里的军事航空历史比这个国家还要悠久。英文维基百科称，塞尔维亚军用飞行员于1912年巴尔干战争期间首次在此降落，而德国和保加利亚的飞机在一战期间也曾使用过斯科普里的一处机场。1928年，一座民用机场在如今的机场区（Aerodrom district）启用；现在的机场则是在二战后于彼得罗韦茨附近建造的。然而，这一时间线与同一百科全书关于1941年4月的记载略有出入，该记载称南斯拉夫皇家空军第63轰炸机大队驾驶着多尼尔Do 17K轰炸机驻扎在"斯科普里附近的彼得罗韦茨机场"。至于具体是哪个机场，目前尚无定论。.

在南斯拉夫时期，斯科普斯基·彼得罗瓦茨曾是一个战斗轰炸机基地。维基百科记载，20世纪80年代，驻扎于此的第98航空旅下辖第241中队（装备歼-22“奥拉奥”战斗机）、第247中队（装备歼-22“亚斯特雷布”战斗机）和第354中队（装备歼-21“亚斯特雷布”侦察机），以及第二集团军的一个直升机部队。1992年，第241中队迁往塞尔维亚的拉杰夫齐。马其顿独立后，这些战机已全部撤离；以上部队信息均无法从官方渠道核实。.

陆军将空军的成立追溯至1992年4月10日的一项总统令，该总统令设立了空军和防空司令部，下辖一个航空旅、一个防空火箭团、一个雷达团和一个空军基地。1992年6月10日，空军进行了首次飞行，使用从航空俱乐部借来的UTVA-75飞机，在德拉切沃训练区上空飞行了20分钟（从10:15到10:35）。6月10日至今仍是空军的纪念日。陆军史料记载，空军的飞行必须与佩特罗韦茨的民用管制塔台协调。.

直升机之所以率先投入使用，是因为这是当时一支规模较小且受禁运影响的军队所能获得的唯一装备。第一架米-17直升机于1994年6月28日从乌克兰抵达，第301运输直升机中队也随之组建；据维基百科记载，由于联合国武器禁运，最初这四架米-17都挂有民用注册号。1994年7月5日，一支完全由马其顿人组成的机组首次驾驶米-17执行任务。随后，马其顿又从捷克共和国接收了Zlin 242教练机（军方记录为1996年，维基百科记录为1995年），其中一架于1999年4月7日在拉多维什附近坠毁。.

根据维基百科的记录，政府军与阿尔巴尼亚族民族解放军之间的武装冲突从2001年1月22日持续到8月13日《奥赫里德框架协议》签署。政府随即启动了一项紧急采购计划。维基百科列出了3月23日从乌克兰进口的4架米-8MT和2架米-24V，从希腊进口的2架UH-1H，以及分别于4月15日、6月15日和9月4日进口的更多米-24，还有6月份进口的4架苏-25；陆军史料也证实，米-8、UH-1H、米-24、米-24K和苏-25等多种机型在3月至9月期间陆续抵达。.

2001年6月23日，在斯科普里郊外的阿拉奇诺沃（Aračinovo）战斗期间，苏-25战斗机从彼得罗韦茨（Petrovec）起飞侦察该村；维基百科对出动飞机的数量说法不一，有的说是一架，有的说是两架。空军旅的条目称，这是马其顿固定翼战斗机首次从马其顿空军基地起飞作战。同一来源还指出，尽管叛军持有毒刺（Stinger）和箭-2M（Strela-2M）导弹，但没有飞机被地面火力击落；唯一的损失是3月份在波波瓦沙普卡（Popova Šapka）损失的一架米-17直升机。此次冲突的伤亡数字存在争议，应列于部队页面，而非基地页面。.

和平时期使得这些战机变得难以负担。苏-25战机于2004年退役，并因无法飞行而停放在机场。2010年4月，政府将机场移交给土耳其运营商TAV进行重建时，陆军放弃了指挥部附属建筑、照相实验室、飞行员餐厅、维修车间和士兵俱乐部；其大型机库被拆除，如今客运航站楼前的新停机坪就建在原址上。.

乌克兰战争清除了剩余的战机。国防部长斯拉维扬卡·彼得罗夫斯卡于2023年3月14日证实，四架苏-25战斗机已交付乌克兰；随后又交付了十二架米-24直升机，但据乌克兰方面称，其中只有两架仍在服役。目前保留的战机包括一个米-8/17中队（捷克LOM Praha公司协助其于2025年7月恢复服役）、一个训练中队，以及一份于2024年3月签署的价值近2.5亿欧元的合同，该合同订购了四架AW149和四架AW169M直升机。如今，北马其顿的战斗机护航任务由希腊负责：2021年12月9日，两架希腊空军的F-16战斗机在机场上空拦截了一架政府的里尔喷气式飞机，以纪念北马其顿加入北约空中警戒行动。.