Военная авиация в Скопье старше самой страны. Английская Википедия утверждает, что сербские военные летчики совершили здесь первую посадку в 1912 году, во время Балканских войн, и что немецкие и болгарские самолеты использовали аэродром в Скопье во время Первой мировой войны. Гражданский аэропорт открылся в 1928 году на территории нынешнего аэродромного района; нынешний аэропорт был построен после Второй мировой войны недалеко от Петровца. Эта хронология не соответствует данным той же энциклопедии за апрель 1941 года, где 63-я бомбардировочная группа Королевских ВВС Югославии, летавшая на самолетах Dornier Do 17K, находится на "аэродроме Петровец недалеко от Скопье". Какой именно это был аэродром, здесь неясно.

В годы югославского владычества Скопски-Петровац был базой истребителей-бомбардировщиков. В Википедии указано, что в 1980-х годах там базировалась 98-я авиационная бригада, в состав которой входили 241-я эскадрилья на истребителях J-22 Orao, 247-я на Jastreb и 354-я на разведывательных IJ-21 Jastreb, а также вертолетное подразделение 2-го армейского округа. В 1992 году 241-я эскадрилья передислоцировалась в Ладжевци в Сербии. После обретения Македонией независимости истребители исчезли; ни одну из этих сведений о подразделении не удалось проверить по официальным источникам.

История военно-воздушных сил армии восходит к указу президента от 10 апреля 1992 года, который учредил командование ВВС и ПВО с авиационной бригадой, зенитно-ракетным полком, радиолокационным полком и авиабазой. Первый полет, 10 июня 1992 года, длился 20 минут, с 10:15 до 10:35, на самолете УТВА-75, взятом взаймы у аэроклубов, над тренировочной зоной Драчево; 10 июня до сих пор является днем полетов авиационного крыла. В истории армии отмечается, что полеты приходилось координировать с гражданской диспетчерской вышкой в Петровце.

Сначала появились вертолеты, потому что это было то, что могла получить небольшая армия, находящаяся под эмбарго. Первый Ми-17 прибыл из Украины 28 июня 1994 года, и с ним была сформирована 301-я транспортная вертолетная эскадрилья; согласно Википедии, четыре Ми-17 первоначально имели гражданскую регистрацию из-за эмбарго ООН на поставки оружия. 5 июля 1994 года полностью македонский экипаж впервые совершил полет на Ми-17. Затем последовали учебно-тренировочные вертолеты «Злин 242» из Чехии (1996 год по данным армии, 1995 год по данным Википедии), и один из них был потерян под Радовишем 7 апреля 1999 года.

Вооруженный конфликт между правительственными войсками и этнической албанской Национально-освободительной армией, согласно датировке Википедии, продолжался с 22 января по Охридское рамочное соглашение от 13 августа 2001 года. Правительство ответило программой экстренных закупок. В Википедии указаны четыре Ми-8МТ и два Ми-24В из Украины 23 марта, два UH-1H из Греции, еще несколько Ми-24 15 апреля, 15 июня и 4 сентября, а также четыре Су-25 в июне; история армии подтверждает прибытие Ми-8, UH-1H, Ми-24, Ми-24К и Су-25 в период с марта по сентябрь.

23 июня 2001 года, во время боев в Арачиново на окраине Скопье, самолеты Су-25 взлетели с Петровеца для разведки деревни; в Википедии расходятся данные о том, был ли это один или два самолета. В статье об авиационной бригаде говорится, что это был первый случай, когда македонский боевой самолет с неподвижным крылом действовал с македонской авиабазы. Тот же источник утверждает, что, хотя у повстанцев были ракеты «Стингер» и «Стрела-2М», ни один самолет не был потерян от огня с земли; единственной потерей стал Ми-17 в Попова-Шапке в марте. Данные о потерях в этом конфликте оспариваются и относятся к служебной странице, а не к базе.

Мир сделал приобретение истребителей недоступным. В 2004 году Су-25 были сняты с вооружения и поставлены на стоянку в аэропорту, непригодные для полетов. В апреле 2010 года, когда правительство передало аэропорт турецкому оператору TAV для реконструкции, армия отказалась от пристройки к командному зданию, фотолаборатории, столовой для пилотов, мастерских и солдатского клуба; большие ангары были снесены, и на их месте теперь находится новая перронная площадка перед пассажирским терминалом.

Война на Украине уничтожила оставшиеся самолеты. Министр обороны Славянка Петровска подтвердила 14 марта 2023 года, что четыре Су-25 были отправлены на Украину; за ними последовали двенадцать Ми-24, из которых, по одному из украинских источников, в активной службе оставались только два. Осталась эскадрилья Ми-8/17, которую чешская фирма LOM Praha помогла вернуть в строй в июле 2025 года, учебно-тренировочная эскадрилья и контракт, подписанный в марте 2024 года, на четыре AW149 и четыре AW169M стоимостью почти 250 миллионов евро. Истребительное прикрытие теперь обеспечивается Грецией: 9 декабря 2021 года два F-16 ВВС Греции перехватили правительственный Learjet над аэропортом в честь вступления Северной Македонии в состав НАТО по патрулированию воздушного пространства.