A aviação militar em Skopje é mais antiga que o próprio país. A Wikipédia em inglês afirma que os aviadores militares sérvios realizaram o primeiro pouso na cidade em 1912, durante as Guerras Balcânicas, e que aeronaves alemãs e búlgaras utilizaram um aeródromo em Skopje durante a Primeira Guerra Mundial. Um aeroporto civil foi inaugurado em 1928 no que hoje é o distrito de Aerodrom; o aeroporto atual foi construído após a Segunda Guerra Mundial, próximo a Petrovec. Essa cronologia entra em conflito com o relato da mesma enciclopédia sobre abril de 1941, que situa o 63º Grupo de Bombardeiros da Força Aérea Real Iugoslava, operando aeronaves Dornier Do 17K, no "aeródromo de Petrovec, próximo a Skopje". Qual aeródromo em questão permanece um mistério.

Durante o período iugoslavo, Skopski Petrovac era uma base de caças-bombardeiros. A Wikipédia lista a 98ª Brigada de Aviação lá na década de 1980, com o 241º esquadrão operando o J-22 Orao, o 247º com o Jastreb e o 354º com o IJ-21 de reconhecimento Jastreb, além de uma unidade de helicópteros da 2ª região do Exército. Em 1992, o 241º esquadrão foi transferido para Lađevci, na Sérvia. Quando a Macedônia se tornou independente, os jatos já haviam sido removidos; nenhum desses detalhes da unidade pôde ser verificado em uma fonte oficial.

O Exército data a criação de sua força aérea a partir de um decreto presidencial de 10 de abril de 1992, que instituiu um Comando da Força Aérea e Defesa Aérea com uma brigada de aviação, um regimento de foguetes antiaéreos, um regimento de radares e uma base aérea. Seu primeiro voo, em 10 de junho de 1992, durou 20 minutos, das 10h15 às 10h35, em um UTVA-75 emprestado dos aeroclubes, sobre a zona de treinamento de Dračevo; 10 de junho ainda é o dia da Ala Aérea. A história do Exército registra que seus voos precisavam ser coordenados com a torre de controle civil em Petrovec.

Os helicópteros vieram primeiro porque eram o que um pequeno exército, sob embargo, podia obter. O primeiro Mi-17 chegou da Ucrânia em 28 de junho de 1994 e o 301º Esquadrão de Helicópteros de Transporte foi ativado com ele; segundo a Wikipédia, os quatro Mi-17 inicialmente tinham matrículas civis devido ao embargo de armas da ONU. Em 5 de julho de 1994, uma tripulação totalmente macedônia voou em um Mi-17 pela primeira vez. Os aviões de treinamento Zlin 242 vieram da República Tcheca (1996, segundo o Exército, 1995, de acordo com a Wikipédia), e um deles foi perdido perto de Radoviš em 7 de abril de 1999.

O conflito armado entre as forças governamentais e o Exército de Libertação Nacional Albanês, de acordo com a Wikipédia, decorreu de 22 de janeiro até ao Acordo de Ohrid, em 13 de agosto de 2001. O governo respondeu com um programa de aquisição de emergências. A Wikipédia lista quatro helicópteros Mi-8MT e dois Mi-24V da Ucrânia em 23 de março, dois UH-1H da Grécia, mais Mi-24 em 15 de abril, 15 de junho e 4 de setembro, e quatro Su-25 em junho; o histórico do Exército confirma a chegada de Mi-8, UH-1H, Mi-24, Mi-24K e Su-25 entre março e setembro.

Em 23 de junho de 2001, durante os combates em Aračinovo, nos arredores de Skopje, caças Su-25 decolaram de Petrovec para realizar um reconhecimento da vila; os relatos da Wikipédia divergem quanto ao número de aeronaves que decolaram. O artigo da Brigada Aérea afirma que foi a primeira vez que uma aeronave de combate de asa fixa macedônia operou a partir de uma base aérea macedônia. A mesma fonte diz que, embora os insurgentes possuíssem mísseis Stinger e Strela-2M, nenhuma aeronave foi perdida por fogo terrestre; a única perda foi um Mi-17 em Popova Šapka, em março. Os números de baixas do conflito são contestados e pertencem à página da força armada, não à da base.

A paz tornou os jatos inviáveis. Os Su-25 foram retirados de serviço em 2004 e estacionados, inoperantes, no aeroporto. Em abril de 2010, quando o governo entregou o aeroporto à operadora turca TAV para reconstrução, o Exército cedeu o anexo do prédio de comando, um laboratório fotográfico, o restaurante dos pilotos, oficinas e o clube dos soldados; seus grandes hangares foram demolidos e o novo pátio de manobras em frente ao terminal de passageiros agora ocupa o local.

A guerra na Ucrânia eliminou o restante. A ministra da Defesa, Slavjanka Petrovska, confirmou em 14 de março de 2023 que os quatro Su-25 haviam sido enviados para a Ucrânia; doze Mi-24 seguiram o mesmo caminho, dos quais, segundo uma fonte ucraniana, apenas dois ainda estavam em operação. O que resta é um esquadrão de Mi-8/17 que a empresa tcheca LOM Praha ajudou a reativar em julho de 2025, um esquadrão de treinamento e um contrato assinado em março de 2024 para quatro AW149 e quatro AW169M, no valor de quase € 250 milhões. A cobertura aérea agora vem da Grécia: em 9 de dezembro de 2021, dois F-16 da Força Aérea Helênica interceptaram um Learjet do governo sobre o aeroporto para marcar a entrada da Macedônia do Norte na área de policiamento aéreo da OTAN.