スコピエの軍用航空の歴史は、国の歴史よりも古い。英語版ウィキペディアによると、セルビア軍のパイロットがバルカン戦争中の1912年に初めてこの地に着陸し、第一次世界大戦ではドイツ軍とブルガリア軍の航空機がスコピエの飛行場を使用したという。民間空港は1928年に現在の飛行場地区に開設され、現在の空港は第二次世界大戦後にペトロヴェツ近郊に建設された。しかし、この年代記は、同じ百科事典の1941年4月の記述と矛盾する。同記述では、ユーゴスラビア王国空軍第63爆撃機群がドルニエDo 17Kを操縦し、「スコピエ近郊のペトロヴェツ飛行場」にいたとされている。どの飛行場だったのかはここでは明らかにされていない。.

ユーゴスラビア時代、スコプスキ・ペトロヴァツは戦闘爆撃機基地だった。ウィキペディアによると、1980年代には第98航空旅団が同基地に駐屯し、第241飛行隊（J-22オラオ）、第247飛行隊（ヤストレブ）、第354飛行隊（IJ-21偵察ヤストレブ）に加え、第2軍管区のヘリコプター部隊が配備されていた。1992年、第241飛行隊はセルビアのラジェヴツィに移転した。マケドニアが独立した時には、ジェット機は基地から姿を消していた。これらの部隊の詳細はいずれも公式の情報源で確認できなかった。.

陸軍は、1992年4月10日の大統領令によって空軍を創設したとしている。この大統領令では、航空旅団、防空ロケット連隊、レーダー連隊、および空軍基地を備えた空軍および防空司令部が設置された。初飛行は1992年6月10日、午前10時15分から10時35分までの20分間、航空クラブから借りたUTVA-75でドラチェヴォ訓練区域上空を飛行した。6月10日は現在も航空団の日となっている。陸軍の歴史によると、飛行はペトロヴェツの民間管制塔と調整する必要があった。.

ヘリコプターが最初に導入されたのは、小規模で禁輸措置を受けている軍隊が入手できる唯一の手段だったからである。最初のMi-17は1994年6月28日にウクライナから到着し、第301輸送ヘリコプター飛行隊が編成された。ウィキペディアによると、国連の武器禁輸措置のため、当初4機のMi-17は民間登録されていた。1994年7月5日、マケドニア人乗組員のみで構成されたMi-17が初めて飛行した。チェコ共和国からはZlin 242練習機が続いた（陸軍の記録では1996年、ウィキペディアでは1995年）。そのうち1機は1999年4月7日にラドヴィシュ近郊で失われた。.

政府軍とアルバニア民族解放軍との武力衝突は、ウィキペディアの日付によれば、2001年1月22日から8月13日のオフリド枠組み合意まで続いた。政府は緊急購入プログラムで対応した。ウィキペディアには、3月23日にウクライナからMi-8MT 4機とMi-24V 2機、ギリシャからUH-1H 2機、さらに4月15日、6月15日、9月4日にMi-24、6月にSu-25 4機がリストされている。陸軍の歴史は、3月から9月の間にMi-8、UH-1H、Mi-24、Mi-24K、Su-25が到着したことを確認している。.

2001年6月23日、スコピエ郊外のアラチノヴォでの戦闘中、Su-25がペトロヴェツから離陸し、村を偵察した。ウィキペディアの記述では、1機か2機かで異なっている。航空旅団の記事では、マケドニアの固定翼戦闘機がマケドニアの空軍基地から運用されたのはこれが初めてだとされている。同じ情報源によると、反乱軍はスティンガーとストレラ-2Mミサイルを保有していたが、地上からの攻撃で航空機が失われたことはなく、唯一の損失は3月にポポヴァ・シャプカでMi-17が1機失われただけだった。この紛争の死傷者数は議論の余地があり、基地ではなく軍のページに記載されている。.

平和によってジェット機の維持費が高騰し、Su-25は2004年に退役し、飛行不能な状態で空港に駐機された。2010年4月、政府が空港をトルコの運営会社TAVに再建のために引き渡した際、陸軍は司令部建物の別館、写真現像室、パイロット食堂、作業場、兵士クラブを明け渡し、大型格納庫は解体され、その跡地には現在、旅客ターミナル前の新しいエプロンが建っている。.

ウクライナ戦争で残りは片付いた。スラヴャンカ・ペトロフスカ国防相は2023年3月14日、Su-25戦闘機4機がウクライナに渡ったことを確認した。続いてMi-24ヘリコプター12機がウクライナに渡ったが、ウクライナ側の情報によると、そのうち現役なのは2機だけだった。残っているのは、チェコのLOMプラハ社が2025年7月に運用再開を支援したMi-8/17飛行隊、訓練飛行隊、そして2024年3月に締結されたAW149戦闘機4機とAW169M戦闘機4機の総額約2億5000万ユーロの契約である。戦闘機による援護はギリシャから提供されている。2021年12月9日、北マケドニアがNATOの航空警備に加わったことを記念して、ギリシャ空軍のF-16戦闘機2機が空港上空で政府のリアジェット機を迎撃した。.