Zemunik leží ve vnitrozemí od Zadaru a letectví je zde starší než letecká základna. Anglická Wikipedie zaznamenává, že Zadar, tehdejší italská provincie Zara, měl pravidelné lety přes Ala Littoria již v roce 1936. Vojenské letiště, které se stalo dnešní základnou, však patří do jugoslávské éry, kdy letectvo Jugoslávské lidové armády udělalo ze Zemuniku leteckou školu své Vojenské letecké akademie.

Rezidentní jednotkou byl 105. pluk. Podle anglické Wikipedie byl zformován 20. prosince 1946 v Kovinu jako výcvikový pluk, přesouval se přes Mostar, Nikšić a Titograd a od 2. února 1961 byl přemístěn do Zemuniku. V roce 1969 byl přejmenován na 105. stíhací bombardovací letecký pluk, ale zachoval si svou školní roli. Jeho letky tvořily 249. letka na stíhačkách G-4 Super Galeb, 251. letka na stíhačkách G-2 Galeb a 333. letka na pístových cvičných letounech Utva 75.

Cesta jugoslávských kadetů vedla s letouny Utva 75, Galeb, Super Galeb, tehdy operačním typem, a pro většinu z nich začala v Zemuniku. Akademie zde také létala na cvičných letounech Zlin 526. Když v roce 1991 vypukla válka, pluk dostal rozkaz k ústupu do Udbiny v srbsky ovládané Krajině a začátkem dubna 1992 byl rozpuštěn v Golubovcích v Černé Hoře. Přesné datum opuštění Zemuniku není v čtených zdrojích uvedeno, což jsou shrnutí srbsky psaných odkazů na Wikipedii.

Historie chorvatského letectva v Zemuniku začíná již ve válce. 93. letecká základna byla založena v roce 1992: v březnu 2014 oslavila 22. výročí a 93. křídlo 20. března 2026 34. výročí. Kasárna jsou pojmenována po plukovníkovi Mirku Vukušićovi, spoluzakladateli a zástupci velitele Samostatné letecké čety Osijek, který zahynul 2. prosince 1991 při sestřelení jeho letounu An-2 nad Otokem nedaleko Vinkovců.

Více než rok leželo letiště na okraji bojů kolem Zadaru, přičemž poblíž se nacházely síly samozvané Republiky Srbská Krajina. Operace Maslenica, zahájená 22. ledna 1993 a ukončená 1. února, je zatlačila zpět z přístupů k Zadaru; anglická Wikipedie s odvoláním na ministerský časopis Hrvatski vojnik uvádí, že chorvatská armáda obsadila letiště Zemunik. Ztráty v operaci jsou sporné: chorvatské zdroje uvádějí 114 mrtvých Chorvatů, zatímco srbské ztráty uvádějí 490 vojáků a srbská nevládní organizace Veritas 348 vojáků a civilistů.

Zisky byly okamžitě zpochybněny. Mezi 18. a 23. březnem 1993 bylo ve Škabrnji, poblíž letiště, zabito deset chorvatských obránců, kteří drželi linie dosažené v Maslenici. Šest z nich patřilo k 93. pluku; ministerstvo obrany uvádí, že jejich osud byl dlouho neznámý, než byla jejich těla vyměněna a pohřbena v Sukošanu. Pěší pluk je dodnes uctívá každý březen u příležitosti svého výročí.

Výcvik pilotů zajišťuje Chorvatské výcvikové středisko pro letectvo “Rudolf Perešin”, pojmenované po pilotovi, který v roce 1991 létal na letounu MiG-21 jugoslávského letectva a zahynul v roce 1995. Středisko si v prosinci 2019 připomnělo 27. výročí svého založení, které se datuje do roku 1992. Létání zajišťuje 392. letecká peruť 93. leteckého křídla, které bylo podle ministerstva založeno 6. listopadu 1991.

Kandidáti poprvé létají na letounu Zlin 242L, který slouží v letectvu od roku 2007. V létě 2026 jich bylo 24, nejvíce za 26 let; 19 z nich právě dokončilo střední školu a pět přišlo z civilních zaměstnání. Ti, kteří projdou, přecházejí na Pilatus PC-9M, na kterém, jak v roce 2019 uvedl velitel letky, absolvovala výcvik každá generace chorvatských vojenských pilotů.

PC-9M dorazil v roce 1996. Anglická Wikipedie uvádí v tomto roce tři použité letouny a 17 nových v roce 1997, z nichž šest bylo později prodáno; ministerstvo v roce 2019 uvedlo 17 letadel v provozu, takže dnešní flotila čítá 14–17 letadel v závislosti na zdroji a datu. K 11. červenci 2019 flotila nalétala 60 000 hodin bez vážného incidentu. Eskadra také vycvičila 38 pilotů z Ománu a létá na podporu pobřežní stráže.

Název výstavního týmu, Wings of Storm (Křídla bouře), připomíná operaci Bouře ze srpna 1995 a jeho debut byl zvolen tak, aby tomu odpovídal: tým byl představen chorvatské veřejnosti v Kninu 5. srpna 2005, u příležitosti desátého výročí operace. Od konce roku 2005 pilotoval pět letadel a od 25. března 2009 šest, všechny PC-9M z vlastní flotily školy, které pilotovali instruktoři 392. perutě.

Do dubna 2025, svého 20. výročí, tým absolvoval 261 oficiálních ukázek, z toho 68 v zahraničí v 15 zemích. Jeho kompletní program pak nabídl 19 číslic za 21 minut. Výročí bylo připomenuto v Zemuniku 5. dubna 2025 ministrem obrany Ivanem Anušićem, který tým označil za nejznámější součást letectva; v jeho čele byl major Darko Belančić.

Tým je také nejlepším náborovým nástrojem letectva a základna ho tímto způsobem využívá. Den otevřených dveří v Zemuniku v roce 2014, kterého se zúčastnilo asi 3 000 lidí, byl zakončen akcí Krila Oluje. 60 000. hodinu PC-9M v červenci 2019 pilotoval velitel letky s kadetem na druhém sedadle v letadle natřeném pro hranici 50 000 hodin dosaženou v roce 2014.

Ozbrojené síly začaly hasit požáry ze vzduchu v roce 1993, přičemž hasiče přepravovaly vrtulníky Mi-8MTV-1 a shadzovaly vodu pomocí dvou stíhaček Mi-8 pronajatých z Ruska. V roce 1994 létaly dva pronajaté letouny Canadair CL-215 se smíšenými chorvatskými a kanadskými posádkami; dva použité CL-215 byly zakoupeny z Itálie v roce 1995. 855. hasičská letka oslavila 10. dubna 2026 v Zemuniku své 32. výročí, což se datuje do roku 1994.

První CL-415 byl zakoupen v roce 1996, druhý v roce 1999, třetí v roce 2000 a čtvrtý v roce 2002, kdy se dva CL-215 vrátily výrobci jako náhrada. Pátý a šestý následovaly v letech 2009 a 2010. Air Tractory přišly v roce 2000 (dva AT-802A/F), 2007 (dva AT-802A Fire Boss) a 2008 (další tři) a v roce 2014 dvoumístný AT-902. Ministerstvo v srpnu 2025 napočítalo šest CL-415 a šest Air Tractorů; jak se flotila Air Tractorů snížila z osmi zakoupených na šest, není v čtených zdrojích vysvětleno.

Eskadra poprvé letěla do zahraničí v roce 2007 a prostřednictvím mechanismu civilní ochrany EU rescEU nalétala do roku 2025 přibližně 800 letových hodin v deseti zemích, mezi nimiž byla i Bosna a Hercegovina, Černá Hora a Albánie. V červenci a srpnu 2026 bojovaly dva letouny CL-415 s požáry ve Francii. Doma jsou letouny zadávány prostřednictvím operačního velitelství hasičů v Divulje; velitel křídla v roce 2025 zdůraznil, že letka se nikdy nenasazuje z vlastní iniciativy.

393. vrtulníková letka, která 6. března 2026 oslavila 30. výročí v Zemuniku, a proto se datuje do roku 1996, létá na letounech Bell OH-58D Kiowa Warrior. Šestnáct jich pocházelo ze zásob americké armády; zkušební lety v Zemuniku začaly 11. dubna 2017 pod vedením velitele letky podplukovníka Krešimira Ražova, který v roce 2026 velel celému letectvu. Kiowy odpalují rakety a děla na střelnici Slunj.

Dne 11. prosince 2019 se Zemunik stal domovem Mnohonárodního výcvikového střediska pro speciální letectvo, které cvičí posádky víceúčelových vrtulníků pro speciální operace podle standardů NATO. Jeho zakládajícími zeměmi byly Chorvatsko, Bulharsko, Slovinsko a Maďarsko a při úvodní demonstraci byly použity dva vrtulníky Mi-171Sh a dva vrtulníky OH-58D s chorvatskými speciálními jednotkami. Ministr Damir Krstičević jej označil za první mezinárodní orgán NATO s potenciálem rozrůst se v centrum excelence.

Spojenecké síly využívají základnu pro cvičení. V květnu 2021 přivezlo americké velitelství protivzdušné a raketové obrany 10. armády do kasáren baterii Patriot pro cvičení Astral Knight 21, což bylo poprvé, co byl tento systém nasazen v Chorvatsku; chránil přístavy a síly Immediate Response 21. Americký MC-130 byl vystaven na dni otevřených dveří základny v roce 2014. Dráhy jsou sdíleny s civilním letištěm v Zadaru, jehož pojezdová dráha křížila veřejnou komunikaci až do 7. dubna 2010.