Zemunik ligt landinwaarts van Zadar, en de luchtvaartgeschiedenis is er ouder dan die van de luchtmachtbasis. Volgens Wikipedia, dat toen nog de Italiaanse provincie Zara was, had Ala Littoria al in 1936 lijnvluchten naar Zadar. Het militaire vliegveld dat de basis van vandaag vormt, stamt echter uit het Joegoslavische tijdperk, toen de luchtmacht van het Joegoslavische Volksleger Zemunik tot vliegschool van haar Militaire Luchtvaartacademie maakte.

De eenheid die hier gestationeerd was, was het 105e Regiment. Volgens de Engelstalige Wikipedia werd het op 20 december 1946 in Kovin opgericht als een opleidingsregiment, verplaatste het zich via Mostar, Nikšić en Titograd, en werd het op 2 februari 1961 naar Zemunik overgeplaatst. In 1969 werd het hernoemd tot 105e Jachtbommenwerperregiment, maar het behield zijn opleidingsfunctie. De squadrons waren het 249e met G-4 Super Galebs, het 251e met G-2 Galebs en het 333e met Utva 75 zuigermotor-trainingsvliegtuigen.

Het carrièrepad van een Joegoslavische cadet liep via de Utva 75, Galeb en Super Galeb, en vervolgens een operationeel type, en voor de meesten begon het in Zemunik. De academie vloog hier ook met Zlin 526-trainingsvliegtuigen. Toen de oorlog in 1991 uitbrak, kreeg het regiment orders zich terug te trekken naar Udbina in de door Serviërs bezette Krajina, en het werd begin april 1992 ontbonden in Golubovci in Montenegro. De exacte datum waarop het Zemunik verliet, wordt niet vermeld in de geraadpleegde bronnen, die Wikipedia-samenvattingen zijn van Servischtalige referenties.

De geschiedenis van de Kroatische luchtmacht in Zemunik begint in de oorlog. De 93e luchtmachtbasis werd opgericht in 1992: in maart 2014 vierde ze haar 22-jarig bestaan en op 20 maart 2026 vierde de 93e vleugel haar 34-jarig bestaan. De kazerne is vernoemd naar kolonel Mirko Vukušić, medeoprichter en plaatsvervangend commandant van het Onafhankelijke Luchtpeloton Osijek, die op 2 december 1991 om het leven kwam toen zijn An-2 werd neergeschoten boven Otok bij Vinkovci.

Meer dan een jaar lang lag het vliegveld aan de rand van de gevechten rond Zadar, met de strijdkrachten van de zelfverklaarde Republiek Servisch Krajina vlakbij. Operatie Maslenica, die op 22 januari 1993 van start ging en op 1 februari eindigde, verdreef hen van de toegangswegen naar Zadar. De Engelstalige Wikipedia, die het tijdschrift Hrvatski vojnik van het ministerie citeert, meldt dat het Kroatische leger de luchthaven van Zemunik veroverde. De verliezen tijdens de operatie zijn onderwerp van discussie: Kroatische bronnen spreken van 114 Kroatische doden, terwijl Kroatische bronnen spreken van 490 Servische soldaten en de Servische ngo Veritas van 348 soldaten en burgers.

De behaalde successen werden onmiddellijk betwist. Tussen 18 en 23 maart 1993 sneuvelden tien Kroatische verdedigers bij Škabrnja, vlakbij het vliegveld, terwijl ze de linies verdedigden die bij Maslenica waren bereikt. Zes van hen behoorden tot het 93e squadron; het ministerie van Defensie meldt dat hun lot lange tijd onbekend was voordat hun lichamen werden uitgewisseld en begraven in Sukošan. Het squadron herdenkt hen nog steeds elk jaar in maart, tegelijk met de herdenkingsdag.

De pilotenopleiding wordt verzorgd door het Kroatische Luchtmachtopleidingscentrum "Rudolf Perešin", vernoemd naar de piloot die in 1991 een MiG-21 vloog voor de Joegoslavische luchtmacht en in 1995 om het leven kwam. Het centrum vierde in december 2019 zijn 27-jarig bestaan, wat erop wijst dat het in 1992 is opgericht. De vliegopleiding wordt uitgevoerd door het 392e Vliegtuigeskader van de 93e Wing, dat volgens het ministerie op 6 november 1991 is opgericht.

Kandidaten vliegen eerst selectievluchten op de Zlin 242L, die sinds 2007 in dienst is bij de luchtmacht. In de zomer van 2026 waren er 24, het hoogste aantal in 26 jaar; 19 hadden net de middelbare school afgerond en vijf kwamen uit de burgerluchtvaart. Degenen die slagen, stappen over op de Pilatus PC-9M, waarop volgens de squadroncommandant in 2019 elke generatie Kroatische militaire piloten zijn opleiding heeft voltooid.

De PC-9M arriveerde in 1996. De Engelstalige Wikipedia telt drie tweedehands toestellen in dat jaar en 17 nieuwe in 1997, waarvan er zes later werden verkocht; het ministerie vermeldde 17 toestellen in dienst in 2019, dus de huidige vloot bestaat uit 14 tot 17 toestellen, afhankelijk van de bron en de datum. Op 11 juli 2019 bereikte de vloot de grens van 60.000 vlieguren zonder ernstige incidenten. Het squadron heeft ook 38 piloten uit Oman opgeleid en voert vluchten uit ter ondersteuning van de kustwacht.

De naam van het demonstratieteam, Wings of Storm, herinnert aan Operatie Storm van augustus 1995, en de datum van hun debuut was daarop afgestemd: het team werd op 5 augustus 2005, de tiende verjaardag van de operatie, aan het Kroatische publiek gepresenteerd in Knin. Sinds eind 2005 heeft het team met vijf vliegtuigen gevlogen en sinds 25 maart 2009 met zes, allemaal PC-9M's uit de eigen vloot van de vliegschool, bestuurd door instructeurs van het 392e Squadron.

Tegen april 2025, het jaar van hun 20-jarig jubileum, had het team 261 officiële demonstratievluchten uitgevoerd, waarvan 68 in het buitenland in 15 landen. Hun volledige programma bestond toen uit 19 figuren in 21 minuten. Het jubileum werd gevierd in Zemunik op 5 april 2025 met minister van Defensie Ivan Anušić, die het team het meest herkenbare onderdeel van de luchtmacht noemde; de leider was majoor Darko Belančić.

Het team is tevens het beste wervingsinstrument van de luchtmacht, en de basis maakt daar ook gebruik van. De open dag van 2014 in Zemunik, die zo'n 3.000 mensen trok, werd afgesloten met Krila Oluje. De 60.000ste vlucht met de PC-9M, in juli 2019, werd uitgevoerd door de squadroncommandant met een cadet op de andere stoel, in een toestel dat was beschilderd ter ere van de 50.000e vlucht die in 2014 was bereikt.

De strijdkrachten begonnen in 1993 met het bestrijden van branden vanuit de lucht, waarbij brandweerlieden werden vervoerd in Mi-8MTV-1 helikopters en water werd gedropt met twee Mi-8's die gehuurd waren uit Rusland. In 1994 vlogen twee geleasede Canadair CL-215's met gemengde Kroatische en Canadese bemanningen; twee gebruikte CL-215's werden in 1995 gekocht uit Italië. Het 855e Brandweereskader vierde zijn 32e jubileum in Zemunik op 10 april 2026, wat het eskader dateert uit 1994.

De eerste CL-415 werd in 1996 aangeschaft, de tweede in 1999, de derde in 2000 en de vierde in 2002, toen de twee CL-215's werden ingeruild. De vijfde en zesde volgden in 2009 en 2010. Air Tractors kwamen in 2000 (twee AT-802A/F), 2007 (twee AT-802A Fire Boss) en 2008 (nog drie), plus een tweezits AT-902 in 2014. Het ministerie telde in augustus 2025 zes CL-415's en zes Air Tractors; hoe de Air Tractor-vloot van acht naar zes is gedaald, wordt in de geraadpleegde bronnen niet verklaard.

Het squadron maakte zijn eerste buitenlandse vlucht in 2007 en had via het EU-mechanisme voor civiele bescherming, rescEU, in 2025 ongeveer 800 vlieguren in tien landen gemaakt, waaronder Bosnië en Herzegovina, Montenegro en Albanië. Twee CL-415's bestreden branden in Frankrijk in juli en augustus 2026. In eigen land worden de vliegtuigen aangestuurd door het Operationeel Brandbestrijdingscommando in Divulje; de wingcommandant benadrukte in 2025 dat het squadron nooit op eigen initiatief wordt ingezet.

Het 393e Helikoptereskader, dat op 6 maart 2026 in Zemunik zijn 30-jarig jubileum vierde en dus al sinds 1996 bestaat, vliegt met de Bell OH-58D Kiowa Warrior. Zestien toestellen zijn afkomstig uit de voorraden van het Amerikaanse leger; de proefvluchten begonnen op 11 april 2017 in Zemunik onder leiding van eskadercommandant luitenant-kolonel Krešimir Ražov, die in 2026 het bevel over de gehele luchtmacht zou voeren. De Kiowa's vuren raketten en kanonnen af op het oefenterrein van Slunj.

Op 11 december 2019 werd Zemunik de thuisbasis van het Multinational Special Aviation Training Centre, dat multifunctionele helikopterbemanningen opleidt voor speciale operaties volgens NAVO-normen. De oprichtende landen waren Kroatië, Bulgarije, Slovenië en Hongarije, en bij de openingsdemonstratie werden twee Mi-171Sh en twee OH-58D helikopters ingezet door Kroatische speciale eenheden. Minister Damir Krstičević noemde het de eerste internationale NAVO-instantie met de potentie om uit te groeien tot een expertisecentrum.

Geallieerde strijdkrachten gebruiken de basis voor oefeningen. In mei 2021 bracht het Amerikaanse 10th Army Air and Missile Defense Command een Patriot-batterij naar de kazerne voor oefening Astral Knight 21, de eerste keer dat het systeem in Kroatië werd ingezet; het beschermde de havens en troepen van Immediate Response 21. Een Amerikaanse MC-130 werd getoond tijdens de open dag van de basis in 2014. De landingsbanen worden gedeeld met de burgerluchthaven van Zadar, waarvan de taxibaan tot 7 april 2010 een openbare weg kruiste.