Земуник расположен в глубине материка от Задара, и авиация здесь старше, чем сама авиабаза. Английская Википедия сообщает, что в Задаре, тогда итальянской провинции Зара, регулярные рейсы с Ала-Литтории осуществлялись еще в 1936 году. Однако военный аэродром, ставший нынешней базой, относится к югославской эпохе, когда военно-воздушные силы Югославской народной армии сделали Земуник летной школой своей Военно-авиационной академии.

В составе полка базировался 105-й полк. Согласно английской Википедии, он был сформирован 20 декабря 1946 года в Ковине как учебный полк, проходил через Мостар, Никшич и Титоград, а со 2 февраля 1961 года был передислоцирован в Земуник. В 1969 году он был переименован в 105-й истребительно-бомбардировочный авиационный полк, но сохранил свою роль учебного центра. В его состав входили 249-я эскадрилья на самолетах G-4 Super Galeb, 251-я на G-2 Galeb и 333-я на поршневых учебно-тренировочных самолетах Utva 75.

Путь югославского курсанта пролегал через Утву-75, Галеб, Супер Галеб (тогда еще оперативный тип), и для большинства из них он начинался в Земунике. Академия также летала здесь на учебных самолетах Злин-526. Когда в 1991 году началась война, полк получил приказ отступить в Удбину в контролируемой сербами Краине и был расформирован в Голубовцах в Черногории в начале апреля 1992 года. Точная дата его отъезда из Земуника не указана в прочитанных источниках, которые представляют собой краткие изложения сербскоязычных ссылок в Википедии.

История хорватских ВВС в Земунике начинается во время войны. 93-я авиабаза была основана в 1992 году: в марте 2014 года она отметила свою 22-ю годовщину, а 93-е крыло – 34-ю 20 марта 2026 года. Казарма названа в честь полковника Мирко Вукушича, соучредителя и заместителя командира отдельного авиационного взвода «Осиек», погибшего 2 декабря 1991 года, когда его самолет Ан-2 был сбит над Отоком близ Винковци.

Более года аэродром находился на краю зоны боевых действий вокруг Задара, неподалеку располагались силы самопровозглашенной Сербской Краины. Операция «Масленица», начатая 22 января 1993 года и завершившаяся 1 февраля, оттеснила их от подступов к Задару; английская Википедия, ссылаясь на министерский журнал «Хрватский войник», сообщает, что хорватская армия взяла аэропорт Земуник. Данные о потерях в ходе операции являются спорными: хорватские источники указывают на 114 погибших хорватов, в то время как сербские источники сообщают о 490 погибших солдатах, а сербская НПО «Веритас» — о 348 погибших солдатах и гражданских лицах.

Достигнутые позиции сразу же были оспорены. В период с 18 по 23 марта 1993 года в Шкабрне, недалеко от аэродрома, десять хорватских защитников погибли, удерживая позиции, достигнутые в Масленице. Шестеро из них принадлежали к 93-й эскадрилье; министерство обороны утверждает, что их судьба долгое время оставалась неизвестной, пока их тела не были обменяны и похоронены в Сукошане. Эскадрилья до сих пор чтит их память каждый март, в годовщину своего основания.

Подготовкой пилотов занимается Учебный центр ВВС Хорватии имени Рудольфа Перешина, названный в честь пилота, который в 1991 году летал на МиГ-21 в составе югославских ВВС и погиб в 1995 году. В декабре 2019 года центр отметил свою 27-ю годовщину, что означает, что он был основан в 1992 году. Полеты осуществляет 392-я авиаэскадрилья 93-го крыла, которая, по данным министерства, была основана 6 ноября 1991 года.

Отбор кандидатов начинается с полета на самолете Zlin 242L, находящемся на вооружении ВВС с 2007 года. Летом 2026 года их было 24, что является самым большим числом за 26 лет; 19 из них только что закончили среднюю школу, а пятеро пришли с гражданской работы. Те, кто успешно проходит отбор, переходят на Pilatus PC-9M, на котором, как заявил командир эскадрильи в 2019 году, проходило обучение каждое поколение хорватских военных пилотов.

Самолеты PC-9M поступили в эксплуатацию в 1996 году. Английская Википедия указывает на три подержанных самолета в том году и 17 новых в 1997 году, из которых шесть были впоследствии проданы; министерство указало 17 самолетов в эксплуатации в 2019 году, поэтому сегодня флот насчитывает 14–17 самолетов в зависимости от источника и даты. 11 июля 2019 года налет флота превысил 60 000 часов без серьезных инцидентов. Эскадрилья также обучила 38 пилотов из Омана и выполняет полеты в поддержку Береговой охраны.

Название пилотажной группы, «Крылья бури», напоминает об операции «Буря» в августе 1995 года, и её дебют был выбран в соответствии с этим: группа была представлена хорватской публике в Книне 5 августа 2005 года, в десятую годовщину операции. С конца 2005 года группа использовала пять самолётов, а с 25 марта 2009 года — шесть, все PC-9M из собственного парка школы, пилотируемые инструкторами 392-й эскадрильи.

К апрелю 2025 года, к 20-летию команды, она совершила 261 официальное показательное выступление, 68 из которых — за рубежом, в 15 странах. Полная программа тогда включала 19 фигур, занимавших 21 минуту. Юбилей был отмечен в Земунике 5 апреля 2025 года министром обороны Иваном Анушичем, который назвал команду самой узнаваемой частью военно-воздушных сил; руководителем был майор Дарко Беланчич.

Эта команда также является лучшим инструментом привлечения новобранцев в военно-воздушные силы, и база использует её именно так. День открытых дверей в Земунике в 2014 году, который посетили около 3000 человек, завершился выступлением Крилы Олудже. 60-тысячный час налета PC-9M, в июле 2019 года, был совершен командиром эскадрильи с курсантом на другом сиденье, на самолете, раскрашенном в соответствии с отметкой в 50 000 часов, достигнутой в 2014 году.

Вооруженные силы начали тушить пожары с воздуха в 1993 году, перевозя пожарных на вертолетах Ми-8МТВ-1 и сбрасывая воду с двух Ми-8, арендованных у России. В 1994 году два арендованных самолета Canadair CL-215 летали со смешанными экипажами из Хорватии и Канады; два подержанных CL-215 были приобретены у Италии в 1995 году. 855-я пожарная эскадрилья отметила свою 32-ю годовщину в Земунике 10 апреля 2026 года, что означает, что она была основана в 1994 году.

Первый CL-415 был приобретен в 1996 году, второй — в 1999 году, третий — в 2000 году, а четвертый — в 2002 году, когда два CL-215 были возвращены производителю в качестве частичной оплаты. Пятый и шестой последовали за ним в 2009 и 2010 годах. Самолеты Air Tractor поступили в 2000 году (два AT-802A/F), 2007 году (два AT-802A Fire Boss) и 2008 году (еще три), а также двухместный AT-902 в 2014 году. По данным министерства, в августе 2025 года насчитывалось шесть CL-415 и шесть Air Tractor; как сократилось количество приобретенных Air Tractor с восьми до шести, в прочитанных источниках не объясняется.

Эскадрилья впервые совершила зарубежный полет в 2007 году, и благодаря механизму гражданской защиты ЕС rescEU к 2025 году налетала около 800 часов в десяти странах, включая Боснию и Герцеговину, Черногорию и Албанию. Два самолета CL-415 участвовали в тушении пожаров во Франции в июле и августе 2026 года. На родине эти самолеты находятся в ведении Оперативного противопожарного командования в Дивулье; командир эскадрильи подчеркнул в 2025 году, что эскадрилья никогда не развертывается по собственной инициативе.

393-я вертолетная эскадрилья, отметившая свое 30-летие в Земунике 6 марта 2026 года (то есть ее история начинается с 1996 года), эксплуатирует вертолеты Bell OH-58D Kiowa Warrior. Шестнадцать вертолетов поступили из запасов армии США; испытательные полеты начались в Земунике 11 апреля 2017 года под командованием подполковника Крешимира Ражова, который к 2026 году будет командовать всеми военно-воздушными силами. Вертолеты Kiowa ведут огонь из ракет и пушек на полигоне Слунь.

11 декабря 2019 года в Земунике разместился Многонациональный центр специальной авиационной подготовки, который готовит экипажи многоцелевых вертолетов для специальных операций в соответствии со стандартами НАТО. Странами-основателями центра стали Хорватия, Болгария, Словения и Венгрия, а на первом показательном выступлении хорватские спецподразделения использовали два вертолета Ми-171Ш и два вертолета OH-58D. Министр Дамир Крстичевич назвал его первым международным органом НАТО, имеющим потенциал для развития в Центр передового опыта.

Союзнические войска используют базу для учений. В мае 2021 года 10-е командование противовоздушной и противоракетной обороны армии США доставило на базу батарею Patriot для учений Astral Knight 21, это было первое развертывание системы в Хорватии; она обеспечивала защиту портов и сил учений Immediate Response 21. Американский самолет MC-130 был показан на дне открытых дверей базы в 2014 году. Взлетно-посадочные полосы используются совместно с гражданским аэропортом Задара, рулежная дорожка которого до 7 апреля 2010 года пересекала дорогу общего пользования.